Cuid 3: An tIdirghníomh Eipigineach Agus Trascriptómach a Mhapáil le linn Cruthú na Cuimhne agus Aisghairme sa Ensemble Engram Hippocampal

Mar 15, 2022

le haghaidh tuilleadh eolais:ali.ma@wecistanche.com

Plé

Is ábhar spéise é bunús móilíneach fhoirmiú engram. Bainimid leas anseo as samhail na luiche TRAP chun dinimic na hinrochtaineachta crómatáin, 3-D ailtireacht ghéanómaíoch, agus léiriú géine thar shaolré cille engram a shoiléiriú. Ar dtús, léirímid é sin go díreachcuimhnetá éifeacht ollmhór agus fada buan ag an ionchódú ar inrochtaineacht chromatin. Nuair a bheidh an staid chromatin seo bunaithe, beidh imeachtaí ina dhiaidh sin marcuimhneis cosúil go mbíonn tionchar beag ag comhdhlúthú agus athghairm ar an tírdhreach crómatin. D’fhéadfadh sé nach dtabharfadh an pointe ama roghnaithe chun cuimhne na teagmhais chromatin de chealla athghníomhaithe go hiomlán agus d’fhéadfadh go mbeadh baint ag athruithe crómatin ina dhiaidh sin lecuimhneathdhlúthú nó díothú8. Rud atá tábhachtach, ar aon dul leis na foilseacháin roimhe seo12, 13,23, tugann ár sonraí le fios go bhfuilcuimhneis feiniméan é foirmiú den chuid is mó atá tiomáinte ag feabhsaitheoirí.

Cistanche-improve memory10

Cliceáil go Cistanche UK le haghaidh cuimhne

Sa dara háit, soláthraíonn ár staidéar an chéad tírdhreach cuimsitheach d'ailtireacht 3D-genome le linn céimeanna éagsúla dencuimhnefoirmiú, de réir mar a thaispeáin muid ath-áitiú deighleoga móra crómatin agus idirghníomhaíochtaí tionscnóra-feabhsaithe ar leith dinimiciúla laistigh de na hurranna seo a chumasaíonn mionchoigeartú ar chláir tras-scríobhacha éagsúla. Ina theannta sin, léirímid go n-idirghníomhaíonn tionscnóirí géinte síos-rialaithe níos minice le feabhsaitheoirí a chothaíonn athbhrúiteoirí trascríobhacha agus vice versa.

Ar deireadh, cuireann ár gcuid oibre an chéad fhianaise ar fáil d’imeacht tosaíochta feidhme, arb é is sainairíonna é go dtiocfaidh méadú tosaigh ar inrochtaineacht feabhsaithe le linn ionchódaithe, gan athruithe trascríobh a bhfuiltear ag súil leo. Léirigh ár n-anailís, le hathghníomhachtú, go n-úsáideann néaróin engram fo-thacar d'idirghníomhaíochtaí denovopromoter-feabhsaithe, áit a dtugtar feabhsaitheoirí primed i dteagmháil lena tionscnóirí faoi seach chun géinte a bhaineann le hiompar mRNA agus aistriúchán próitéin áitiúil in urranna synaptic a uasghrádú. Bhí na hathruithe seo ag teacht leis na hathruithe moirfeolaíocha agus feidhmiúla a rabhthas ag súil leo. Le chéile, is cosúil go bhfuil cealla engram marcáilte ag an leibhéal epigenetic agus cuireann an t-idirghníomhú idir inrochtaineacht chromatin, ailtireacht 3D-genome, agus idirghníomhaíochtaí tionscnóra-feabhsaithe síos ar chóras dea-chomhordaithe as a dtagann borradh trascríobh moillithe le linn athghníomhú engram.

