Feabhas a chur ar Phróitéamaíocht ó Thástáil Inchinne Le Fíocháin Cuid 2

Anailís Sonraí

Rinneadh sainaithint próitéafóm le leagan TopPIC 1.3.53 Socruithe le haghaidh TopPIC Áiríodh fuinneog réamhtheachtaithe 3 m/z (chun clúdach iseatópach a chur san áireamh), lamháltas earráide mais de 15 ppm, aistriú mais anaithnid uasta/nóim de 500 Da, agus uasmhéid líon na modhnuithe anaithnide ceadaithe de 1.

Le blianta beaga anuas, léirigh staidéir níos mó agus níos mó go bhfuil gaol dlúth idir mhoirfeolaíocht próitéine agus cuimhne. Is iad próitéiní na móilíní is bunúsaí i ngníomhaíochtaí saoil. Is féidir leo gníomhaíochtaí saoil na gcealla a rialú agus gnáthoibriú an chorp daonna a chothabháil. Fuair ​​​​staidéir amach go bhfuil ról tábhachtach ag moirfeolaíocht próitéiní ní hamháin i ngníomhaíochtaí saoil cille ach go bhfuil caidreamh doscartha aige freisin le feidhm chuimhne na hinchinne. Nuair a athraíonn moirfeolaíocht na bpróitéiní, beidh tionchar aige ar an gceangal idir néaróin, rud a chuirfidh isteach ar chumas cuimhne daoine.

I gcéimeanna tosaigh an tsaoil, tá ról ríthábhachtach ag athruithe ar mhoirfeolaíocht próitéine i bhforbairt agus feidhm na hinchinne. Mura bhfuil moirfeolaíocht na próitéiní mar ba chóir dó a bheith, beidh sé ina chúis le sraith fadhbanna néareolaíocha, rud a fhágann go dtiocfaidh caillteanas cuimhne, lagú cognaíocha, agus mar sin de.

Mar sin féin, ní gá a bheith buartha. Chuir teicneolaíocht leighis nua-aimseartha ar chumas daoine mhoirfeolaíocht próitéiní a choigeartú trí aiste bia chun a gcuimhne a fheabhsú. Tá aiste bia saibhir agus éagsúil saibhir i próitéin, ach nuair a roghnaíonn tú próitéin, déan iarracht bianna íseal-saille, íseal-cholesterol, agus íseal-carbaihiodráit a roghnú chun éifeachtaí díobhálacha iontógáil iomarcach ar an gcomhlacht a sheachaint.

I mbeagán focal, tá moirfeolaíocht próitéine agus cuimhne doscartha. Ba cheart dúinn aird a thabhairt ar aiste bia sláintiúil agus iontógáil próitéine cothrom chun dea-shláinte a choinneáil agus cuimhne mhaith a choinneáil. Is féidir a fheiceáil go gcaithfimid cuimhne a fheabhsú, agus is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú go suntasach toisc go bhfuil éifeachtaí frithocsaídeacha, frith-athlastacha agus frith-aosaithe aige, a d'fhéadfadh cabhrú le ocsaídiú agus imoibrithe athlastacha san inchinn a laghdú, rud a chosnaíonn sláinte an néarchóras. Ina theannta sin, is féidir le Cistanche fás agus deisiú na gcealla néaróige a chur chun cinn, rud a fheabhsaíonn nascacht agus feidhm líonraí néaracha. Is féidir leis na héifeachtaí seo cabhrú le cuimhne, cumas foghlama, agus luas smaointeoireachta a fheabhsú, agus féadann siad cosc ​​a chur ar mhífheidhm chognaíoch agus galair neurodegenerative freisin.

Cliceáil Know chun cuimhne gearrthéarmach a fheabhsú

Cuardaíodh speictream MS2 i gcoinne bunachair shonraí a bhí comhghaolaithe le hiontrálacha ó Homo sapiens Swiss-Prot (20,352), splicevarants Swiss-Prot (22,000), agus TrEMBL (54,436), chomh maith le hábhair shalaithe coitianta. Scagadh próitéfhoirmeacha sainaitheanta go ráta fionnachtana bréagach (FDR) de 1% trí TopPIC.

Rinneadh anailís ar shonraí iartheachtacha i dtimpeallacht R le haghaidh ríomhaireacht staidrimh agus giniúint fhigiúr.54 San anailís iartheachtach, comhcheanglaíodh próitéisí ón ngéin chéanna a bhfuil aimínaigéid tosaigh agus dar críoch leo a fuarthas laistigh de ±5 Da mar phróitéform aonair chun an déine a mhéadú. dár tascanna.

