Rialaíonn an RNA M6 A Reader YTHDF2 Antitumor Cill NK agus Díolúine Frithvíreasach Cuid 3

Tá YTHDF2 ag teastáil le haghaidh marthanais cille NK IL-15-idirghabhála, iomadú, agus feidhmeanna éifeachtóra

Tá IL-15 ar cheann de na cítocín is tábhachtaí maidir le feidhmeanna pleiotrópacha cealla NK, murab é. Fuaireamar agus daoine eile amach roimhe seo go bhfuil príomhróil ag IL-15 i rialú hoiméastáis cille NK, marthanacht, agus feidhmeanna éifeachtóra (Becknell agus Caligiuri, 2005; Carsonet al., 1997; Carson et al., 1994; Wang et al., 2019b; Yu et al., 2013).

Tagraíonn pleiotropy cealla dá gcumas feidhmeanna éagsúla a dhéanamh i dtimpeallachtaí éagsúla. Tá dlúthbhaint ag pleiotropy cille le díolúine mar is féidir le go leor cealla sa chóras imdhíonachta rólanna éagsúla a imirt.

Sa chóras imdhíonachta, is cineál cealla an-chriticiúil iad cealla T. Aithníonn siad agus ionsaíonn siad pataiginí, agus rialaíonn siad gníomhaíocht cealla imdhíonachta eile freisin. Tá pleiotropy cealla T an-tábhachtach mar nuair a bhíonn pataigin nua ag an gcóras imdhíonachta, caithfidh cealla T róil éagsúla a imirt i dtréimhse ghearr chun freagairt go héifeachtach. Mar shampla, nuair a bhíonn ionfhabhtú baictéarach ar an gcóras imdhíonachta, ní mór do chealla T ról na baictéir a mharú a imirt, agus nuair a bhíonn ionfhabhtú víreasach ar an gcóras imdhíonachta, ní mór do chealla T ról na gcealla imdhíonachta eile a rialáil.

Ina theannta sin, sa chóras imdhíonachta, tá éifeachtaí pleiotrópacha ag aicme cealla ar a dtugtar macrophages freisin. Is féidir leo phagocytose agus pataiginí eachtracha a bhriseadh síos, agus féadann siad cealla imdhíonachta eile a ghníomhachtú freisin chun pataiginí a ionsaí. Tá pleiotropy macrophages tábhachtach toisc go gcaithfidh siad róil éagsúla a imirt i dtimpeallachtaí éagsúla. Mar shampla, in ionfhabhtuithe víreasacha, ní mór do mhacrophages roinnt substaintí a secrete chun an víreas a chomhrac, agus in ionfhabhtuithe baictéaracha, ní mór do mhacrophages na baictéir a shlogadh agus a dhíleá chun an pataigin a ghlanadh.

Go hachomair, tá gaol dlúth idir pleiotropy cheallacha agus díolúine. Is féidir le cealla pleiotrópacha róil éagsúla a imirt i dtimpeallachtaí atá ionfhabhtaithe ag pataiginí éagsúla, rud a chuireann le cumas an chórais imdhíonachta freagairt agus feabhas a chur ar dhíolúine an chomhlachta ar phataiginí éagsúla. Dá bhrí sin, ba cheart dúinn aird a thabhairt ar pleiotropy na gcealla agus freisin saothrú díolúine a neartú chun sláinte an duine a chothabháil. Is féidir a fheiceáil go gcaithfimid cuimhne a fheabhsú, agus is féidir le Cistanche deserticola feabhas mór a chur ar chuimhne, mar is féidir le Cistanche deserticola cothromaíocht neurotransmitters a rialáil freisin, mar shampla leibhéil acetylcholine agus fachtóirí fáis a mhéadú. Tá na substaintí seo an-tábhachtach don chuimhne agus don fhoghlaim. Ina theannta sin, is féidir le Cistanche deserticola feabhas a chur ar an sreabhadh fola agus seachadadh ocsaigine a chur chun cinn, rud a d'fhéadfadh a chinntiú go bhfaigheann an inchinn go leor cothaithigh agus fuinnimh, rud a fheabhsóidh beogacht agus seasmhacht na hinchinne.

