Nochtann Próifíl Imdhíonachta Fadaimseartha Eipitíopaí Ceannasacha a dhéanann Idirghabháil ar Dhíolúine Hurmanach Fadtéarmach i COVID-19–Daoine téarnaimh

Cúlra: Is coróinvíreas an-phataigineach agus tógálach é Coróinvíreas géarshiondróm riospráide 2 (SARS-CoV-2) a raibh paindéim dhomhanda ina cúis le 5.2 milliún bás go dtí seo. Tá ceisteanna a bhaineann le gnéithe séireolaíocha na himdhíonachta fadtéarmacha, go háirithe eieipitíopaí ceannasacha a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí buan-antasubstainte tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2, fós le soiléiriú.

Cuspóir: Bhí sé mar aidhm againn cinéitic agus fad saoil na bhfreagairtí imdhíonachta in othair galar coronavirus 2019 (COVID-19) a dháileadh, chomh maith leis na epitopes atá freagrach as díolúine humoral fadtéarmach marthanach i gcoinne SARS-CoV-2.

Modhanna: Rinneamar measúnú ar dhinimic imdhíonachta SARS-CoV-2 suas le 180 go 220 lá tar éis tosú an ghalair i 31 duine a raibh airíonna measartha de COVID-19 acu den chuid is mó, agus rinneamar próifíliú proteome ar fud na n-eipitíopaí ceannasacha atá freagrach as. freagraí imdhíonachta humoral leanúnach.

Torthaí: Nocht anailís fadaimseartha antasubstaintí spike-phróitéine marthanacha SARS-CoV-2 agus antasubstaintí neodraithe in othair COVID-19, mar aon le gníomhachtú táirgeadh cíteicnín ag céimeanna luatha tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2. Léiríodh go raibh epitopes an-imoibríocha a bhí in ann freagairtí fadtéarmacha antashubstainte a idirghabháil ag na próitéiní spíc agus ORF1ab. Mapáladh príomheipitíopaí den phróitéin spíc SARS-CoV-2 chuig an bhfearann ​​​​N-críochfort den fho-aonad S1 agus an fho-aonad S2, le céimeanna éagsúla de hoimeolaíocht seichimh i measc na coróinvíreas daonna endemic agus féiniúlacht ard seicheamh idir na luath-SARS- CoV-2 (Wuhan-Hu- 1) agus leaganacha reatha a scaiptear.

sochair fhorlíonadh cistanche-conas a neartú chóras imdhíonachta

Conclúid: Cothaíonn ionfhabhtú SARS-CoV-2 imdhíonacht ghreannmhar leanúnach i ndaoine aonair téarnaimh COVID-19 trí dhíriú ar eipitéipí ceannasacha atá suite ag na próitéiní spíc agus ORF1ab a dhéanann idirghabháil ar fhreagairtí imdhíonachta fadtéarmacha. Soláthraíonn ár dtorthaí bealach chun cuidiú le dearadh réasúnach vacsaíne agus le forbairt dhiagnóiseach. (J Ailléirge Clin Immunol 2022; 149:1225-41.)

Eochairfhocail:

SARS-CoV-2, COVID-19, freagairt imdhíonachta fadtéarmach, imdhíonacht ghreannmhar, micrea-eagar peptide ar fud an phroteome, epitóp ceannasach

Is leis an ghéineas Betacoronavirus, lena n-áirítear 2 ghéineas an-phataigineach eile atá ar eolas ag an gcoróinvíreas géarghéar-shiondróm riospráide, coróinvíreas 2 (SARS-CoV- 2), pataigin is cúis le paindéim leanúnach an ghalair coronavirus 2019 (COVID-19). coronaviruses: an géar-siondróm riospráide géar (SARS) agus coróinvíreas siondróm riospráide an Mheán-Oirthir (MERS).1 Ó tháinig an chéad chás taifeadta go déanach i mí na Nollag 2019, tá níos mó ná 263 milliún mar thoradh ar ionfhabhtú SARS-CoV-2 cásanna deimhnithe agus 5.2 milliún bás ar fud an domhain ó mhí na Samhna 2021, a dhéanann difear do 220 tír agus réigiún ar fud 5 mhór-roinn.2 Tar éis an ionfhabhtaithe, bíonn raon leathan léirithe cliniciúla, lena n-áirítear ionfhabhtuithe asymptomatic, comharthaí éadrom nó measartha, nó fiú niúmóine trom bagrach don bheatha.3 In ainneoin an ionfhabhtaithe. infhaighteacht cineálacha éagsúla cur chuige vacsaíne, tá go leor tíortha fós ag streachailt le tonnta nua ionfhabhtuithe a shrianadh, le leaganacha víreasacha ag teacht chun cinn a bhfuil an chuma orthu go léiríonn siad in-tarchurtha agus frithsheasmhacht in aghaidh freagairtí imdhíonachta frithvíreasacha. Ba cheart go mbeadh díolúine oiriúnaitheach chumhachtach fíor-riachtanach ag freagairt imdhíonachta humoral éifeachtach arna idirghabháil trí antasubstaintí a neodrú chun ionfhabhtú a chosc agus pataiginí víreasacha a dhíchur. Tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2, breathnaíodh ráta ard (os cionn 90%) de sheirea-thiontú láidir i measc daoine ionfhabhtaithe ag 7 go 14 lá tar éis tosú an ghalair.4-6 Táirgeadh IgA sain-antaigin, IgG, agus IgM ag aithint an phróitéin spíc (S) agus an phróitéin nucleocapsid (N) de SARS-CoV-2 inbhraite le linn chéim ghéarmhíochaine an ghalair agus ag céim luath an téarnaimh.4,5,7 Ba chosúil go raibh méid na n-antasubstaintí neodraithe a bheith bainteach le haois, ionfhabhtú siomptómach, agus déine galair. Is gnách go mbíonn leibhéil níos airde antasubstaintí neodraithe ag othair scothaosta agus ag daoine aonair a bhfuil comharthaí tromchúiseacha COVID á dtaispeáint acu.4,8-10 Léirigh roinnt staidéar a bhaineann le fad saoil na bhfreagairtí antashubstainte, ainneoin imoibríocht serum/plasma don víreas a chailleadh. antaiginí agus titers antashubstainte neodraithe ag laghdú le himeacht ama i gcásanna áirithe de COVID-19, chonacthas leibhéal marthanach díolúine fadtréimhseach foriomlán ar feadh suas le 8 go 12 mí tar éis ionfhabhtú a dhéanamh i ndaoine aonair téarnaimh de chuid COVID .10-13 Ina theannta sin, d'fhan líon na gceall cuimhne B a bhaineann go sonrach le SARS-CoV-2 cobhsaí ar feadh 6 go 12 mhí ar a laghad,12,13 mar aon le roghnú agus carnadh leanúnach clón B-chealla a shloinneadh antasubstaintí a neodrú, 12,14 a thaispeánann go gcoimeádtar imdhíonacht ghreannmhar mharthanach tar éis ionfhabhtú SARSCoV{{-2).

forlíonadh cistanche sochair-díolúine a mhéadú

Tá ról bunúsach ag antasubstaintí neodraithe i gcosaintí óstaigh in aghaidh ionfhabhtú víreasach. Aithníodh painéal antasubstaintí monaclónacha an-chumhachtacha de SARS-CoV-2,15-17 a dhíríonn go príomha ar eipitíopaí atá suite ag fearann ​​ceangailteach gabhdóirí den phróitéin S a chóimeálann i dtriomairí ar dhromchla an virion agus a éascaíonn iontráil víreas agus comhleá ar gabháil leis an einsím a thiontú angiotensin 2 gabhdóir.18 Tá réigiúin eile de próitéine S, lena n-áirítear an fearann ​​N-críochfort (NTD) den fho-aonad S1 agus an fo-aonad S2, chomh maith le epitopes imdhíon-ghineacha atá in ann a neodrú antasubstaintí.16 ,19,20 Seachas neodrú, féadfaidh antasubstaintí SARS-CoV-2 cosaint in vivo a thabhairt trí fheidhmeanna éifeachtóra Fc-idirghabhála, amhail fagaicíotóis atá cleithiúnach ar antasubstaintí arna spreagadh ag cealla marfacha nádúrtha agus cíteatocsaineacht atá cleithiúnach ar antasubstaintí ag monaicítí nó macrophages. 21,22 Chomh maith le hionfhabhtuithe víreasacha a chomhrac, féadfaidh antasubstaintí a ghintear trí ionfhabhtú nádúrtha nó vacsaíniú pataigineas víreas a éascú, trí ghníomhachtú méadaithe athlasadh nó trí ionfhabhtaíocht fheabhsaithe víreas trí fhoirmiú coimpléasc imdhíonachta antaigin/antasubstainte nó trí fheidhmeanna FC-spleách,23-25 cé nár breathnaíodh an t-ionfhabhtú víreasach feabhsaithe i gcomhthéacs SARS-CoV-2 in vivo. Éilíonn na róil éagsúla freagairtí antashubstaintí tréithriú córasach ar eipitipí SARSCoV-2, chomh maith le hairíonna na n-antasubstaintí fadtréimhseacha a dhíríonn ar eipitéipí neodraithe nó neamh-neodracha. In ainneoin dul chun cinn le déanaí ar chinéitic agus fad na bhfreagairtí antashubstainte tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2, tá anailís fhadtéarmach maidir le heipitíopaí feiceálach a chothaíonn freagraí imdhíonachta greannacha fadtéarmacha teoranta go fóill. Tá próifílí déanta ag staidéir roimhe seo ar eiseapóip de fhreagairt antashubstainte i ndaoine aonair atá ionfhabhtaithe le COVID-19 ag baint úsáide go príomha as measúnachtaí bunaithe ar ELISA, 26,27 cineálacha cur chuige bunaithe ar phage nó ar thaispeántas baictéarach,28-31 agus teicneolaíochtaí atá bunaithe ar mhicreagar.30,{{ 38}} Aithníodh go leor eipitipí imdhíonachta de phróitéin SARS-CoV-2; rinneadh na réigiúin ba mhinice a braitheadh ​​a mhapáil gar do nó a chuimsíonn an peptide comhleá (FP) den fho-aonad S2, athsheolaíonn an dara heptad laistigh den fho-aonad S2 agus ar fhearann ​​C-críochfort an fho-aonaid S1.26,28-30, 32,33 Ina theannta sin, léirigh scagthástáil séireolaíoch epitopes atá suite ag próitéiní eile ar fud an phróitéama SARS-CoV-2, lena n-áirítear próitéin N, próitéin membrane (M), agus ORF1ab, ORF3a, agus ORF7a.28-30, 34,35 Cé gur thug staidéir roimhe seo léargas tábhachtach ar eipitéipí antaigineacha, dhírigh na staidéir seo go mór ar phróifíliú epitóp na n-othar COVID-19 sa chéim téarnaimh luath. Tá na heiseaipéipí cruinne a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí antashubstaintí sainiúla SARS-CoV-2 mar aon le dinimic an aitheantais eipitíopa le soiléiriú fós. Anseo, chun tuiscint níos doimhne a fháil ar chinéitic agus ar fhad saoil na bhfreagairtí imdhíonachta greannacha in othair COVID-19, go háirithe epitopes atá freagrach as imdhíonacht fhadtéarmach marthanach i gcoinne SARS-CoV-2, rinneamar anailís chuimsitheach fadaimseartha próifíliú imdhíonachta i 31 othar COVID{-19 suas go dtí 180 go 220 lá tar éis tosú na siomptóim. Bunaithe ar mheastóireacht ar antasubstaintí ceangailteach antaiginí agus neodraithe chomh maith le leibhéil serum cytokine, shainaithnímid a thuilleadh painéal epitopes atá suite ag próitéiní ORF1ab, S, agus N de SARSCoV{70}} a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí imdhíonachta greannacha leanúnacha ag baint úsáide as peiptíd. microarray a chuimsíonn proteome iomlán SARS-CoV-2. Tugann ár dtorthaí solas ar ghnéithe na díolúine fadtéarmach chun ionfhabhtú víreasach a shárú agus cabhróidh siad le dearadh réasúnach vacsaíne a threorú agus le forbairt uirlisí séireolaíochta diagnóiseacha feabhsaithe.