Cé go bhfuil an tairseach 5Da treallach, rinne an cur chuige seo cúiteamh as buaiceanna monaiseatópacha a sannadh go mícheart, débhríocht in ollaistrithe anaithnid, agus diallais shaorga eile. Chun diall caighdeánach coibhneasta (RSD) próitéfhoirmeacha laistigh de mhacasamhla a chinneadh, d'úsáideamar an t-aschur "déine gné" ó TopPIC.

Gineadh mapaí clúdaigh seicheamh deighilte agus speictrim ghaolmhara ag baint úsáide as na bogearraí LCMsSpectator.55

Áiríodh le socruithe sonracha doLCMsSpectator lamháltas ian réamhtheachtaithe de 10 ppm, lamháltas táirgeachta de 10 ppm, íostairseach S/N de 1.5, tairseach comhghaolaithe Pearson de 0.7, maolú réamhshocraithe 9 bpointe, agus tairseach déine choibhneasta iseatóp réamhtheachtaithe de 0.1.

TORTHAÍ AGUS PLÉ

Méadaítear Clúdach Proteome go Lánúil Má chuirtear FAIMS leis

Próiseáladh an sampla fíocháin cortex ó othar a diagnóisíodh le Alzheimer tar éis an tsreafa oibre, mar a léirítear i bhFíor 1. Rinneamar iarracht ar dtús anailís a dhéanamh ar fheidhmíocht FAIMS ar CVanna éagsúla i gcomparáid leo siúd gan FAIMS (dá dtagraítear "No FAIMS").

Is fiú a mheabhrú go dtáirgeann comhéadan FAIMS caillteanas measartha ar tharchur ian, is dócha mar gheall ar an gcosán ian níos faide tríd an bhfoinse.56 Dá bhrí sin, chun coinníollacha tipiciúla a léiriú níos fearr agus comparáidí cothroma a chinntiú, bailíodh na sonraí "No FAIMS" ag baint úsáide as an sampla céanna sin. an t-aonad FAIMS suiteáilte.

Bailíodh na sonraí “No FAIMS” seo i dtrí chóip agus rinneadh anailís orthu de réir an tsreafa oibre, mar a léirítear i bhFíor 1 le hanailís barr 6 DDA MS2. Ar an meán, d’aithin na tacair sonraí “No FAIMS” 754 ± 35 próitéform (Fíor 2A agus Tábla S1) agus sainaithníodh i dteannta a chéile 1073 próitéfhoirmeacha uathúla (neamhiomarcacha) (Fíor 2B) a dhíorthaítear ó 293 géinte uathúla (Fíor 2C), a chlúdaíonn 29,359 aimínaigéid trasna an phróitóim (Fíor 2D).

Sainmhínítear an "clúdach proteome" méadrach (Fíor 2D) mar aimínaigéid neamh-iomarcacha atá clúdaithe ag seicheamh gach próitéform. Go bunúsach, tugann an méadrach seo cuntas ar fhad agus ar éagsúlacht na bpróitéfhoirmeacha sainaitheanta.

Measaimid gur méadrach níos cothroime é seo i gcomparáid leis an líon amh próitéfhoirmeach agus géinte de réir mar a sheachnaíonn sé claonadh i dtreo próitéfhoirmeacha níos lú. Cé go bhfuil comhaireamh simplí próitéfhoirmeacha nó géinte iomasach, is cosúil go bhfuil tionchar láidir ag blúirí gearra próitéalaíocha ar na méadrachtaí seo. Bailíodh tacair sonraí FAIMS ó −50 go −20 scanadh CV i gcéimeanna 5 V.

Bailíodh trí chóip de gach ceann de na 7 CV a tháinig as. Maidir le próitéfhoirmeacha agus géinte, d’éirigh níos fearr le FAIMS “No FAIMS” do na CVanna go léir a tástáladh laistigh den raon CVanna −50 go −30 (Fíor 2A–C).

Mar shampla, d’aithin na trí thacar sonraí ag −50 CV 1833 ± 17proteoforms, meánmhéadú de ∼140% in aghaidh an rith i gcomparáid le “No FAIMS”. I dteannta a chéile, d’aithin na trí thacar sonraí seo ag −50 CV 2564 próitéform uathúla ó 530 géin uathúla a chuimsigh iomlán de 43,437 aimínaigéid, méadú 95, 69, agus 69% ar na trí thacar sonraí “NoFAIMS”, faoi seach (Fíor 2B–D). agus Tábla S1).

Chomh maith leis sin, cé go bhfeiceann FAIMS ag −25V níos lú próitéfhoirmeacha agus géinte uathúla i gcomparáid le "No FAIMS", tá na próitéfhoirmeacha iad féin i bhfad níos faide ar an meán. Mar sin, agus fad an phróitéform á mheas, (Fíor2D), clúdaíonn na tacair sonraí −25 V beagnach an oiread aimínaigéid ón bpróitéam (28,398) i gcoibhneas le “No FAIMS” (29,359), á dhéanamh sin gan ach leath an oiread próitéfhoirmeacha (Fíor 2B). ).