Mar aon le haon obair, bhí roinnt teorainneacha leis an staidéar. Ceadaíonn úsáid lucha TRAP atá ag brath ar Tamoxifen do réiteach ama ach osclaíonn sé fuinneog lipéadaithe de thart ar 12 uair an chloig a d'fhéadfadh clibeáil neamh-shonrach a dhéanamh ar néaróin nach cuid d'eispéireas CFC iad. Ina theannta sin, mar a moladh cheana37, d’fhéadfadh go mbeadh na néaróin a bhfuil clib Arc orthu ilchineálach agus go n-áireofaí orthu ensembles éagsúla a rialaíonn an dá cheann.cuimhneidirdhealú agus ginearálú. Ina theannta sin, ní leor aon phointe ama roimh 1.5–2 uair (go luath) chun teagmhais tras-aistrithe agus aistrithe de bharr athchuimsithe DNA a ghabháil, ie léiriú Cre recombinase agus léiriú deiridh géine eYFP5. Mar sin, creidimid gur cailleadh go leor braislí luath-neamhbhuan de DEGanna, mar a léiríodh roimhe seo go bhfilleann go leor IEGanna ar leibhéil bonnlíne tar éis 2h (seachas Arc46). Ar deireadh, cé gur dhírigh ár staidéar ar an hippocampus, tá plaisteacht struchtúrach agus synaptic nasctha le stóráil fhadtéarmach faisnéise i réigiúin inchinn eile, mar an cortex prefrontal, amygdala2. Ba cheart go gcinnfeadh staidéir sa todhchaí an bhféadfadh na hathruithe epigenetic seo a bheith ina bpróiseas ríthábhachtach domhanda a bhaineann le foirmiú agus coinneáil fadtéarmach cuimhní cinn nó an bhfuil sé uathúil do na ciorcaid hippocampal.

Modhanna

Lucha agus iompar

Mar a thuairiscítear roimhe seo6, póraíodh lucha ArcCreERT2 ( móide ) le líne homozygous R26R-STOP-floxed-buí próitéin fluaraiseacha (eYFP). ~Géinitíopáladh ~140 sliocht fireann ina dhiaidh sin ag baint úsáide as prótacal géinitíopála Jackson Laboratory. Cuireadh cóiríocht ar fáil do lucha idir ceithre agus cúig in aghaidh an chliabháin i seomra coilíneachta dorcha éadrom 12 uair (06:00–18:00) ag 22 céim le taise 40–60 faoin gcéad. Cuireadh bia agus uisce ar fáil ad libitum. Rinneadh tástáil iompraíochta le linn na céime solais. 1 uair roimh an tástáil iompraíochta, fuair lucha dáileog amháin de 4-Hidroxytamoxifen (4- OHT, H6278, Sigma-Aldrich), a osclaíonn fuinneog lipéadaithe ~12 uair5. Chun an lipéad neamhshonrach eYFP a íoslaghdú, lá amháin roimh an tasc iompraíochta (m.sh. CFC), coinníodh lucha singil i seomra dorcha/dorcha 24 uair an chloig. Ina theannta sin, chun leibhéil imní a laghdú, cuireadh feadán leis an gcliabhán le haghaidh foscadh agus neadaithe. An lá dár gcionn, cuireadh lucha instealladh le TAM 1h roimh an CFC. Tar éis an tasc iompraíochta, bhí lucha eotanized ceachtar tar éis 1.5-2 h, agus bailíodh brains. nó a chur ar ais sa seomra dorcha ar feadh na 48 uair an chloig ina dhiaidh sin. Tar éis do lucha a bhaint as an dorchadas, cuireadh ar ais iad chuig an ngnáth-thimthriall 12 uair (06:00–18:00) sa seomra céanna. 3 lá ina dhiaidh sin (iomlán de 5 lá tar éis an CFC), bhí leath de chohórt na lucha eotanized agus bailíodh inchinn, agus d'fhill an leath eile ar an seomra tástála, áit a raibh siad faoi lé an comhartha eagla-spreagtha (ton agus comhthéacs) . D'fhaomh an Coiste um Chúram Ainmhithe de chuid Rannán an Leighis Chomparáidigh in Institiúid Teicneolaíochta Massachusetts an obair luiche ar fad. Is féidir le Cistanche a fheabhsúcuimhne.