MODHANNA

Rannpháirtithe staidéir agus bailiú samplaí

Chun cinéitic freagairtí imdhíonachta faoi threoir SARS-CoV-2 a mheas go fadaimseartha, bailíodh 101 sampla séiream ó 31 SARS-CoV{5}} – daoine aonair ionfhabhtaithe a ligeadh isteach chuig Tríú Ospidéal Nantong atá Cleamhnaithe chuig Ollscoil Nantong (Nantong). , an tSín) idir Eanáir agus Márta 2020. Diagnóisíodh ionfhabhtú SARS-CoV-2 dearbhaithe trí thástáil chainníochtúil PCR trascríobh droim ar ais; Sainmhíníodh déine an ghalair mar éadrom go measartha (neamhghéar) nó mar COVID-19 thromchúiseach de réir leagan 7 den Phrótacal um Fháthmheas agus um Chóireáil le haghaidh niúmóine Coróinvíreas Úr a d’eisigh Coimisiún Sláinte Náisiúnta Daon-Phoblacht na Síne.36 Leanadh na hothair suas go fadaimseartha ar feadh 4 go 8 mí tar éis téarnamh ó ionfhabhtú géarmhíochaine. Bailíodh samplaí fola ar bhealach fadaimseartha ó 4 go 219 lá tar éis tosú na siomptóim do 20 othar i measc 31 rannpháirtí staidéir (4.5 sampla meánach in aghaidh an duine aonair, idir 2 agus 8), agus rinneadh sampláil aonuaire-phointe do gach ceann de na 11 duine eile a bhí i gcéim téarnaimh dhéanach den ghalar (laethanta 122 go 214 tar éis tosú an ghalair). Dá réir sin, áiríodh sera (n 5 20) ó dheontóirí sláintiúla a bhaineann le haois agus gnéas-mheaitseáil mar an ngrúpa rialaithe freisin. Ní raibh ionfhabhtú doiciméadaithe ag aon rannpháirtí staidéir le SARS nó MERS.

D'fhaomh coiste eiticiúil Tríú Ospidéal Nantong atá cleamhnaithe le hOllscoil Nantong (ceadú EL2020006) an staidéar. Fuarthas toiliú feasach i scríbhinn ó gach rannpháirtí sa staidéar. Scaradh séiream ó fhuil fhorimeallach i bhfeadáin glóthacha serum trí lártheifneoiriú, foirmíodh ina slánchodanna é, agus stóráiltear é ag 2808C roimh úsáid.

Línte cille

Saothraíodh cealla HEK293T agus Huh7 i meán Eagle arna mhodhnú ag Dulbecco (Gibco; Thermo Fisher Scientific, Waltham, Mass) arna fhorlíonadh le séiream bó-ainmhithe féatais 10% (Gibco), 100 U/mL peinicillin (Gibco), agus 100 mg/ mL streptomycin (Gibco) ag 378C le 5% CO2.

sochair cistanche do na fir-neartú chóras imdhíonachta

Cliceáil anseo chun táirgí Cistanche Feabhsú Díolúine a fheiceáil

【Iarr tuilleadh】 Ríomhphost:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

ELISA do bhrath antashubstaint IgG

Chinn ELISA leibhéil na n-antasubstaintí IgG atá ceangailteach le hantaigin i samplaí séiream daonna. Réamhbhrataíodh pláta ELISA nócha sé-tobar (Corning, Corning, NY) le SARS-CoV-2 próitéin nucleocapsid (Sino Biological, Beijing, China, catalóg uimh. 40588-V08B , 50 ng in aghaidh an tobair) nó próitéin spíc (Sino Biological, 40589-V08B1, 100 ng in aghaidh an tobair), próitéin spíc SARS-CoV (Sino Bitheolaíoch, 40634-V08B, 100 ng in aghaidh na go maith), nó próitéin spíc MERS-CoV (Sino Biological, 40069-V08B, 50 ng in aghaidh an tobair) thar oíche ag 48C. Tar éis é a bhlocáil le bainne neamhshaille 5% i salanda maolánach fosfáite (PBS) ina bhfuil 0.05% Tween 20 (PBS-T) ar feadh 2 uair ag 378C, 3-hilleadh samplaí séiream díghníomhaithe teas-chaolaithe go sraitheach ag caolú tosaigh 1 : Cuireadh 200 isteach i bplátaí réamhbhrataithe ar feadh 2 uair ag 378C. Nitear toibreacha 3 huaire idir gach céim le PBS-T. Rinneadh frithghníomhartha a léirshamhlú trí gor le antashubstaint IgG frith-daonna frithdhonna-ridish peroxidase (Abcam, Cambridge, an Ríocht Aontaithe, caolú 1:100,{{{{{{{{{{{{{40588-}) ar feadh 1 uair ag 378C, agus ina dhiaidh sin cuireadh tsubstráit tetramethylbenzidine (Life Technologies, Carlsbad) leis. , Calif). Stopadh na frithghníomhartha forbraíochta le 2 mol H2SO4, agus tomhaiseadh ionsúiteacht ag 450 nm agus an tonnfhad ceartúcháin socraithe ag 630 nm (OD450 2 OD630). Chun titer críochphointe na n-antasubstaintí ceangailteacha a ríomh, rinneadh na sonraí a líneáil trí log10 caoluithe séiream a bhreacadh i gcoinne na luachanna ceartaithe dlúis optúla (OD) (OD450 2 OD630) laistigh den chuid líneach den chuar (y 5 kx 1 b , r2 > 0.99), agus an caolú serum ag ar ríomhadh an luach OD coigeartaithe (OD450 2 OD630) 5 0 chun titer críochphointe a thabhairt. Rinne ELISA peptide-bhunaithe measúnú ar antasubstaintí IgG a bhaineann go sonrach le hantaigin i lucha peptide-imdhíonta. Go hachomair, 96-tá plátaí tobar ELISA (Thermo Fisher Scientific) brataithe le 1 mg in aghaidh an tobair de 4 pheptídí measctha (peptides 318, 356, 510, agus 530) i maolán carbónáit (pH 9.6) thar oíche ag 48C. Tar éis blocáil le PBS-T ina raibh 5% de bhainne neamhshaille, goraíodh toibreacha le samplaí serum caolaithe ag 1:40 ar feadh 1 uair ag 378C. Ina dhiaidh sin, nite plátaí agus gor iad le horseradish peroxidase-comjugated frith-luch IgG antashubstainte (Abcam). Rinneadh imoibrithe a léirshamhlú le substráit tetramethylbenzidine (Teicneolaíochtaí Beatha), agus rinneadh an t-ionsúchtadh ag 450 nm a thomhas tar éis stop a chur le frithghníomhartha le 2 mol H2SO4.

Táirgeadh agus toirtmheascadh pseudovirus

An ionchódú géine codon-optamaithe SARS-CoV-2 (NC_045512) nó SARS-CoV (AY291315.1) spícphróitéin le scriosadh C-críochfort 19 aa, nó MERS-CoV (JX{{10) }}) clónáladh próitéin spíce teasctha le C-críochfort 16 aa isteach i veicteoir pcDNA3.1(1), faoi seach. Rinneadh cealla HEK 293T a shaothraítear i mias cultúr fíocháin 100 mm a chomhaistriú le 1mg de phróitéin spíc ionchódaithe plasmid agus 15 mg de chnámh droma in iúl luciferase (pNL4-3.luc.RE) easnamhach ag baint úsáide as polyethyleneimine (Polysciences). , Warrington, Pa). Bailíodh forlíonta saothraithe cille ina bhfuil pseudovirus ag 48 uair tar éis an aistrithe, a scagadh agus a stóráil ag 2808C i slánchodanna. Chun titers víreas a chinneadh (50% dáileog ionfhabhtaíoch maidir le cultúr fíocháin), cuireadh caolú sraitheach pseudoviruses le 1 3 104 cealla Huh7 réamhsholta i 96-phlátaí toibreacha. Tar éis 12 uair an chloig d'ionfhabhtú, cuireadh meán fáis úr in ionad an mheáin ina bhfuil víreas, agus saothraíodh na cealla ar feadh 48 uair an chloig breise. Rinneadh gníomhaíocht Luciferase de lysis cille a thomhas le Córas Measúnachta Steady-Glo Luciferase (Promega, Madison, Wisc) ag baint úsáide as léitheoir microplate (BioTek Instruments, Winooski, Vt), agus toibreacha a tháirgeann aonaid luminescence coibhneasta níos airde ná 10 n-uaire measadh an meánluach cúlra. dearfach.

Pseudovimeasúnacht neodrú rus

Caolaíodh go srathach samplaí séiream neamhghníomhaithe teasa ó othair COVID nó ó dheontóirí sláintiúla agus goraíodh iad le 2 bhréagvíreas ag 50% dáileog ionfhabhtaíoch saothrán fíocháin ar feadh 1 uair an chloig ag 378C. Cuireadh na meascáin i bhfeidhm ansin chun cealla Huh7 a ionfhabhtú a réamhshíoltar i 96-phlátaí tobair i ndúblach. Athlánaíodh toibreacha le meán fáis úr ag 12 uair an chloig tar éis ionfhabhtú, agus socraíodh gníomhaíocht luciferase na gcealla 48 uair an chloig ina dhiaidh sin. Ríomhadh na titers neodraithe 50% (NT50) i gcoinne pseudoviruses SARS-CoV-2 agus SARS-CoV trí aischéimniú neamhlíneach ag baint úsáide as bogearraí GraphPad Prism 8.0 (GraphPad Software, La Jolla, Calif); agus sainmhíníodh an NT50 de pseudovirus MERS-CoV mar an caolú is airde de serum a raibh mar thoradh air laghdú 50% ar aonaid luminescence coibhneasta i gcomparáid le rialú víreas gan samplaí serum a chur i bhfeidhm.