Rinneamar imscrúdú freisin an bhféadfadh FAIMS anailís chomh láidir agus chomh in-atáirgthe a sholáthar i gcomparáid le gan FAIMS. Rinneamar measúnú ar in-atáirgtheacht chainníochtúcháin trí theRSD (comhionann le comhéifeacht éagsúlachta) de dhéine gach próitéfhoirme a ríomh, ar choinníoll gur chomhlíon an próitéform an critéar maidir le breathnaíodh ar fud na dtrí thacar sonraí mhacasamhlú ar gach socrú CV foreach.

Toisc gur bailíodh na tacair sonraí FAIMS agus "No FAIMS" as an sampla bitheolaíoch aonair, ba cheart éagsúlacht i measc na macasamhla a chur i leith fachtóirí ionstraime amháin.

Léiríonn an boscaphlota i bhFíor 3 (chomh maith le histeagraim aonair i bhFíor S1) an chaoi a ndéantar comparáid idir dáiltí RSDanna idir na tacair sonraí FAIMS agus "No FAIMS".

Bunaithe ar RSD airmheánach, bhí cáilíocht chainníochtaithe comhchosúil nó beagán feabhsaithe i gcoibhneas le "No FAIMS" mar thoradh ar FAIMS a chur leis. D’fhéadfadh baint a bheith ag an bhfeabhsú ar RSDanna i measc voltais ísle (−20 go −30 CV) leis an tuairim go ndéantar níos lú próitéfhoirmeacha a tharchur laistigh den raon sin, ag soláthar speictrim MS1 ar chaighdeán níos airde agus mar sin meastacháin níos fearr ar dhéine na ngnéithe.

Ina theannta sin, is fiú a thabhairt faoi deara go bhfuil na RSDanna a chinntear ó na macasamhla seo cosúil leis na turgnaimh ón mbarr anuas55 agus ón mbun aníos57,58 roimhe seo a rinneadh le hionstraimiú comhchosúil.

Nuair a chuirtear le chéile iad, léiríonn na sonraí seo go méadaítear sainaithint próitéfhoirmeach go tréan le FAIMS a chur le TDP, gan aon íobairt ar cháilíocht chainníochtaithe.

An chéad uair eile rinneamar imscrúdú ar an bhforluí sainaitheantais idir na CVanna, rud a d'fhéadfadh an tsraith breathnuithe is mó nach bhfuil iomarcach a dhéanamh a sholáthar.

Ag baint úsáide as comhéifeachtaí forluí, a shainmhínítear mar an crosbhealach idir dhá thacar roinnte ar an gceann is lú den dá thacar, chinneamar an cosúlacht idir gach tacar sonraí. Ba é 0 an meán-chomhéifeacht fhorluí fhoriomlán le haghaidh aitheantais próitéform agus géine laistigh de gach CV FAIMS.76.

Tá sé seo inchomparáide leis an gcomhéifeacht forluiteach ó thacair sonraí "No FAIMS" (0.77), rud a thugann le tuiscint go léiríonn na macasamhla teicniúla in-atáirgtheacht den chineál céanna. Tá léarscáil teasa a thaispeánann comhéifeachtaí forluí FAIMS de phróitéfhoirmeacha agus de ghéinte léirithe i bhFíoracha 4 agus S2, faoi seach.

Go háirithe, tá forluí sainaitheanta géine ar fud an spáis CV i bhfad níos mó i gcoibhneas le próitéfhoirmeacha, cé go bhfuil sé suntasach go háirithe nuair a dhéantar comparáid idir na hachair CV is faide.

Mar shampla, is é an forluí idir −50 agus −20 CV ná 0.64 ag leibhéal na géine agus 0.06 ag an leibhéal próitéfhoirmeach. Bhíothas ag súil leis seo mar is féidir go bhféadfaí gach géin a léiriú trí próitéfhoirmeacha iolracha.

Léiríonn Fíor 4, cé go dtáirgeann difríocht 5−10 V i CV comhéifeachtaí forluiteacha den chuid is mó os cionn 0.5, go mbíonn céimeanna níos mó de dhifríocht idir achair níos mó ná 15 V agus mar sin tá spás níos fearr acu chun tacair próitéafhoirmeacha atá sách difriúil a ghabháil.

Leis na tacair sonraí seo, leanamar leis an gcéad dul síos a chinneadh cé na teaglamaí de CVanna is fearr chun sainaithint géine uasta, sainaithint próitéfhoirmeach, agus clúdach seichimh le srianta ar líon na CVanna do gach teaglaim.