Cistanche-improve memory5

Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú

Coinníoll comhthéacsúla eagla

Is ó TSE- Systems a tháinig an gaireas um riochtú eagla comhthéacsúil (CFC) agus an clár fála. Tugadh lucha isteach sa seomra CFC, tar éis 3 nóiméad de ghnáthchónaí tosaigh cuireadh ton 3 kilo Hz le déine 80 i láthair ar feadh 30 soicind agus críochnaíodh é le turraing coise 0.7 mA ar feadh 1 soicind. Baineadh úsáid as 70 faoin gcéad isopropanol idir turgnaimh chun na cages a ghlanadh. 5 lá ina dhiaidh sin tugadh lucha isteach sa bhun-chomhthéacs coinníollaithe péireáilte leis an ton agus tomhaiseadh leibhéil reo ar feadh 3 nóiméad (paraiméadar réamhshocraithe bogearraí TSE a úsáidtear chun monatóireacht a dhéanamh ar iompar reo), chun measúnú comhthéacsúil a dhéanamh.cuimhne. Comhthéacs modhnaithe ab ea Comhthéacs B. Clúdaíodh na barraí cruach dhosmálta le cuir isteach plaisteach bán, clúdaíodh ballaí seachtracha na ndlísheomraí le cruthanna téip duchta chun cuma an tseomra a athrú. Bhí boladh fanaile sa seomra, bhí soilsiú an tseomra i bhfad níos gile agus iompraíodh na lucha go dtí an gaireas i gcairt eile ó chomhthéacs A.

Drugaí

Spreagadh athmheascadh i lucha trasgenacha ArcCreERT2 × R26R-STOP-floxed-EYFP ag baint úsáide as 4-Hydroxytamoxifen (4-OHT, H6278, Sigma-Aldrich). 4-Tuaslagadh OHT i 2.5ml de EtOH /100 faoin gcéad agus roctha ar chroiteoir ar feadh 30 nóiméad. Ansin, cuireadh 5ml d'ola arbhair leis agus rocked ar shaker ar feadh 1h. Ar deireadh, cuireadh feadáin ar feadh 30 nóiméad ag 60 céim chun galú iomlán EtOH a cheadú. Instealladh aonair de 50 mg/kg a instealladh inperitoneally (ip).

Imdhíon-cheimic (IHC)

Próifíleadh lucha go trascairdiach le fuar-oighear 25 ml de shalainn mhaolánach fosfáite (PBS) agus 40 ml de 4 faoin gcéad paraformaildéad i PBS ina dhiaidh sin. Baineadh brains agus iar-seasta i 4 faoin gcéad PFA thar oíche ag 4 céim agus aistríodh go PBS go dtí altú. Suiteáladh brains ar stáitse vibratome (Leica VT1000S) ag baint úsáide as superglue agus altaíodh iad le slice tiús 40 μm. Nitear slices le PBS agus cuireadh bac orthu ag baint úsáide as 1 faoin gcéad Buaibheach Serum Albumin (BSA) ullmhaithe i PBS ina raibh 0.1 faoin gcéad Triton-X100 (PBST) ar feadh 2 h ag teocht an tseomra. Rinneadh maolán blocála a asú agus goradh na slisní leis an bpríomhantasubstaint chuí (Tábla Forlíontach 11) thar oíche ag 4 chéim ar chroiteoir. Ansin nite slisní trí huaire 15 nóiméad an ceann leis an maolán blocála, agus ansin goradh iad leis an Alexa Fluor 488, 594, nó 647 antasubstaintí tánaisteacha comhchuingeach ar feadh 2 h ag teocht an tseomra. Tar éis trí nite 15 nóiméad an ceann le maolán blocála agus nigh deiridh amháin le PBS ar feadh 10 nóiméad, cuireadh slisní le fluromount-G (Eolaíochtaí micreascópacha Leictreonacha). Is féidir le Cistanche a fheabhsúcuimhne.

Hibridiú in Situ (RNAscope®)

Ullmhaíodh samplaí bunaithe ar threoracha an déantóra do mheasúnacht fluaraiseachta ilphléacs v2 RNAscope® (Diagnóisic cille Casta, SAM), gan mórán modhnuithe agus comhcheangailte leis an bprótacal Immunohistochemistry (IHC). Ar dtús, dathaíodh samplaí d’antasubstaintí príomhúla (Arc agus GFP) agus tánaisteacha (Alexa Fluor 488 agus 594, faoi seach) (mar a thuairiscítear sa phrótacal IHC thuas). Bhí slisní inchinn leabaithe ar sleamhnán gloine agus

díhiodráitithe ar feadh 30 nóiméad i RT. Ansin, tarraingíodh bacainn thart ar gach cuid le peann hidreafóbach Immedge™ agus déileáladh le samplaí le Sárocsaíd Hidrigine RNAscope® ar feadh 10 nóiméad ag RT (níor cuireadh aon aisghabháil sprice agus cóireáil protease i bhfeidhm). Bunaithe ar threoracha an mhonaróra, cuireadh na hailt faoi hibridiú probe (RNAscope® Probe- Mm-Gria1, 26241, diagnóisic cille Casta), aimpliú, agus forbairt comhartha HRP-C1 ag baint úsáide as an cainéal TSA® Plus Cyanine 5. Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú.