Brath cítocín bunaithe ar mhiocrór-phróitéin

Tomhas cainníochtúil cítocíní iolracha (IL-1a, IL-1b, IL- 4, IL-6, IL-8, IL-10 , IL-13, MCP-1, IFN-g, agus TNF-a) i samplaí serum ag baint úsáide as eagar ilphléacs ELISA (RayBiotech, Peachtree Corners, Ga) de réir phrótacal an déantóra. Go hachomair, cuireadh bac ar shleamhnáin ghloine réamhbhrataithe le hantasubstaintí cítocine-shonracha le caolaitheoir samplach ag teocht an tseomra ar feadh 30 nóiméad, agus cuireadh samplaí séiream caolaithe 60 mL 2-fillte nó caoluithe caighdeánacha cítocine 60 mL leo ina dhiaidh sin. Tar éis gor thar oíche ag 48C, nite sleamhnáin 5 huaire agus dhaite le 80 ml manglam antashubstaint braite biotinylated agus ansin Cy3 streptavidin ruaim-chomhchuingeach coibhéiseach ag teocht an tseomra ar feadh 1 uair an chloig. Braitheadh ​​an déine fluaraiseachta ag scanóir InnoScan 300 microarray (Innopsys, Chicago, Ill) ag 532 nm, agus rinne bogearraí Q-Analyzer (RayBiotech) anailís ar na sonraí.

Sintéis peptide agus comhchuingeach le halbaimin serum buaibheach

Rinne GL Biochem (Shanghai, an tSín) iomlán de 515 peiptíd (15 aa ar fhad, forluí faoi 11 aa) a chlúdaíonn an próitéam SARS-CoV-2 a shintéisiú ar bhonn seicheamh aimínaigéad SARS-CoV -2 brú Wuhan-Hu-1. Réimníodh peptides le serum-albaimin buaibheach (BSA) ag baint úsáide as an traslinker Sulfo-SMCC (Thermo Fisher Scientific) de réir threoracha an mhonaróra. Go hachomair, cuireadh Sulfo-SMCC ag 30-barrachas molar huaire le BSA, agus scagdhealú ina dhiaidh sin chuig PBS. Ina dhiaidh sin, cuireadh an peptide ina bhfuil cistéin i gcóimheas 1: 1 (wt / wt) gortha ar feadh 2 uair, agus dialyzed tuilleadh le PBS chun deireadh a chur le peiptídí saor in aisce.

Monarú microarray peptide

Chun an microarray peptide a ullmhú, peptides SARS-CoV-2, chomh maith leis an rialú diúltach (BSA) agus rialuithe dearfacha (antasubstaintí IgG frith-dhaonna agus IgM frith-dhaonna; Sigma-Aldrich, St Louis, Mo) , díluailithe ar shleamhnáin tsubstráit PATH (Grace Bio-Labs, Bend, Ore) trí úsáid a bhaint as printéir Super Marathon (Arrayjet, Dún Éideann, Albain, an Ríocht Aontaithe). Ansin caomhnaíodh micriarrays peptide ag 2808C le húsáid bhreise.

cistanche tubulosa-feabhas a chur ar chóras imdhíonachta

Mapáil epitope bunaithe ar mhicrearray

Rinneadh anailís séiream bunaithe ar mhicrearray mar Li et al,37 le mionathruithe. D'fhonn seomraí aonair a chruthú do na fo-eagair chomhionanna, cuireadh 14-gasket rubair cuasáin ar gach sleamhnán micrea-eagair peptide. Rinneadh na heagair sleamhnáin a théamh go teocht an tseomra sula n-úsáidfí iad, agus ansin cuireadh bac orthu le 3% BSA i PBS-T ar feadh 3 uair an chloig. Caolaíodh na samplaí séiream ó othair COVID-19 nó séiream comhthiomsaithe ó 2{0 deontóir sláintiúil (grúpa rialaithe) ag 1:200 i PBS-T d’fhormhór na samplaí agus ansin goraíodh iad le gach fo-eagraí ar feadh 2 uair ag 48C. Níodh na eagair le PBS-T, agus goraíodh iad le IgG frithdhuine gabhar comhchuingeach Cy{3-agus Alexa Fluor 647 – IgM frith-daonna asal comhchuingeach (Jackson ImmunoResearch Laboratories, West Grove, Pa) ag caolú 1:1000 gach ceann ar feadh 1 uair ag teocht an tseomra. Tar éis goir, nite na eagair le PBS-T agus ansin triomaíodh iad go hiomlán trí lártheifneoiriú ag teocht an tseomra. Ina dhiaidh sin, rinneadh na eagair a scanadh ag baint úsáide as scanóir microarray LuxScan 10K-A (CapitalBio, Beijing, an tSín), agus fuarthas agus rinne bogearraí GenePix Pro 6.0 (Molecular Devices, Sunnyvale, Calif) sonraí déine fluaraiseachta FL a fháil agus a anailísiú.

FIG 1. Dinimic fadaimseartha na bhfreagraí antashubstainte in othair COVID-19. Scéim de dhearadh an staidéir. Cláraíodh 31 duine aonair ionfhabhtaithe SARS-CoV-2 agus 20 deontóir sláintiúil sa staidéar. Rinneadh bailiú samplaí séirim go fadaimseartha ag pointí ama iolracha le haghaidh 20 othar i measc 31 SARS-CoV-2 – daoine aonair ionfhabhtaithe, agus rinneadh sampláil ag pointe ama amháin don 11 othar eile. Liostaítear líon na rannpháirtithe agus na samplaí serum a úsáideadh i measúnachtaí éagsúla. B agus C, Thástáil ELISA 101 sampla séiream ó 31 othar COVID-14 le haghaidh antashubstaintí IgG ceangailteach próitéin SARS-CoV (B) agus próitéin S (C) ag pointí ama éagsúla tar éis tosú na siomptóim (laethanta 1-30, n 5 37; laethanta 31-61, n 5 18; laethanta 100-150, n 5 21; laethanta {{21} }}, n 5 25). Áiríodh samplaí serum ó 20 deontóir sláintiúil mar ghrúpa rialaithe. Ríomhadh D, NT50 i gcoinne pseudoviruses SARS-CoV{-2 le himeacht ama trí aischéimniú neamhlíneach. E, Dáileadh gníomhaíochta neodraithe séiream in othair COVID-19 ag pointí ama sonraithe tar éis don ghalar a bheith curtha i láthair. Sainmhíníodh samplaí le titer NT50 faoi bhun 20 mar shamplaí gan neodrú

Anailís sonraí microarray peptide

Rinneadh anailís ar shonraí IgG agus IgM faoi seach. Sainmhíníodh déine comhartha gach spota mar an tulra lúide an cúlra agus meán na spotaí triple do gach peptide. Socraíodh an luach scoite d’fhreagairt dhearfach peiptíde samplaí COVID-19 mar dhá oiread déine comhartha an rialaithe deontóra sláintiúil. Sainmhíníodh peptides le rátaí dearfacha os cionn 80% i measc samplaí a tástáladh ag na 3 phointe ama samplála ar fad (laethanta 10-60, 100-150, agus 180-220 tar éis tosú an ghalair) mar pheiptídí agus peiptídí ceannasacha agus leanúnacha le measadh go raibh minicíocht freagartha dearfach os cionn 60% ag na 3-pointí ama ar fad focheannasach agus leanúnach. Ríomhadh meán-déine comhartha gach peptide i 3 ghrúpa pointe ama samplála; Roghnaíodh peiptídí a thaispeánann ard-déine comhartha (os cionn an mheáin 1 SD de dhéine comhartha na samplaí tástála uile) freisin. Rinne bogearraí R v3.6.3 (https://www.r-project.org/) próiseáil agus anailís ar shonraí, agus rinneadh measúnú ar athruithe suntasacha déine comhartha i measc grúpaí pointe ama samplála éagsúla bunaithe ar Limma. Measadh go raibh difríochtaí le P < .05 suntasach go staitistiúil.

Imdhíonadh luiche

Ceannaíodh lucha ban BALB/c idir 6 agus 8 seachtaine d'aois ó Beijing Vitalstar Biotechnology (Beijing, an tSín). Bhí gach lucha lonnaithe i saoráidí sonracha saor ó phataigin, agus d'fhaomh Coiste Institiúideach um Chúram agus Úsáid Ainmhithe Ollscoil Leighis Tianjin (Tianjin, an tSín) an staidéar ainmhithe. Le haghaidh imdhíonta, cuireadh grúpaí lucha (n 5 5) instealladh intramuscularly le 25 mg in aghaidh an dáileog de gach peptide (peptides 318, 356, 510, agus 530 faoi seach) measctha le 50 mg alúm (InvivoGen, San Diego, Calif) agus aidiúvaigh 10 mg CpG, agus treisithe faoi dhó le 50 mg in aghaidh na dáileoige peiptídí i láthair aidiúvach i gceann 2-tréimhsí seachtaine. Ba é an vacsaíniú le aidiúvaigh amháin an rialú diúltach. Bailíodh sera ó lucha imdhíonta ar lá 10 nó lá 14 tar éis an dara agus an tríú imdhíonadh.

Anailísí staidrimh agus struchtúracha

Rinne GraphPad Prism na graif go léir a bhreacadh. Rinneadh comparáidí staitistiúla idir grúpaí i bhFíor 1, i bhFíor 2, agus i bhFíor 4 ar 1-bhealach ANOVA le comparáid iolrach Tukey. Socraíodh na comhghaolta a thaispeántar i bhFíor 1 Fíor E9 agus Fíor E10 sa Stór Ar Líne atá ar fáil ag www.jacioonline.org trí anailís chomhghaolaithe Pearson. Measadh go raibh difríochtaí le P < .05 suntasach go staitistiúil. Struchtúir spike próitéin SARS-CoV-2 (Banc Sonraí Próitéin [PDB; http://www.wwpdb.org/] ID: 6VXX agus PDB ID: 6ZGI) agus fearann ​​maolúcháin SARS-CoV{{ Baineadh úsáid as 13}} próitéin nucleocapsid (PDB ID: 6YUN) chun sonraí struchtúracha na n-eipitíopaí aitheanta atá suite ar an bpróitéin spike agus an fearann ​​​​caolaithe den phróitéin nucleocapsid a dháileadh. Rinne algartam Clustal W ailíniú seicheamh agus anailís homaleolaíochta i measc coróinvíreas daonna éagsúla i mbogearraí MEGA v10.1.6.