Cliceáil fios bealaí chun do chuimhne a fheabhsú

Sa staidéar reatha, Léiríonn muid go IL -15 upregulatedmRNA agus leibhéil próitéine YTHDF2 i gcealla NK (Fíor 6 A; agus Fíor. 1, D-F). Mar sin, rinneamar tuairimíocht go bhfuil YTHDF2 ag teastáil le haghaidh feidhmeanna marthanais agus éifeachtóra IL-15-idirghabhála cealla NK.

Rinneamar iarracht ar dtús fachtóirí trascríobh ionchasacha a aithint le sruth de chomharthaíocht IL-15 a rialaíonn go díreach léiriú YTHDF2. Rinneamar anailís ar an Encyclopedia of DNA Elementsing the University of California, Santa Cruz, Genome BrowserDatabase (https://genome.ucsc.edu), a sholáthraíonn tuar ar shuíomhanna ceangailteacha ar fud an ghéanóm ar fad, i gcomhar le JASPAR (http://jaspar.genereg .net).

Fuaireamar amach go bhfuil ceithre shuíomh ceangailteach laistigh de 2 kb in aghaidh an tsrutha ó shuíomh tosaithe an trascríobh (TSS) de Ythdf2 ag STAT5, atá ina phríomhfhachtóir le sruth de IL-15 i gcealla NK, rud a thugann le fios go bhféadfadh IL-15 a bheith dearfach trascríobh Ythdf2 a rialáil i gcealla luch NK trí STAT5.

Trí úsáid a bhaint as coscaire STAT5 STAT5-IN-1 (Müller et al., 2008), thaispeáin muid gur tháinig laghdú Ythdf2 ag bothmRNA agus leibhéil próitéine i gcealla murine NK mar thoradh ar chosc ar STAT5 (Fíor S4, A). agus B). Chun a dheimhniú tuilleadh gur fachtóir le sruth é YTHDF2 arna rialú ag STAT5, d'úsáideamar lucha Stat5fl/fl Ncr1-iCre (dá ngairtear lucha Stat5ΔNK anseo feasta), áit a scriostar STAT5 go sonrach i gcealla luch NK (Wiedemann et al., 2020).

Chuireamar cóireáil ar chealla splenicNK ó lucha Stat5WT agus Stat5ΔNK le IL-15. Fuaireamar amach gur tháinig laghdú suntasach ar YTHDF2 i gcealla NK ó Stat5ΔNKmice i gcomparáid le cealla NK ó lucha Stat5WT ag an dá themRNA agus na leibhéil próitéine (Fíor 6, B agus C; agus Fíor. S4, C agus D).

Léirigh measúnacht tuairisceora Luciferase gur ghníomhaigh STAT5a agusSTAT5b tras-scríobh géine Ythdf2 go díreach (Fíor 6, D, agus E). Imdhíon-réamhshamhlú chromatin (ChIP) - léirigh torthaí qPCR go bhfuil saibhriú suntasach ag STAT5 ar cheithre shuíomh thar ghnáthrialú IgG, rud a léiríonn ceangailteach díreach i luch NKcells ( Fíor. 6 F ). Le chéile, léiríonn ár dtorthaí go bhfuil YTHDF2expression rialaithe ag STAT5 le sruth ó IL-15 comharthaíochta i gcealla NK.

D’fhéachamar ansin an raibh cealla NK easnamhacha Ythdf lochtach ina bhfreagra ar IL-15. Rinneamar cealla splenic NK a leithlisiú ó lucha Ythdf2ΔNK agus lucha Ythdf2WT agus saothraíodh themin vitro i láthair IL-15. Fuaireamar amach gur tháinig laghdú suntasach ar fhás cille NK i lucha Ythdf2ΔNK i gcomparáid le lucha Ythdf2WT (Fíor 6 G). Léirigh measúnú lipéadaithe CellTrace Violet (CTV) go raibh an iomadú cealla NK lagaithe ag easnamh Ythdf2 (Fíor 6 H).

 Nocht anailís dáileadh cille-timthriall codán méadaithe go suntasach de chealla NK ó Ythdf2ΔNK micein an chéim G0 / G1 ach codán laghdaithe go suntasach de NKcells ó lucha Ythdf2ΔNK sa chéim S (Fíor 6 I), ag moladh go bhfuil torthaí easnamh Ythdf2 i ngabháil chéim G0/G1 i gcealla NK.