Ar dtús, socraíodh na teaglamaí optamacha d’aon líon CVanna ó 1 go 7 ag baint úsáide as méadracht próitéfhoirmeacha uathúla, géinte, agus clúdach seicheamh proteome (Fíor 5).

Agus teaglaim teoranta do thrí CV á n-úsáid mar shampla, sonraíonn Fíor 5A, B conas atá −35, −40, agus −50 V idéalach más mian le duine líon na bpróitéfhoirmeacha nó na ngéinte a uasmhéadú.

Clúdaíonn na próitéfhoirmeacha agus na géinte a shainaithnítear sna trí CV seo (naoi thacar sonraí) 84% de na próitéfhoirmeacha iomlána agus 92% de na géinte iomlána thar an tsraith iomlán de 21 tacar sonraí.

Agus fad próitéform á mheá le clúdach seichimh mar mhéadrach, is é an teaglaim idéalach ná −30, −40, agus −50 CV, a chlúdaíonn 88% de na aimínaigéid uathúla ó na 21 tacar sonraí FAIMS ar fad agus gan ach caillteanas beag sainaitheanta próitéform agus géine ( 4221 próitéas agus 723 géinte, Fíor 5C). Áiríonn na teaglamaí seo gach macasamhail, áfach, agus is ionann iad agus na huasaitheantais a d’fhéadfaí a bhaint amach le haghaidh teaglaim áirithe CVanna. Mar sin, chun an buntáiste a bhaineann le céim sheachtrach CV a léiriú, shocraigh muid fiosrú a dhéanamh ar na huimhreacha a d’fhéadfaí a bhaint amach go réasúnta agus gan ach trí rith a bhaint amach, nuair is CV difriúil gach rith.

Ag baint úsáide as na tacair sonraí −50, −40, agus -30 V mar shampla, chinneamar na próitéfhoirmeacha meánacha, na géinte uathúla, agus na clúdaigh seicheamh proteome bunaithe ar na 27 comhcheangail uathúla ó na trí mhacasamhlú éagsúla laistigh de gach CV.

Bunaithe ar an anailís seo, d'fhéadfaimis 2986 (±46) próitéfhoirmeacha uathúla agus 618 (±12) géinte uathúla a bhaint amach a chlúdódh 64,534 (±1089) aimínaigéid ar an meán. I gcomparáid leis na tacair shonraí thríchosúla "No FAIMS", a d'aithin 1073 próitéform uathúla agus 293 géinte uathúla a chlúdaigh 29,359 aimínaigéid, d'fhéadfadh céimiú seachtrach CV ag −50, −40, agus −30 V gach méadrach a dhúbailt.

Mar sin féin, is dócha go mbeidh an meascán is fearr de CVanna ag brath ar an orgánach agus ar an bhfíochán as a dtagann an sampla, ar na céimeanna ullmhaithe sampla a cuireadh i bhfeidhm, chomh maith le haon chodánú breise as líne a cuireadh i bhfeidhm roimh anailís LC-MS.

Tríd is tríd, nuair a thógtar le chéile leis an anailís forluí (Fíor 4), le fios go soláthraíonn 15 V nó achair níos mó idir CVanna an méid is lú forluí idir próitéamaí, agus uasmhéadaíonn scaradh 5−10 V laistigh den CV −50 go −30 géinte, próitéfhoirmeacha agus próitéamaí. clúdach seicheamh.

Chun tionchar FAIMS ar dhoimhneacht an chlúdaigh proteome a chinneadh tuilleadh, rinneamar comparáid idir na géinte a aithníodh ónár dtacair sonraí ó bharr anuas le hanailís tipiciúil ón mbun aníos ar an inchinn dhaonna.

Thug tacair shonraí chuimsitheacha ón mbun aníos d'fhíocháin inchinne an duine deis dúinn flúirse do 8528 próitéin a mheas agus úsáid á baint as comhaireamh speictreach ualaithe.59-61 Cuireadh próitéiní i gceangal 10 bpáirceanna raidhse éagsúla bunaithe ar chomhaireamh speictreach tiomsaíodh ó thacair shonraí éagsúla ón mbun aníos d'inchinn an duine.

Trí chrostagairt a dhéanamh lenár dtacar sonraí ó bharr anuas, bhíomar in ann a chinneadh cad as a dtagann na géinte agus na próitéfhoirmeacha agus a rangaítear iad i dtéarmaí flúirse próitéine measta (ag baint úsáide as comhairimh speictreach normalaithe tacair sonraí) san inchinn dhaonna (Fíor 6).

Cuireadh géinte a fuarthas laistigh dár n-anailís ón mbarr anuas ach nach raibh sa tacar tagartha ón mbun aníos mar “NA”.

For more information:1950477648nn@gmail.com