TORTHAÍ

Cothaíonn ionfhabhtú SARS-CoV-2 antasubstaintí marthanacha a bhaineann go sonrach le hantaigin agus a neodaíonn

Chun measúnú fadaimseartha a dhéanamh ar fhreagraí antashubstaintí tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2, bailíodh 101 sampla séiream ó 31 duine a raibh ionfhabhtú SARS-CoV-2 deimhnithe PCR orthu (Fíor 1, A). I measc rannpháirtithe an staidéir bhí 26 othar le COVID measartha-19, 1 le cur i láthair asymptomatic, 2 le tinneas éadrom, agus 2 le hairíonna tromchúiseacha (féach Tábla E1 sa Stór Ar Líne atá ar fáil ag www.jacioonline.org). Bhí raon idir 17 agus 66 bliana d’aois ag na hothair a cláraíodh sa staidéar seo (aois airmheánach, 45 bliain), le dáileadh beagnach comhionann d’ábhair fireanna (51.6%) agus baineann (48.4%). I measc na n-airíonna is coitianta i measc rannpháirtithe an staidéir bhí fiabhras (83.9%), casacht (67.7%), mialgia (22.6%), agus chills (22.6%), le ré airmheánach tinnis de 15 lá. Bailíodh 90 sampla séiream san iomlán ó 20 othar COVID{-19 le linn a bheith san ospidéal agus scaoileadh amach tar éis téarnamh ag pointí iolracha ama suas go dtí 219 lá tar éis tosú na siomptóim (Fíor 1, A, agus féach Tábla E2 sa Stór Ar Líne). Rinneadh sampláil ó na 11 rannpháirtí eile ag pointe ama amháin le linn téarnaimh dhéanach (laethanta 122 go 214 tar éis tosú na siomptóim). Ina theannta sin, áiríodh samplaí ó 20 deontóir sláintiúil le dáileadh meaitseála aoise agus gnéis mar ghrúpa rialaithe (Tábla E1). Rinne ELISA antasubstaintí IgG a bhaineann go sonrach le hantaigin i samplaí séiream a chainníochtú agus iad réamhbhrataithe le SARS-CoV-2 próitéin N nó próitéin S. I gcomparáid le deontóirí sláintiúla, forbraíodh antasubstaintí frith-N agus frith-S IgG in othair COVID{-19 laistigh de 30 lá tar éis do na hairíonna tosú, le titer críochphointe meán geoiméadrach de 4.10 (log10 frith-N IgG) agus 4.20 (log10 frith-S IgG) (Fíor 1, B agus C; agus féach Tábla E3 sa Stór Ar Líne ag www. jacioonline.org; Fíor E1, A agus B; agus Fíor E2), i gcomhaontú le barúlacha roimhe seo go séirea-thiontú tarlaíonn sé idir 1 agus 2 sheachtain tar éis ionfhabhtú SARS-CoV{-2.5,38 Ina dhiaidh sin, tháinig laghdú ar leibhéil éagsúla antaiginí ceangailteach le himeacht ama. Breathnaíodh leibhéil antashubstainte frith-N IgG a bhí ag laghdú go tapa agus go suntasach in othair COVID-19, ach coinníodh leibhéil níos airde de titers frith-S IgG suas go dtí 180 go 220 lá tar éis don ghalar tosú i gcomparáid le deontóirí sláintiúla (Fíor 1, B). , agus C). Nocht anailís comhghaoil ​​comhghaol suntasach idir titers frith-N IgG log10 agus titers frith-S IgG (r 5 0.50 agus P < .001; Fíor 1, F). Chomh maith le hantasubstaintí ceangailteacha a chainníochtú, rinneadh tuilleadh cinntithe ar dhinimic antasubstaintí neodraithe feidhmiúla i ndaoine aonair ar a bhfuil COVID-19 trí úsáid a bhaint as SARS-CoV{82}} pseudotyped. Bhí gníomhaíochtaí neodraithe láidre i gcoinne SARS-CoV-2 ag breis is 95% de shamplaí séiream othar (35/37) a bailíodh idir 4 agus 30 lá tar éis tosú na siomptóim, agus léirigh cuid mhór samplaí measartha (NT50 80-320). ) le gníomhaíocht neodraithe láidir (NT50 > 320) (Fíor 1, D agus E). Is díol suntais é, bailíodh 2 shampla nach raibh aon leibhéal neodraithe nó íseal-leibhéal (NT50 ag caolú séiream íosta de 1:20) ag tréimhse luath tar éis ionfhabhtú víreasach (ar lá 4 agus lá 11 tar éis tosú na siomptóim) sular aimsíodh antashubstaintí neodraithe láidre (Fíor). 1, D, agus Fíor E1, C). In ainneoin laghdú ar leibhéil SARS-CoV-2 antasubstaintí a neodaíonn in othair COVID-19 le himeacht ama, d’éirigh an chuid is mó de na samplaí séiream othar (24/25) a fuarthas le linn 180 go 220 lá tar éis tosú na siomptóim dearfach maidir le neodrú i gcoinne SARS- CoV-2, le laghdú faoi 2.{8-i meánteidil gheoiméadracha NT50 (Fíor 1, D agus E; Tábla E3; Fíor E3). De réir mar a bheifí ag súil leis, i gcomparáid le hantasubstaintí frith-N IgG, aithníodh comhghaol níos láidre idir titers ceangailteacha IgG SARS-CoV-2 S agus titers antashubstainte neodraithe (r 5 0.61 agus P < .001; Fíor 1; , G agus H), ag teacht leis na torthaí gurb é próitéin SARS-CoV-2 S an príomhsprioc chun antasubstaintí a neodrú. Tá cosúlacht ard seicheamh ag próitéin S SARS-CoV-2 le SARS-CoV an-bhogartha (aitheantas seicheamh 76%) agus léiríonn sé hoimeolaíocht seicheamh íseal le MERS-CoV (aitheantas seichimh 34%). Tuairiscíodh tras-imoibríocht shéireolaíoch i measc coróinvíris; 8,10,28,29, áfach, tá sonraí ar mheastóireacht leantach fadaimseartha ar thras-imoibríocht antasubstaintí i gcoinne SARS-CoV-2 i leith coróinvíreas eile fós teoranta. Chinneamar antasubstaintí tras-cheangailteacha agus tras-neodracha i séirim fadaimseartha ó SARS-CoV-2–daoine aonair ionfhabhtaithe. Léirigh na torthaí go raibh níos mó ná 80% de shamplaí serum othar ceangailte le próitéiní S de SARS-CoV agus/nó MERS-CoV laistigh de mhí amháin tar éis tosú na siomptóim, agus léirigh 27% de na samplaí tras-imoibríocht dhúbailte (Fíor 1, I). Bhí comhréir níos mó (73%) ag imoibríocht do phróitéin SARS-CoV S ná MERS-CoV (35%) i measc samplaí a tástáladh go luath (1-30 lá tar éis tosú an ghalair) (Fíor 1, I). Tháinig laghdú de réir a chéile ar na hantasubstaintí tras-cheangailteacha dúbailte agus SARS-CoV le himeacht ama, agus níor tháinig ach 8% de shamplaí tras-cheangailteacha dúbailte agus 20% de shamplaí aonair tras-cheangailteacha SARS-CoV ag 180 go 220 lá tar éis tosú an ghalair (Fíor 1). , I; sa Stór Ar Líne atá ar fáil ag www.jacioonline.org, féach Fíor E4, A; Fíor E5, A; agus Fíor E6 i Stór Ar Líne an ailt seo ag www.jacioonline.org). Rud suimiúil, d’fhan dearfacht antasubstaintí próitéin-imoibríocha MERS-CoV S sách seasta le himeacht ama (Fíor 1, I). Difriúil ón ardchumas trascheangailteach, níl ach líon beag samplaí serum othar tras-neodraithe SARS-CoV agus/nó MERS-CoV pseudoviruses (Fíor 1, I; Fíor E4, B; Fíor E5, B; agus féach Fíor E7 sa Stór Ar Líne). Chuir thart ar 27% de na samplaí a bailíodh ag 1 go 30 lá tar éis tosú na siomptóim gníomhaíocht tras-neodrach i láthair, agus thit an líon seo go 20% ag 180 go 220 lá, le hathruithe níos drámatúla i ngníomhaíocht tras-neodraithe SARS-CoV (Fíor 1, I. ). Rinne céatadán níos airde samplaí SARSCoV tras-neodrach ná MERS-CoV laistigh de 30 lá tar éis don ghalar tosú. Is fiú a thabhairt faoi deara, in ainneoin comhréireanna comhchosúla samplaí a léirigh tras-neodrú SARS-CoV agus MERS-CoV, bhí na luachanna NT50 do MERS-CoV i bhfad níos ísle ná luachanna SARSCoV i measc samplaí serum a bhí dearfach le haghaidh tras-neodraithe (Fíor E4, B; Fíor E5, B; Fíor E7).

cistanche córas imdhíonachta a mhéadú plandaí

Is é an toradh a bhíonn ar ionfhabhtú SARS-CoV-2 ná táirgeadh cítocín a ghníomhachtú