Anailís íomháithe

Fuarthas íomhánna ag baint úsáide as micreascóip chomhfhócasach LSM 710 nó LSM 880 (Zeiss) le cuspóirí 10 ×, 20 ×, 40 ×, nó 63 × ag socruithe comhionanna do gach coinníoll. Rinneadh na híomhánna a chainníochtú trí úsáid a bhaint as ImageJ 1.42q nó Imarisx64 8.1.2 (Bitplane, Zurich, An Eilvéis). I gcás gach coinníoll turgnamhach, úsáideadh cúig chuid corónach ó chúig ainmhí ar a laghad le haghaidh cainníochtú. Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú.

Quantification of tagged cells—The surfaces module was utilized to detect Arc+ and eYFP+ cells. Double positive cells (co-localization of Arc+/eYFP+) were then counted using the Surface-To-Surface Xtension module. After applying the 'area' filter (>6μM) chun lipéadú neamhshonrach a bhaint, rinneadh cainníochtú na gcealla dúbailte-dearfach sa CA1, CA3 agus DG. Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú.

Cainníochtú próitéiní/mRNA Eif agus Gria1 - Baineadh úsáid as an modúl dromchlaí chun aiseanna néaróin 3D a bhrath agus a rindreáil bunaithe ar chomhartha GFP. Rinneadh EiF2a, Eif4E, Eif3E, agus Gria1 -puncta dearfacha a chomhaireamh ansin ag baint úsáide as an modúl spotaí. Ar deireadh, reáchtáladh an modúl Spots Close - To -Surface Xtension chun an fo-thacar de spotaí atá níos gaire do na rudaí dromchla ná an tairseach sainithe 1uM a aimsiú, agus spotaí a thagann lasmuigh den raon seo a eisiamh.

Moirfeolaíocht an spine - Rangaíodh an spines go trí chineál bonn ar fhad an spine (L), trastomhas an chinn (Dh) agus trastomhas an muineál (Dn). Spíonáin stubach – Dn=L, Spíonáin tanaí – L > Dn agus Dh Níos mó ná nó cothrom le Dn, Spíona Muisiriún – Dh Níos mó ná nó cothrom le 2Dn, Spíona muisiriún méadaithe – Dh Níos mó ná nó cothrom le 2Dn.Cistanche is féidir cuimhne a fheabhsú.

Cistanche-improve memory8

Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú

Ullmhú fíocháin

Baineadh fíochán hippocampal amach agus splanc reoite. Tar éis eastósctha, rinneadh samplaí a aonchineálú láithreach i {{{0}}.5 ml PBS fuar-oighear le coscairí protease (Pi) (11836170001, Roche ). Chun an tionchar sórtála a mhaolú oiread agus is féidir, i dturgnaimh NC-RNAseq agus gabháil-HiC amháin, socraíodh an fionraí le 1 faoin gcéad (do NC-RNAseq/HiC) nó 2 faoin gcéad (pc-HiC) paraformaildéad ar feadh 10 nóiméad, múchta le Glycine 2.5M ar feadh 5 nóiméad, agus nite faoi dhó le 5 ml de PBS. Caomhnaíonn an próiseas seo an tírdhreach tras-scríbhinne agus crómatin agus laghdaítear an claonadh sórtála. I gcás ATACseq, RNAseq agus gabháil-HiC, rinneadh an fionraí a lártheifneoiriú ag 1200 g, 4 céim , ar feadh 5 nóiméad agus athchromadh an millíní i 5 mL NF-1 maolán hipotónach (0.5 faoin gcéad Triton X{-100/ 0.1M Siúcrós/5mM MgCl2/1mM EDTA/ 10mM Tris-HCl, pH 8.0, Pi). Ansin, rinneadh aonchineálú ar fhionraí (pestle A) le 30 stróc agus nite an pestle le maolán breise 5mL NF-1 ar feadh iomlán comhcheangailte 10 mL. Bailíodh fionraí go léir i bhfeadán cónúil 15 ml, scagtha le scagaire mogall 70 μm (08–771-2, Falcon) agus gortha ar oighear ar feadh 30 nóiméad. Athsholáthraíodh núicléis millte (bhí gach lártheifneoir 4 céim, 1,600 × g ar feadh 15 nóiméad) i 10 ml PBS móide 1 faoin gcéad BSA móide Pí agus goraíodh iad ar oighear ar feadh 1 u. Rinneadh núicléi a sníomh agus cuireadh an millíní ar fionraí arís i 1 ml PBST móide 1 faoin gcéad BSA móide Pi agus goraíodh é le antasubstaintí príomhúla NeuN, Arc agus GFP ar feadh oíche i 4 chéim . Niteadh antasubstaintí neamhcheangailte amach faoi dhó le 5 ml de PBS agus ar deireadh cuireadh ar fionraí arís iad i 1 ml PBS móide 1 faoin gcéad BSA móide Pi agus antasubstaintí tánaisteacha ar feadh 2-4 h ag 4 céim . Tar éis dhá nite, athchuireadh núicléis i 0.5 mL (PBS móide 1 faoin gcéad BSA móide Pi) agus scagadh le scagaire mogalra 40 μm le haghaidh sórtáil FACS. 4′,6-Dé-aimidín-2′-feinilindól déhidreaclóiríd (DAPI) go díreach leis na feadáin FACS (1:5000, 10236276001, Sigma-Aldrich). Is féidir le Cistanche a fheabhsúcuimhne.