Ina theannta sin, bhí méadú dhá nó trí huaire i gcealla NK apoptotic (iarscríbhinn V + Sytox-Gorm +/ -) ó lucha Ythdf2ΔNK i gcomparáid leo siúd ó lucha Ythdf2WT (Fíor 6 J), rud a léiríonn marthain lochtach cealla NK tar éis cailleadh cealla NK. Ithdf2. Tugann na torthaí seo le tuiscint go rialaíonn YTHDF2 freagrúlacht NKcells do IL-15 in vitro. Ós rud é nach bhfuil IL-15 aistrithe go dona agus go bhfuil sé rúnda in vivo ag staid sheasta (Corbel et al., 1996; Fehniger et al., 2001), féachaint an bhfuil cealla NK easnamhacha Ythdf lochtach ina bhfreagra go dtí IL-15 in vivo, chaitheamar le lucha le IL-15.

Fuaireamar amach gur léirigh cealla easnamhacha Ythdf i gcoinne WT NK iomadú cille suntasach laghdaithe agus méadú ar apoptosis cille nuair a cuireadh cóireáil ar lucha le IL-15 (Fíor 6 K; agus Fíor S4, E-J). a mholadh go rialaíonn YTHDF2 freagrúlacht cealla NK do IL-15, go háirithe faoi roinnt coinníollacha a bhfuil ardleibhéal IL-15 acu. Fuaireamar amach freisin gur laghdaíodh na leibhéil mRNA agus próitéine deIFN- , granzyme B, agus perforin go suntasach i gcealla Ythdf2ΔNK NK i gcomparáid le cealla Ythdf2WT NK mar fhreagra ar IL-15 (Fíor 6, L–N), rud a léiríonn go bhfuil YTHDF2 rannchuidíonn sé freisin le feidhmeanna éifeachtóra cille NK IL{-15-idirghabhálaithe in vitro.

I dteannta a chéile, léiríonn ár gcuid sonraí go bhfuil YTHDF2 ag teastáil le haghaidh marthanais cille NK IL-15-idirghabhála, iomadú, agus feidhmeanna éifeachtóra.Next, rinneamar imscrúdú ar na meicníochtaí iartheachtacha trína rialaíonnYTHDF2 marthanais NK IL-15-idirghabhála, iomadú, agus feidhm éifeachtóra. Fuaireamar amach go raibh leibhéil chomhchosúla de na gabhdóirí IL-15 CD122 (IL-15R ) agus CD132 (IL-15R c; Fíor S4 K) ag cealla NK ó lucha Ythdf2ΔNKmice agus Ythdf2WT. Déantar comharthaíocht IL-15 a idirghabháil ag ar a laghad trí chonair chomharthaíochta iartheachtacha i gcealla NK: Ras–Raf–MEK–ERK, PI3K–AKT–mTOR, agus JAK1/3–STAT3/5 (Mishra et al., 2014).

Chun imscrúdú a dhéanamh ar an mbealach comharthaíochta atá á rialú ag YTHDF2 i gcealla NK, rinneamar scrúdú ar na leibhéil fosfarylation de chealla inNK ERK, AKT, S6, STAT3, agus STAT5 ó lucha Ythdf2ΔNK nó lucha Ythdf2WT tar éis spreagadh le IL-15.

Léirigh na torthaí nach raibh tionchar ag easnamh Ythdf2 ar ERK, AKT, S6, agus STAT3 fosfarylation ar IL-15spreagadh (Fíor S4, L agus M) ach gur chuir sé bac suntasach ar ghníomhachtú STAT5, mar is léir ó leibhéil laghdaithe fosfarylation ofSTAT5 in Ythdf{{ 7}}chealla NK easnamhacha ná na cealla NK ó lucha Ythdf2WT (Fíor 6 O), rud a thugann le fios go bhfuil YTHDF2 ag teastáil le haghaidh comharthaíochta IL is fearr-15/STAT5 i gcealla NK gníomhachtaithe.

Toisc gur léirigh muid go gceanglaíonn STAT5 fosfarlaithe le sruth ó IL-15le tionscnóir Ythdf2 (Fíor 6, D–F), agus gur léiríodh anseo go bhfuil YTHDF2 ag teastáil don STAT5phosphorylation is fearr, tugann ár sonraí le fios go bhfuil lúb aiseolas dearfach STAT5-YTHDF2 le sruth. de IL-15 a d'fhéadfadh marthanacht cealla NK, iomadú, agus feidhmeanna éifeachtóra a rialú.