Chun na hathruithe imdhíoneolaíocha tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2 a thréithriú go cuimsitheach, rinneamar measúnú breise ar athruithe ar dhinimic na leibhéil cítocín i séiream othair COVID-19. Baineadh úsáid as caoga cúig sampla séiream fadaimseartha a bailíodh laistigh den chéad 2 mhí ó thosaigh na siomptóim chun táirgeadh cítocín a bhrath trí mhicrea-eagraíocht próitéin-bhunaithe. Breathnaíodh leibhéil serum méadaithe de chitocínín iolracha le linn na chéad mhí den bhreoiteacht, lena n-áirítear IL-1a (proinflammatory), IL-6 (proin-inflammatory), agus IL-10 (frith-athlastach ), atá nasctha le siondróm scaoileadh cítocín i gcásanna tromchúiseacha COVID-19,39,40 chomh maith le IFN-g (cineál TH1) agus IL-4 (cineál TH2) (Fíor 2, A, agus Fíor E8 sa Stór Ar Líne atá ar fáil ag www.jacioonline.org). Go sonrach, mhéadaigh leibhéil séiream IL-6, IL-10, agus IFN-g laistigh de 15 lá tar éis tosú na siomptóim in othair agus laghdaigh siad i gcéimeanna níos déanaí, cé gur scaoileadh IL-1 Léiríodh gur tháinig méadú thar cuimse ar a agus IL-4 le linn 16 go 30 lá ó thosaigh an galar, agus gur thit sé go gnáth ina dhiaidh sin (Fíor 2, A). Léirigh anailís comhghaoil ​​go raibh baint líneach lag nó nasc ar bith idir freagairtí antaigin-shonracha antashubstainte agus táirgeadh cíteicne i ndiaidh ionfhabhtú SARS-CoV, cé gur tugadh suntas staitistiúil faoi deara idir leibhéil IL-10 agus SARS-CoV{{ 34}} N antashubstaint cheangailteach próitéine (r 5 0.321 agus P < .05), idir táirgeadh IL-1b agus antashubstaint cheangailteach próitéin S (r 5 20.335 agus P<.05), and between TNF-a and S protein binding antibody levels (r 5 20.335 and P <.05; see Fig E9 in the Online Repository). To allow direct visualization and comparison among patient samples across multiple cytokine responses over time, we constructed a heat map showing fold changes in cytokine release relative to the healthy donor control group (Fig 2, B). Consistent with our findings presented above, elevated serum cytokine levels after SARS-CoV-2 infection were predominantly observed during the acute phase and an early period of convalescence (within 30 days after disease onset) (Fig 2, A and B). Among cytokines tested, proinflammatory IL-6 exhibited the most robust response, with a 4.9-fold increase and a 2.9-fold increase on average for samples collected during 1 to 15 days and 16 to 30 after onset of symptoms, respectively (Fig 2, B). Of note, 1 serum sample (sample Pt-S22, collected on day 18 after disease onset) obtained from a COVID–19–infected individual with moderate disease, exhibited a marked increase in the production of multiple proinflammatory cytokines, including IL-1a, IL-1b, IL-6, and TNF-a (Fig 2, B). Additionally, hyperproduction of cytokines including IL- 1a, IL-4, IL-6, IL-10, IL-13, and IFN-g was also detected in 1 sample (sample Pt-S11, collected at day 15 after disease onset) collected from a severe case of COVID-19; presumably, these are associated with disease severity and outcome (Fig 2, B). These results indicate broad inflammatory activation and changes over time involving the concomitant release of proinflammatory and anti-inflammatory cytokines as well as TH1-type and TH2-type cytokines in COVID-19 patients.

Aithníonn mapáil epitope ar fud an Proteome eiteipéipí ceannasacha a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí imdhíonachta greannacha marthanacha in othair COVID-19

Chun tréithe idirdhealaitheacha na díolúine humoral do SARS-CoV-2 a thréithriú níos fearr le himeacht ama, chuireamar mapáil epitope ar fud an proteome i bhfeidhm ag baint úsáide as micrea-eagair peiptíde. Gineadh agus díluailíodh leabharlann peiptíde a chlúdaíonn an próitéam SARS-CoV-2 ar shleamhnáin, ina raibh gach peiptíd 15 aa ar fhad le forluí 11 aa. Iomlán de 51 sampla séirim fadaimseartha ó 19 othar a raibh asymptomatic (n 5 1) nó éadrom (n 5 2) go measartha (n 5 15) nó trom (n 5 1 acu ) Tástáladh ionfhabhtuithe SARS-CoV{-2 (Tábla I). Chun uimhreacha samplála, eatraimh agus pointí ama réasúnta cothrom a bhaint amach, bailíodh samplaí go seicheamhach ag 2 nó 3 phointe ama ó gach rannpháirtí de chuid COVID-18, idir 16 agus 219 lá tar éis tosú na siomptóim. Ghin formhór na n-othar (18/19) antasubstaintí neodraithe tar éis ionfhabhtú víreasach, ach amháin i gcás an duine aonair a raibh ionfhabhtú asymptomatic (Tábla I). De réir na bpointí ama samplála éagsúla, roinneadh samplaí i 3 ghrúpa: laethanta 10-60 (n 5 18), laethanta 100-150 (n 5 18), agus laethanta {{28} }} (n 5 15). Rinneadh measúnú fadaimseartha ar phróifílí eipeadóp víris in othair COVID-19 le haghaidh antashubstaintí serum IgG agus IgM araon, agus úsáideadh séiream comhthiomsaithe ó 20 deontóir sláintiúil mar rialú diúltach. Ag baint úsáide as an microarray proteome SARS-CoV-2, rinneadh cinéitic na bhfreagraí antashubstainte ceangailteach peptide a chinneadh agus a anailísiú le haghaidh (1) déine comhartha ceangailteach, agus (2) céatadán samplaí dearfach-imoibríocha (ráta dearfach) do gach peptide. . Bunaithe ar an luach scoite le haghaidh freagra dearfach ceangailteach peptide, a socraíodh mar dhá oiread déine comhartha an rialaithe diúltach, d'aithin muid iomlán de 460 peiptídí dearfacha le haghaidh IgG agus 479 peiptídí dearfacha do IgM a bhí imoibríoch le 1 othar ar a laghad. sampla serum. Bhí líon dearfach peptide agus dáileadh na bhfreagraí thar fhrámaí léitheoireachta oscailte éagsúla (ORFanna) de SARS-CoV-2 réasúnta seasmhach i measc grúpaí samplála éagsúla, le treocht de laghdú beag ar líon na peptide dearfach le himeacht ama (Fíor 3, A). Aithníodh an imoibríocht is mó sa mhacasamhail polyprotein ORF1ab, arb é an ORF is mó, a chuimsíonn níos mó ná dhá thrian den ghéanóm iomlán (Fíor 3, A). Rud suimiúil, thugamar faoi deara céimeanna comhghaolmhaireachta idir measartha agus láidre idir freagraí dearfacha ceangailteacha peiptíde agus leibhéil serum cíteacáin go luath i ndiaidh ionfhabhtú SARS-CoV-2 (laethanta 10-60 tar éis tosú an ghalair; féach Fíor E10 sa Stór Ar Líne ag). www.jacioonline.org). Léiríodh go raibh baint ag líon na n-peiptídí ceangailteacha deimhneacha le haghaidh IgM le leibhéil serum IL-6 agus IL-10; Ar an gcaoi chéanna, léirigh meándéine comhartha na peiptídí imoibríocha iomlána agus na peiptídí ceangailteacha ORF1ab do IgM naisc dhearfacha le táirgeadh IL-6 agus IFN-g i samplaí serum. Tugann na sonraí seo le tuiscint go bhféadfadh tionchar a bheith ag athruithe ar leibhéil cíteacáin tar éis ionfhabhtú SARS-CoV{-2 ar mhéid agus ar leithead na n-eipitíopaí a aithnítear trí fhreagraí greanna a bhaineann go sonrach le hantaigin. Bunaithe ar eiseapóip dhearfacha a shainaithint, roghnaigh muid a thuilleadh na heipitíopaí is coitianta a d’fhan imoibríoch go comhsheasmhach i níos mó ná 80% de na samplaí COVID{-19 i measc gach ceann de na 3 ghrúpa samplála (ar a dtugtar epitopes ceannasach agus mharthanach). Léirigh na torthaí go raibh na heipitíopaí ardcheannasacha seo a bhí in ann idirghabháil a dhéanamh ar fhreagraí imdhíonachta greannacha fadtéarmacha lonnaithe ag polapróitéin SARS-CoV-2 ORF1ab agus próitéin S, le níos mó eipitipí aitheanta ag antasubstaintí IgM (n {5 33) ná antasubstaintí IgG (n 5 10) (Fíor 3, B, agus Tábla II; féach Fíor E11 agus Fíor E12 sa Stór Ar Líne ag www.jacioonline.org). Bhí an líon uasta d’eipitíopaí ceannasacha ag polapróitéin ORF1ab a rinne idirghabháil ar fhreagraí fadtéarmacha, agus dáileadh eipitipí go forleathan ar réigiúin na bpróitéiní neamhstruchtúracha (nbsp) 2-5, nbsp 8-10, nbsp 12-14, agus nbsp 16 (Tábla II). Go sonrach, d’aithníomar eipitóp imdhíon- cheannasach amháin, 2073 (ORF1ab, aa 5801-5815), a d’fhéadfadh antasubstaintí IgG agus IgM a aithint ó 100% de na hothair COVID-19, beag beann ar phointí ama samplála serum (Fig. 3, B, agus Tábla II; féach Fíor E13 agus Fíor E14 sa Stór Ar Líne). Tá an peptide an-imoibríoch seo suite laistigh de réigiún helicase (nsp 13) de pholapróitéin ORF1ab, rud atá riachtanach chun teimpléid RNA dhá-shnáithe a dhíchrapadh le linn macasamhlú SARS-CoV-2. leis na meán-déine comhartha is airde aitheanta ag antasubstaintí IgG, tá uimhir 1985 (ORF1ab, aa 5449-5463) agus uimhir 2073 (ORF1ab, aa 5801-5815), araon suite ar nsp 13. I gcás freagraí IgM, peptide 685 Chuir (ORF1ab, aa 249-263) ar nsp 2 agus peptide 1985 (ORF1ab, aa 5449-5463) ar nsp 13 na déineanna ceangailteacha is láidre i láthair (Fíor 3, B). Ag cur san áireamh an éagsúlacht i gcomharthaí bunlíne (séirea comhthiomsaithe ó dheontóirí sláintiúla) le haghaidh peiptídí éagsúla (Fíor 3, B), ríomhamar a thuilleadh athruithe fillte ar dhéine comhartha maidir le gach príomhpheiptíd, i gcoibhneas leis an ngrúpa rialaithe sláintiúil. Léirigh torthaí gur chothaigh peptide 2073 (ceangailte IgG) agus peptide 1985 (ceangailte IgM) atá suite ar réigiún nsp 13 na déineanna ceangailteach peptide barr (athrú huaire) i measc sera othar a bailíodh suas le 180 go 220 lá (Fíor E13 agus Fíor E14).

FIG 2. Cinéitic táirgeadh cíteicne in othair COVID-19. A, Braitheadh ​​na leibhéil táirgeachta cíteacáin i 55 sampla séiream a bailíodh ó 16 othar COVID le linn na géarchéime agus céim luath téarnaimh ag ELISA bunaithe ar phróitéin-micrea-athraithe (laethanta 1-15, n). 5 11; laethanta 16-30, n 5 26; laethanta 31-61, n 5 18; deontóirí sláintiúla, n 5 20). Léiríonn gach ponc sampla serum aonair; Léiríonn línte poncaithe an teorainn braite. Socraíodh tábhacht staitistiúil trí 1-way ANOVA le comparáidí iolracha Tukey. *P < .05, **P < .01, agus ****P < .0001. B, Athrú fillte ar gach leibhéal táirgeachta cítocín in othair COVID-19 léirithe in (A) i gcomparáid le meánluachanna 20 sampla ó dheontóirí sláintiúla. Léiríonn gach colún sampla serum ar leith a bhailítear ó phointí ama sonraithe tar éis do na hairíonna tosú; seasann gach sraith do 1 chitocín aonair a tástáladh.