Cíteiméadracht sreafa

Maidir le citeiméadracht sreafa, rinneadh geataí ar núicléis ar dtús ag baint úsáide as paraiméadair achair chuisle a scaiptear ar aghaidh agus taobh (FSC-A agus SSC-A) gan smionagar a áireamh, agus ina dhiaidh sin eisiamh comhiomláin ag baint úsáide as leithead bíge (FSC-W agus SSC-W). Ansin úsáideadh staining rialaithe isitíopa chun geataí NEUN plus , ARC plus , agus GFP plus a shocrú. Chun daonra néarónach aonchineálach a chinntiú, cuireadh an daonra NeuN móide isteach roimh dhaonraí geataí bunaithe ar fhluaraiseacht ARC móide agus GFP móide. Rinneamar ceithre dhaonra éagsúla a shórtáil ó thrí phointe ama éagsúla; Timpeall 1.5–2 uair an chloig tar éis nochtadh do FS i) NeuN móide /GFP móide ii) NeuN móide /GFP-. Tar éis cúig lá, in éagmais aisghabhála, bhailigh muid iii) NeuN plus /GFP plus . I gcohórt eile, bhí lucha ath-nochta don spreagadh coinníollaithe. 1.5–2 uair an chloig tar éis ath-nochtadh bhailigh muid iv) NeuN plus /ARC plus /GFP plus . Sórtáladh na núicléis go léir i bhfeadáin Eppendorf 1.5 ml ina raibh; 500 ul PBS móide 1 faoin gcéad BSA móide Pi do ATCAseq, 200 ul de mhaolán díleá (RecoverAll™ Iomlán Aonrú Aigéad Núicléach do FFPE, Cat. AM1975, Invitrogen) le haghaidh RNAseq, 500 ul lysis reoite úr maolán (10mM Tris pH=8, 10mM NaCl, 0.2 faoin gcéad Igepal CA-630, Pi agus uisce de ghrád PCR) le haghaidh Hi-C/capture-HiC. Rinneadh anailís sonraí le Flowjo (v10).

Sliseanna-qPCR

Díreach tar éis an sórtáil seo a leanas, rinneadh 10,000 cill a philleáil ag 4 céim , 1,600 × g ar feadh 15 nóiméad, agus cuireadh ar fionraí arís iad i maolán lysis SDS. Rinneadh ChIP bunaithe ar threoracha an mhonaróra maidir le Kit Ard-Íogaireacht ChIP-IT® (HS) (Catalóg Uimh. 53040, Active Motif, SAM) ag baint úsáide as frith-H3K4me1 (Abcam, ab8895, 1:100) agus frith-H3K27ac (Abcam, ab4729, 1:100) antasubstaintí. Rinneadh measúnachtaí chip in aonad PCR fíor-ama ceangail Bith-Rad CFX96 ag baint úsáide as meascán imoibrí SsoFast™ EvaGreen® qPCR (Bith-Rad, 172-5202). Rinneadh samplaí a mheas i dtrí chóip agus normalaíodh na torthaí go dtí an t-ionchur. Tá seichimh na bpéirí primer le haghaidh measúnachtaí ChIP-qPCR liostaithe i dTábla Forlíontach 12.