Aithníonn an anailís tras-sgrìobhaidh Tardbp mar sprioc YTHDF2 i gcealla NK

Chun aghaidh a thabhairt ar an meicníocht mhóilíneach trína rialaíonn YTHDF2 cealla NK, rinneamar seicheamhú RNA (seq) inIL-2 ar dtús - cealla Ythdf2WT agus Ythdf2ΔNK NK méadaithe. Mar thoradh ar scriosadh Ythdf2 i gcealla NK tháinig 617 géinte in iúl go difreálach, lena n-áirítear 252 géinte upregulated agus 365 géinte íosrialaithe (Fíor S5 A).

Léirigh anailís ontology géine (GO) go raibh na géinte a léiríodh go difreálach saibhrithe go mór i bpróisis a bhaineann le timthriall cille, rannán cille, agus rannán cille, lena n-áirítear miotógicéiticinesis, leithscaradh crómasóim, fearsaid, núicléasóim, lárchorp, agus crómasóim (Fig. 7 A).

Léirigh anailís saibhrithe sraithe géine (GSEA) saibhriú suntasach ar spriocanna E2F, G2/Mcheckpoint, agus tacair ghéin shainmharc fhearsaid mhiotótach i gcealla Ythdf2ΔNKNK ( Fíor. S5 B). Laghdaíodh go suntasach géinte a bhaineann le timthriall cille agus cealla-rannóg, lena n-áirítear Aurka, Arkb, Cdc20, Cdc25b, Cdc25c, Cdk1, E2f2, agus Plk1 (Bertoli et al., 2013), i gcealla NK ó lucha Ythdf2ΔNK (Fíor 7 B. ).

Rinneadh dírialú suntasach freisin ar ghéine deighilte fearsaid agus crómasóim mar Anln, Aspm, Birc5, Bublb, Cenpe, Esco2, Ska1, Ska3, agusTpx2 (Gorbsky, 2015) i NKcells ó lucha Ythdf2ΔNK i gcomparáid le cealla NK ó Ythdfig2WTmice C7.

Ina theannta sin, tháinig laghdú suntasach ar ghéinte marthanais cille, lena n-áirítear Birc5 (Niu et al., 2010), Septin4 (Larisch et al., 2000), agus Rffl (Yanget al., 2007), i gcealla NK ó lucha Ythdf2ΔNK (Fig. 7 D). Rinneadh laghduithe suntasacha freisin ar ghéinte feidhm éifeachtóra cille NK, lena n-áirítear Klrk1, Ncr1, CD226, agus Gzma (Bezman et al., 2012), i gcealla NK ó lucha Ythdf2ΔNK (Fíor 7 D).

Tacaíonn na sonraí seo lenár róil shaintréithe de YTHDF2in ag rialú iomadú cille NK, marthanacht, agus feidhmeanna éifeachtóra. Ansin rinneamar m6A-seq in IL-2-cealla NK méadaithe ó Ythdf2WT agus lucha Ythdf2ΔNK. Thaispeáin anailís phríomh-chomhpháirte go bhfuil trí mhacasamhlú bhitheolaíocha de gach géinitíopa cnuasaithe le chéile (níl na sonraí léirithe), rud a thugann le tuiscint go bhfuil dea-atrialltacht samplaí m6A-seq.

D'aithin anailís hypergeometric optimization saibhrithe móitíf (HOMER) an móitíf comhdhearcadh m6A (GGAC), rud a léiríonn saibhriú rathúil m6A-trascríbhinní modhnaithe (Fíor 7 E). Bhí modhnuithe m6A lonnaithe go príomha i dtraipisí códaithe próitéine, agus saibhríodh na beanna sna 59 réigiún neamhaistrithe (UTR) agus 39UTR, go háirithe timpeall ar na codóin tosaithe agus stad (Fíor 7 F agus Fíor. S5 C).

Léirigh anailís GOenrichment ar ghéinte le beanna m6A gur saibhríodh tras-scríbhinní marcáilte mostm6A i gcealla NK i cosáin a bhaineann le timthriall cille agus iomadú cille ( Fíor. S5 D ).

For more information:1950477648nn@gmail.com