TÁBLA I. Tréithe othair COVID-19 agus cohóirt samplacha i mapáil epitope

FIG 3. Aitheantas IgM agus IgG ar eipitéipí ceannasacha a chuireann le freagairtí fadtéarmacha antashubstainte i SARS-CoV-2–daoine aonair ionfhabhtaithe. Anailís fadaimseartha ar aithint séiream eipitíopaí i 19 duine ar a bhfuil COVID-19 ag baint úsáide as micrea-eagar peptide a chlúdaíonn próitéamaí SARS-CoV-2. Socraíodh an luach scoite don fhreagra dearfach ar cheangail peptide i samplaí othar (n 5 51) ​​mar dhá oiread déine comhartha an séirea comhthiomsaithe ó 20 deontóir sláintiúil. A, Comhaireamh peptide agus dáileadh peiptídí ceangailteacha deimhneacha a bhí inbhraite i 1 sampla nó níos mó a bailíodh ag 10-60 lá (n 5 18), 100-150 lá (n 5 18), agus 180- 220 lá (n 5 15) tar éis tosú an ghalair. Léiríonn na huimhreacha iomlán na heipitíopaí IgG agus IgM aitheanta ó gach ORF. B, Déine comhartha d’eipitíopaí ceannasacha agus leanúnacha IgG agus IgM (x-ais) a bhí frithghníomhach go hinbhuanaithe i níos mó ná 80% de na samplaí laistigh de na 3 phointe ama samplála go léir. Léiríonn gach ponc an séiream comhthiomsaithe ó dheontóirí sláintiúla (barr) nó sampla séiream othar ar leith a bailíodh ó na pointí ama sonraithe tar éis do na hairíonna tosú. E, próitéin Clúdach.

TABLE II. Epitopes with >Ráta dearfach 80% ag na 3 phointe ama samplála ar fad

Tá epitopes ceannasacha agus leanúnacha de phróitéin SARS-CoV-2 S lonnaithe ag fo-aonaid NTD agus S2

Aithníodh 4 epitopes ceannasach agus leanúnach ó phróitéin SARSCoV-2 S: peptide 318 (S, aa 45-59) agus peptide 356 (S, aa 197-211), atá suite laistigh den réigiún NTD; peptide 510 (S, aa 813-827), a chlúdaíonn an suíomh scoilteachta S2 'agus codanna den fho-aonad FP de S2, agus peptide 530 (S, aa 893-907), atá suite ag an réigiún nasctha idir FP agus an chéad réigiún athrá heptad den fho-aonad S2 (Fíor 3, B, agus Tábla II). I measc na bpríomhpheiptídí seo de phróitéin S a roghnaigh muid, bhí an déine ceangailteach is láidre ag peptide 318, atá suite ag NTD an phróitéin S, (athrú huaire i gcoibhneas leis an rialú; Fíor E13 agus Fíor E14). Léirigh anailísí struchtúracha go bhfuil na epitopes seo nochta go hiomlán ar dhromchla próitéin monaiméireach S; áfach, tá roinnt iarmhair epitopes do pheptídí 318, 356, agus 530 folaithe faoi dhromchla an phróitéin trimeric S (Fíor 4, A agus B), rud a thugann le tuiscint go n-aithnítear struchtúir monaiméir S agus trimer araon go héifeachtach trí chóras imdhíonachta óstach faoi leith. imthosca. Chun a bheith sainiúil, nochtar 2 mhír lúb de pheptíde 318 (aa 45-46 agus aa 56-59) ar an próitéin trimeric S, leis an b-snáithe lárnach curtha taobh istigh; agus tá an chuid is mó de na hiarmhair peptide 356 inrochtana ar an dromchla, lena n-áirítear croí-b-snáithe (aa 203-209) agus deighleog lúb (aa 210-211). Tá suíomh scoilteachta S2' agus héilics lárnach de FP i peptide 510, agus cuirtear an dá cheann i láthair go hiomlán ar dhromchla próitéin S; tá iarmhair peptide 530 cripteach den chuid is mó, agus níl ach codán beag den lúb (aa 893-895) nochta ar an próitéin trimeric S (Fíor 4, C). Léirigh anailís hoimeolaíochta seicheamh i measc 7 coróinvíreas daonna go bhfuil 2 eipitéip atá suite ag fo-aonad S2 (peptides 510 agus 530) ag roinnt aitheantais ard-seicheamh le coróinvítí eile, rud a thugann le tuiscint tras-imoibríocht séireolaíoch a dhíríonn ar na heipitíopaí seo i measc coróinvíreas daonna (Fíor 4, D). Léirigh seicheamh peptide 318 cosúlacht ard le SARSCoV, agus léiríodh leibhéal íseal hoimeolaíochta seicheamh do peptide 356 i measc coróinvítí, ag moladh freagraí antashubstaintí sonracha SARS-CoV -2 a dhírigh ar an réigiún seo (Fíor 4, D). Ag cur san áireamh éagsúlachtaí nua SARS-CoV-2 atá ag teacht chun cinn agus a scaiptear ar fud an domhain, rinneamar ailíniú seicheamh a thuilleadh maidir le heipeitíopaí ríthábhachtacha den phróitéin S idir an brú SARS-CoV-2 luath (Wuhan-Hu{{52} }) agus 5 leagan imní (Alfa, Beta, Gáma, Delta, agus Omicron), chomh maith le 2 leagan spéise (Lambda agus Mu), de réir aicmiú víris athraitheacha na hEagraíochta Domhanda Sláinte (nuashonraithe an 30 Samhain, 2021). ). Léirigh na torthaí go bhfuil seichimh de na epitopes ceannasach agus leanúnach beagnach mar an gcéanna i measc na leagan a ndearnadh anailís orthu, ach amháin i gcás sóchán N211I amháin a aithníodh sa leagan nua Omicron (Fíor 4, E). Tugann na sonraí seo le fios go bhféadfadh sé go n-aithneodh antasubstaintí a ghintear le tréithchineálacha luatha SARS-CoV{-2 leaganacha reatha a scaiptear go seasta agus go bhféadfadh na heipitíopaí ceannasacha seo a bheith in ann freagairtí fadtéarmacha fadtéarmacha antashubstainte ar ionfhabhtú SARS-CoV-2 a idirghabháil. athraithigh. Chun saintréithe imdhíoneolaíocha na n-eipitíopaí aitheanta ar an bpróitéin S a chinneadh tuilleadh, agus chun luach féideartha na n-eipitíopaí próitéine S seo mar iarrthóirí vacsaíne peiptíde a fhiosrú tuilleadh, rinneamar staidéar imdhíonta luch ag baint úsáide as peptídí roghnaithe. Ionaclaithe lucha BALB/c 3 huaire le gach peptide i láthair aidiúm alúm agus CpG (Fíor 4, F). I measc na 4 peptides a roghnaíodh, fuair vacsaíniú le peptide 356 antasubstaintí antigen-shonracha tar éis an dara agus an tríú dáileog (Fíor 4, G). Léirigh torthaí an mheasúnaithe um neodrú serum nár ghin imdhíonadh le peiptídí líneacha leibhéil shuntasacha antasubstaintí neodraithe i gcoinne SARS-CoV-2 (Fíor 4, H), rud a thugann le tuiscint nach n-éiríonn go maith leis na peiptídí líneacha seo maidir le freagairtí antashubstaintí neodraithe láidre a spreagadh.

Níl an chuid is mó d'eipitíopaí imoibríocha ag N próitéine de SARS-CoV-2 a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí marthanacha antashubstainte tar éis ionfhabhtú víreasach

Shoiléirigh roinnt staidéar antaigineacht phoitéinseal an phróitéin SARS-CoV-2 N.4,11,12 Mar sin féin, theip orainn epitopes ceannasacha agus leanúnacha atá suite ag an bpróitéin N a shainaithint ar bhonn na gcritéar roghnúcháin reatha. (os cionn ráta dearfach 80% ag na 3 phointe ama samplála ar fad). Le haghaidh meastóireachta fadaimseartha ar phróifílí epitope den phróitéin N i ndaoine aonair a bhfuil COVID-19 orthu, rinneamar an dara babhta de scagadh epitope a bhí bunaithe ar shonraí a fuarthas ón micrea-eagar peptide le haghaidh roghnú na eipitíopaí focheannasacha a d’fhan imoibríocht dhearfach go seasta. i níos mó ná 60% de na samplaí COVID-19 do gach ceann de na 3 phointe ama samplála (ar a dtugtar epitopes focheannasacha agus leanúnacha). Sainaithníodh 4 eiteipéip fhocheannasach agus mharthanach den phróitéin SARS-CoV-2 N, ina measc léirigh peiptíd 2455 (N, aa 213-227) imoibríocht d’antasubstaintí IgG agus IgM in COVID{{16} }} othar, le leibhéil réasúnta níos airde de dhéine comhartha (Fíor 5, A agus B, agus féach Tábla E4 sa Stór Ar Líne ag www.jacioonline.org). Tá an 2 pheptídí forluiteacha, peptide 2455 (N, aa 213-227) agus peptide 2456 (N, aa 217-231), lonnaithe ag an réigiún nascóirí Ser/Arg-saibhir idir an fearann ​​ceangailteach RNA N-críochfort agus C-terminal dimerization fearainn an próitéin N. Tá peptide 2482 (N, aa 321-335) agus peptide 2491 (N, aa 357-371) lonnaithe go hiomlán nó go páirteach laistigh den fhearann ​​dimerization an próitéin N (Tábla E4). Mar gheall ar an easpa struchtúir 3-D maidir le comhfhoirmiú slán an phróitéin N, ní dhearnamar ach anailísí struchtúracha ar 2 eipitéip aitheanta ar struchtúr dimeric an fhearainn dimerization C-críochfort. Foirmíonn iarmhair peptide 2482 snáitheanna 2 b atá socraithe ar bhealach frith-chomhthreomhar sna comhéadain dimerization, ach cruthaíonn aa 357-364 de pheptíd 2491 struchtúir bunaithe ar héilics atá suite ag foircinn urchomhaireacha an diméir (Fíor 5, C). . Léirigh ailíniú seicheamhach idir luath-SARS-CoV-2 (brú Wuhan-Hu-1) agus 7 leagan atá ag teacht chun cinn go bhfuil seichimh de na heipitíopaí focheannasacha agus marthanacha seo i bpróitéin N beagnach mar a chéile i measc na malairtí reatha a scaiptear, agus a ionadú aonair G215C peptide 2455 a tharlaíonn i malairt Delta agus sóchán G214C amháin de pheptíde 2455 a aithníodh sa leagan Lambda, rud a thugann le tuiscint go bhféadfadh antasubstaintí a dhíríonn ar na peiptídí seo aitheantas a thabhairt d’antaigin de leagan SARS-CoV-2 atá ag teacht chun cinn (Fig 5, D. ).