Cistanche-improve memory4

Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú

ATAC- seq

leabharlanna a ullmhú— ullmhaíodh leabharlanna seq ATAC mar a thuairiscítear roimhe seo in49 le mionathruithe. Tarraingíodh 10,000 cill ó gach grúpa, as 8–10 lucha dhifriúla agus measadh iad mar N=1. Úsáideadh 3–4 mhacasamhlú bhitheolaíoch (N=3–4) le haghaidh ullmhúcháin leabharlainne. Díreach tar éis an sórtáil seo a leanas, sníomhadh cealla síos (4 céim , 1,600 × g ar feadh 15 nóiméad) agus athchuireadh iad i maolán lí fuar úr 50 ul (0.15 faoin gcéad NP-40 in ionad Igpal) agus rocadh ar oighear ar feadh 10 nóiméad. . Ina dhiaidh sin, rinneadh imoibriú deighilte (24 imoibriú trealamh samplach DNA Nextera, FC-121–1030, Illumina) i 25 ul toirte (12.5 ul TD, 1.25 ul TDE1, 11.25 ul uisce saor ó núicléas), le haghaidh 30 min ag 37c le rocking milis. Aimplíodh blúirí DNA méadaithe agus barrchódaíodh iad ag baint úsáide as imoibriú PCR (1 timthriall; 5min - 72c, 30sec - 98c, 10 timthriall; 15sec - 98c, 30sec - 60c, 3min - 72c). Tar éis prótacal an mhonaróra, rinneadh DNA aimplithe a ghlanadh agus a íonú ag baint úsáide as coirníní AMPure 1.8x (coirníní AmpureXP, Beckman Coulter, A63880). Tar éis bithanalyzer QC maidir le méid agus dáileadh leabharlainne, cuireadh leabharlanna in ord ar ardán Illumina Nextseq 550 ag Ionad MIT BioMicro. Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú.

Anailís ATAC-seq—Ailíníodh na sonraí fastq amh de 40-bp léite seicheamhú foirceann péireáilte le géanóm tagartha mm9 na luiche ag baint úsáide as Bowtie 2.0 i mód péireáilte50. Baineadh úsáid as an mbailiúchán Samtools51 chun dúblaigh PCR (dearg suas) a shórtáil, a bhaint as, comhaid BAM a innéacsú (innéacs), agus staitisticí leabharlainne a ríomh (flagstat, féach Tábla Forlíontach 13). Rinneadh comhaid BAM a íosshampláil ó léitheanna ailínithe i gceart, péireáilte agus uathúla go 50M. Rinneadh anailís ar bhuaiceanna crómatin oscailte ag baint úsáide as bogearraí MACS252 D'aithin Diffbind v1.16.353 réigiúin inrochtana difreálach (DARs) le paraiméadair agus socruithe réamhshocraithe chun DESeq2 a úsáid (scor; FDR < 0.01;="" athruithe="" fillte=""> 1.5). Aisghabh an pacáiste DiffBind maitrís iomlán na gcomhaireamh normalaithe (RPKM54). Ar feadh glúin de rianta bigwig, tógadh comhaid comhartha pileup (pileup blúirí in aghaidh an mhilliúin léamh) i bhformáid beathaisnéise trí úsáid a bhaint as buaicfheidhm glaonna MACS2 leis na bratacha -B –SPMR. Ansin, gineadh saibhriú huaire normalaithe (FE) thar rianta lambda ionchuir ag baint úsáide as feidhm bdgcmp ofMACS2 leis an socrú - m FE. Ansin aistríodh comhaid bedGraph go formáid bigwig. Is féidir le Cistanche cuimhne a fheabhsú

Baineadh úsáid as uirlisí IGV55 chun comhaid bigwig a léirshamhlú. Baineadh úsáid as ChromHMM56 chun múnla stáit chromatin a bhunú ó dhá staidéar neamhspleácha a bhain úsáid as fíochán hippocampus mórchóir roimh agus tar éis turraing coise21,22 agus chun tairiscintí saibhrithe fillte a chinneadh thar mhúnla an stáit. Rinne uirlisí HOMER59 anailís saibhrithe móitíf57,58 agus anótáil buaic. Tá gach cód ar fáil i gcomhad bogearraí forlíontacha


B’fhéidir gur mhaith leat freisin