FIG 4. Eipitíopaí ceannasacha de phróitéin spíc SARS-CoV-2 maidir le hidirghabháil a dhéanamh ar fhreagraí imdhíonachta greannacha marthanacha. A agus B, Suíomhanna na n-eipitíopaí ceannasacha agus leanúnacha ar 3-struchtúir D na próitéine monaiméirí (A) agus trimeric (B) S (PDB ID: 6VXX). Aibhsítear epitopes i glas (peptide 356, aa 197-211), dearg (peptide 318, aa 45-59), gorm (peptide 510, aa 813-827), agus corcra (peptide 530, aa). 893-907), faoi seach. Léirítear na trí mhonaiméirí S i gcomhfhoirmiú dúnta i liath, bándearg, agus cian, faoi seach. C, Anailís mhionsonraithe struchtúir ar eipitéipí ceannasacha i bpróitéin SARS-CoV-2 S ar staid dhúnta an trimer S (PDB ID: 6VXX). D, Ailíniú seicheamh na n-eipitíopaí aitheanta i measc coróinvíreas daonna. Tá iarmhair eipiteapóracha a chaomhnaítear idir SARS-CoV-2 agus coróinvíreas daonna eile scáthaithe i liath. E, anailís caomhnaithe Eipitíopa ar an luath-SARS-CoV-2 (brú Wuhan-Hu-1) agus 7 leagan atá ag teacht chun cinn. Seasann poncanna dubha d’iarmhair chomhionanna idir an strain Wuhan-Hu{{{-1} agus an ceann sonraithe.

FIG 5. Tá na heipitíopaí focheannasacha atá suite ag an bpróitéin núicléacapsid SARS-CoV-2 in ann freagairtí leanúnacha antashubstainte a idirghabháil. Minicíochtaí aitheantais A, IgG, agus IgM de pheptídí focheannasach (imoibríoch go buan i níos mó ná 60% samplaí) i measc samplaí serum othar a bhailítear ag pointí ama iolracha tar éis don ghalar tosú. B, Cinéitic déine Comhartha na n-eipitíopaí focheannasacha aitheanta le himeacht ama. Léiríonn gach ponc sampla serum othar ar leith a fuarthas ó othair COVID-19 ag pointí ama sonraithe tar éis theacht na siomptóim. Léiríonn línte cothrománacha poncacha luachanna scoite na freagartha dearfacha do gach peiptíd. C, Anailís struchtúr mionsonraithe ar epitopes ar an bhfearann ​​​​dimerization C-críochfort den phróitéin N (PDB ID: 6YUN). Tá na heipitíopaí lipéadaithe i gorm (peptide 2482, aa 321-335) ​​agus donn (peptide 2491, aa 357-364). Léirítear an 2 struchtúr monaiméireacha i liath agus cian, faoi seach. D, Anailís ailínithe seicheamh ar na heipitíopaí N-próitéin aitheanta idir na luath-SARS-CoV-2 (brú Wuhan-Hu-1) agus 7 leagan atá ag teacht chun cinn. Léiríonn poncanna dubha seichimh chomhionanna idir an strain Wuhan-Hu{{-1 agus an t-athróg léirithe. Aibhsítear athruithe sa seicheamh aimínaigéad i dearg.

FIG 6. Eispéireas an línéara le déine ceangailteach ard agus minicíochtaí imoibríocha atá ag dul i léig le himeacht ama, arna n-aithint ag SARS-CoV-2 – daoine aonair ionfhabhtaithe. A agus B, Anailís fadaimseartha agus dáileadh peiptídí aitheanta a thaispeánann ard-déine comhartha ceangailteach (os cionn meán 1 SD de dhéine comhartha na samplaí tástála uile) ach ag laghdú an ráta dearfach le himeacht ama. Breacadh minicíocht aitheantais (A) agus déine comhartha (B) na n-eipitíopaí le 3 phointe ama samplála tar éis tosú na siomptóim. Seasann gach ponc i (B) do shampla serum othar aonair a bailíodh ag pointí ama sonraithe tar éis tosú na siomptóim; Léiríonn línte cothrománacha poncaithe luachanna scoite dearfacha do gach peiptíd. Rinneadh anailís ar thábhacht staitistiúil bunaithe ar na bogearraí Limma of R v3.6.3. *P < .05 agus **P < .01. C, Comparáidí suímh agus seicheamh de 2 epitopes in aice láimhe, peptide 510 (ceannasach agus leanúnach) agus peptide 511 (déine comhartha ard agus dearfacht laghdaithe le himeacht ama), ar struchtúr próitéin SARS-CoV-2 S (PDB ID: 6ZGI) . Aibhsítear na réigiúin fhorluiteacha idir an 2 epitope le glas; tá sraitheanna uathúla lipéadaithe i dearg agus gorm.

Aithníonn anailís séireolaíochta fadaimseartha epitopes a bhfuil déine comhartha ard acu ach a laghdaítear imoibríocht le himeacht ama

Chomh maith leis na heipitíopaí an-imoibríocha roghnaithe atá freagrach as freagraí imdhíonachta humoral marthanacha a luadh thuas, d'aithin muid agus tréithríomar a thuilleadh painéal de 9 peptides dearfacha a léirigh déine ceangailteach láidir (os cionn meán 1 SD de dhéine comhartha na samplaí tástála uile) le treocht laghdaithe imoibríochta (athruithe ráta dearfacha os cionn 20%) i measc samplaí séiream ó othair COVID-19 le himeacht ama, i gcomhréir le treocht ghinearálta laghdaithe i bhfreagraí imdhíonachta greannacha. Tá na epitopes seo suite laistigh de na 3 antaigin ceannasach: próitéiní ORF1ab, S, agus N (Fíor 6, A; agus féach Tábla E5 sa Stór Ar Líne ag www.jacioline.org). Ina theannta sin, breathnaíodh laghduithe suntasacha ar dhéine comhartha 4 pheptídí ó phróitéiní ORF1ab (peptides 784-IgG, 1617-IgM, agus 1986-IgM) agus N (peptide 2457-IgG) idir samplaí ó thréimhse luath de phointí ama samplála (laethanta 10-60 tar éis tosú an ghalair) agus an chéim dheireanach de phointí ama samplála (laethanta 100-150 nó laethanta 180-220 tar éis tosú na siomptóim) (Fíor 6 , B). Go háirithe, in ainneoin forluí den chuid is mó lena chéile, léirigh 2 pheptíde den pheptíd próitéin S 510 (ceannasach agus leanúnach; Fíor 3, B) agus peptide 511 (déine comhartha ard agus ráta dearfach ag laghdú le himeacht ama; Fíor 6, A) patrúin éagsúla de imoibríocht i measc samplaí serum othar le himeacht ama. Léirigh anailís seicheamh agus suímh go bhfuil suíomh scoilteachta S2' agus aimínaigéid bhreise de 813-SKRS{26}} i pheptíd 510, ach go bhfuil peiptíd 511 go hiomlán laistigh den FP le 828-LADA{29 leathnaithe }} iarmhair atá nochta go hiomlán ar dhromchla próitéin trimeric S (Fíor 6, C). Nocht na torthaí seo gnéithe nua d'eipitíopaí a d'fhéadfadh cur le himdhíonacht ghreannmhar níos faide agus níos láidre i gcoinne SARS-CoV-2 ar deireadh thiar.

PLÉ

Tá tréithriú córasach ar fhreagraí imdhíonachta fadtéarmacha ar ionfhabhtú SARS-CoV-2 ríthábhachtach chun diagnóisic feabhsaithe, idirghabhálacha teiripeacha éifeachtacha, agus vacsaíní a fhorbairt. Sa staidéar reatha, rinneamar anailís chuimsitheach fadaimseartha ar othair COVID-19 thar 180 go 220 lá leantacha, ag taispeáint freagairtí imdhíonachta greannacha leanúnacha agus táirgeadh cítocín gníomhachtaithe tar éis ionfhabhtú víreasach.

Go suntasach, trí leas a bhaint as an micrea-eagar peptíde-bhunaithe a chuimsíonn próitéamaí SARS-CoV-2, nocht muid tuilleadh cinéitic aitheantais epitope agus d’aithníomar painéal d’eipitíopaí ceannasacha atá in ann díolúine greannach fadtéarmach a idirghabháil. Deimhníonn na torthaí a dtuairiscímid anseo maidir le fad saoil freagairtí imdhíonachta greannacha tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2 roinnt sonraí a foilsíodh roimhe seo5,10,12,13,42 ach leathnaíonn siad iad trí phróifíliú domhain séireolaíoch agus scagadh epitóp a dhéanamh ag baint úsáide as samplaí serum fadaimseartha. ó dhaoine aonair ar a bhfuil COVID-19 tríd an gcur chuige micrea-eagair ar fud an proteome. Sa staidéar seo, shainaithnímid 4 eipitéip cheannasach (peptides 318, 356, 510, agus 530) laistigh den phróitéin SARS-CoV-2 S a bhí in ann imoibriú go leanúnach le níos mó ná 80% d’othar COVID samplaí a tástáladh, suas le 180 go 220 lá tar éis tosú na siomptóim. Aithníodh peptide 510 (S, aa 813-827), a chuimsíonn suíomh scoilteachta S2 agus FP an fho-aonad S2, go coitianta i staidéir roimhe seo ar ghrúpaí eile.26,28,32-34 Léirigh anailísí feidhme antasubstaintí d’fhéadfadh díriú ar an réigiún seo cumas teoranta neodraithe i gcoinne SARS-CoV-226,33 ainneoin go bhfuil sé nochta go mór ar dhromchla an phróitéin S (Fíor 4, AC). I gcás peptide 530 (S, aa 893-907), atá suite idir an FP agus an chéad réigiún athrá heptad den fho-aonad S2, cuirtear iarmhair go ginearálta taobh istigh de struchtúr trimeric an próitéin S, rud a fhágann go bhfuil sé deacair a rochtain trí antasubstaintí stóinsithe neodraithe i gcoinne SARS-CoV-2 (Fíor 4, AC). Ina theannta sin, roghnaíodh 2 pheiptíd faoi threoir S1-NTD a d’fhéadfadh freagairtí fadtéarmacha antashubstainte SARS-CoV-2 a idirghabháil. Léirigh anailísí maidir le seicheamh agus suíomh na peptide go bhfuil iarmhair de na 2 pheiptíd seo - peptide 318 (S, aa 45-59) agus peiptíd 356 (S, aa 197-211) - gar do na heipitíopaí tuairiscithe. trí antasubstaintí a fheabhsaíonn ionfhabhtú23,25 ach seachas na príomhshuíomhanna d’antasubstaintí neodraithe an-chumhachtacha a dhíríonn ar NTD den fho-aonad S1,16,19,43 a thugann le tuiscint go bhféadfaí epitóp a aithint trí antasubstaintí neamh-neodraithe i dtreo an 2 pheiptíd aitheanta seo. Chomh maith leis na sonraí a luaitear thuas, léirigh imdhíonadh luiche le peiptídí roghnaithe éifeachtúlacht íseal na peptidí líneacha fearainn neamh-glacadóireachta seo maidir le freagairtí antashubstaintí neodracha láidre a spreagadh (Fíor 4, G). I dteannta a chéile, tugann na sonraí seo le tuiscint gur dócha go n-eascródh eiseapóipí líneacha ceannasacha a dhéanann idirghabháil ar fhreagraí imdhíonachta greannacha fadtéarmacha ar ionfhabhtú SARS-CoV{-2 antasubstaintí nach bhfuil aon chumas neodraithe nó teoranta acu. Soláthraíonn tuiscint níos iomláine ar thírdhreach epitope antasubstaintí SARS-CoV{-2, go háirithe epitopes próitéine-S, léargas nua ar dháileadh feidhme na n-antasubstaintí, rud a éascaíonn dearadh nuálaíoch agus réasúnach vacsaíní a thuilleadh. Tugann antasubstaintí neodraithe cosaint chun ionfhabhtuithe víreasacha a dhíchur, ach d’fhéadfadh ról tairbheach, neodrach nó fiú díobhálach a bheith ag antasubstaintí neamh- neodraithe le linn imréiteach an víris. Soláthraíonn antasubstaintí neamh- neodraithe cosaint bhreise in vivo trí raon feidhmeanna éifeachtóra Fc-idirghabhála i gcomhthéacs fagaicíotóis spleách ar antasubstaintí agus cíteatocsaineacht spleách ar antasubstaintí. I gcodarsnacht leis sin, tá sé molta ag roinnt staidéir go bhféadfaí ról pataigineach a bheith ag antasubstaintí neamh- neodraithe in ionfhabhtú coróinvíreas. Breathnaíodh i staidéir roimhe seo a bhain úsáid as cineálacha iolracha iarrthóirí vacsaíne le haghaidh SARS-CoV agus MERS-CoV imdhíonphaiteolaíocht fheabhsaithe in ainmhithe beaga vacsaínithe agus príomhaigh neamhdhaonna i ndiaidh dhúshlán an víris.24,44-50 Níos déanaí, thuairiscigh staidéir ar 2 ghrúpa nach raibh neodrú bhí antasubstaintí a dhírigh ar NTD de phróitéin SARS-CoV-2 S in ann ionfhabhtú víreasach in vitro a fheabhsú trí mheicníochtaí neamhspleácha receptor Fcg,23,25 cé gur léiríodh go bhfuil antasubstaintí feabhsaithe ionfhabhtaithe a riartar go héighníomhach i múnlaí ainmhithe cosanta i gcoinne SARS -CoV-2 ionfhabhtú in vivo. Agus róil chonspóideacha na n-antasubstaintí le linn ionfhabhtú an choróinvíris á gcur san áireamh, tá gá le himscrúduithe breise chun ról féideartha na n-antasubstaintí a bhailíochtú maidir leis na heipitíopaí ceannasacha agus leanúnacha seo a aithint chun ionfhabhtú víreasach in vivo a chomhrac. D’fhéadfaí an chéad chéim eile de dhearadh réasúnach vacsaíne do SARS-CoV-2 a cheapadh trí antasubstaintí neodraithe an-chumhachtacha agus antasubstaintí neamh- neodraithe cosanta a fháil, mar aon le laghdú ar thíolacadh eipitéipí a fheabhsaíonn ionfhabhtú nó eipitipí imdhíon- cheannasacha nach bhfuil aon. éifeachtaí tairbhiúla. Cé nár dhírigh roinnt staidéar roimhe seo ach ar phróitéin S SARS-CoV-2 a bhfuil sé mar aidhm aige feidhmeanna antashubstainte a shainiú maidir le neodrú, rinneamar léarscáiliú epitope cuimsitheach ar fud an phróitéamaigh agus shainaithnímid painéal epitopes laistigh den pholapróitéin ORF1ab a Aithníodh go seasta é ag céatadán ard samplaí séiream othar le himeacht ama. Cé go mb’fhéidir nach bhfaigheadh ​​na peiptídí seo atá faoi threoir ORF1ab a dháiltear ar na próitéiní neamhstruchtúracha iolracha antasubstaintí feidhmiúla a dhíríonn ar an virion SARS-CoV-2, d’fhéadfadh siad a bheith infheidhme mar uirlis dhiagnóiseach chun ionfhabhtú nádúrtha a dhifreáil ó vacsaíniú. Leis an méadú ar líon na bhfaighteoirí vacsaíní ar fud an domhain, tá dúshláin roimh thástálacha séireolaíocha reatha bunaithe ar phróitéin S agus ar phróitéin N mar chur chuige éifeachtach chun cabhrú le tástálacha móilíneacha chun ionfhabhtú SARS-CoV-2 a bhrath, agus freisin don stádas imdhíonachta a chinneadh tar éis ionfhabhtú víreasach. Trí leas a bhaint as na peiptídí is coitianta agus is imoibríoch go leanúnach laistigh den ORF1ab i measc daoine aonair atá ionfhabhtaithe le COVID-19, déanfar diagnóis séireolaíoch d’ionfhabhtú nádúrtha gan stádas vacsaínithe a bhaineann le gabhdóirí atá bunaithe ar an bhfearann-bhunaithe, S próitéin – a chur san áireamh. cuir chuige vacsaíne bunaithe ar víris agus díghníomhaithe. Tá gá le staidéir sa todhchaí chun imoibríocht, íogaireacht agus sainiúlacht na peiptídí ORF1ab aitheanta a mheas i gcohóirt níos mó a chuimsíonn daoine aonair ionfhabhtaithe SARSCoV-2 agus faighteoirí vacsaíne. Ina theannta sin, beidh gá le meastóireacht bhreise ar an éifeachtúlacht braite trí straitéisí teaglaim ilpheptíde chun íogaireacht níos ísle na peptides a shárú i gcomparáid leis an próitéin lán-fhad agus an tras-imoibríocht fhéideartha i measc coróinvíreas daonna. Is iad na teorainneacha móra a bhaineann lenár staidéar ná an líon beag samplaí a fuarthas ó líon beag cohórt othar, agus bhí galair COVID neamh-thromchúiseacha ag tromlach na rannpháirtithe. Féadfaidh siad seo teorainn a chur le cuid dár gconclúidí maidir le minicíocht agus méid na bhfreagraí imdhíonachta dearfacha, a d’fhéadfadh a bheith éagsúil de réir déine an ghalair. Mar sin féin, cuireann na sonraí a chuirtear i láthair sa staidéar seo léargais luachmhara ar fáil ar chinéitic na bhfreagairtí imdhíonachta le himeacht ama tar éis ionfhabhtú SARS-CoV-2 agus gnéithe d’eipitíopaí ceannasacha atá in ann imdhíonacht ghreannmhar marthanach a idirghabháil i ndaoine aonair ar a bhfuil COVID-19. I dteannta a chéile, cuireann na torthaí seo tuiscint níos doimhne ar fáil ar fhad saoil na himdhíonachta nádúrtha de bharr ionfhabhtú víreasach agus tá impleachtaí leathana acu ar straitéisí vacsaínithe nuálacha agus ar chur chuige diagnóiseacha feabhsaithe.

TAGAIRTÍ

1. Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, et al. Tréithriú géanómaíochta agus eipidéimeolaíocht an choróinvíris núíosaigh 2019: impleachtaí do bhunús an víris agus ceangailteach gabhdóirí. Lancet 2020; 395:565-74.

2. An Eagraíocht Dhomhanda Sláinte (WHO). Painéal WHO coronavirus (COVID{1}}), 2021. Ar fáil ag: https://COVID19.who.int/. Ar rochtain 30 Samhain, 2021.

3. Wu Z, McGoogan JM. Saintréithe agus ceachtanna tábhachtacha ón ráig den ghalar coronavirus 2019 (COVID-19) sa tSín: achoimre ar thuarascáil ar 72314 cás ó Lárionad na Síne um Rialú agus Cosc ar Ghalair. JAMA 2020; 323:1239-42.

4. Rydyznski Moderbacher C, Ramirez SI, Dan JM, Grifoni A, Hastie KM, Weiskopf D, et al. Díolúine oiriúnaitheach a bhaineann go sonrach le hantaigin do SARS-CoV-2 i ngéar-COVID-19 agus baint aige le haois agus le déine na ngalar. Cill 2020; 183:996-1012.e19.

5. Wu J, Liang B, Chen C, Wang H, Fang Y, Shen S, et al. Cothaíonn ionfhabhtú SARS-CoV-2 freagairtí imdhíonachta greannacha marthanacha in othair téarnaimh tar éis COVID siomptómach-19. Comhphobal 2021; 12:1813.

6. Fada QX, Liu BZ, Deng HJ, Wu GC, Deng K, Chen YK, et al. Freagraí antasubstainte ar SARS-CoV-2 in othair le COVID-19. Nat Med 2020; 26:845-8.

7. Sterlin D, Mathian A, Miyara M, Mohr A, Anna F, Claer L, et al. Tá ceannas ag IgA ar fhreagairt luath-neodrach antashubstainte ar SARS-CoV-2. Sci Transl Med 2021; 13: eabd2223.

8. Zhang J, Wu Q, Liu Z, Wang Q, Wu J, Hu Y, et al. Ceall cabhrach follicular T a scaiptear go sonrach le spíc agus freagraí tras-neodracha antashubstainte i COVID-19– daoine aonair téarnaimh. Microbiol Nat 2021; 6:51-8.

9. Wang P, Liu L, Nair MS, Ceann MT, Luo Y, Wang Q, et al. Tá freagairtí antashubstainte neodraithe SARS-CoV níos láidre in othair a bhfuil galar trom orthu. Ionfhabhtaíonn Miocrób Nua 2020; 9:2091-3.

10. Vanshylla K, Di Cristanziano V, Kleipass F, Dewald F, Schommers P, Gieselmann L, et al. Cinéitic agus comhghaolú na freagartha antasubstainte neodraithe ar ionfhabhtú SARSCoV-2 i ndaoine. Miocrób Óstach Cill 2021;29:917-29.e4.

11. Xiang T, Liang B, Fang Y, Lu S, Li S, Wang H, et al. Leibhéil laghdaithe antasubstaintí neodraithe i gcoinne SARS-CoV-2 in othair téarnaimh de chuid COVID-19 bliain amháin tar éis tosú na siomptóim. Imdhíon Tosaigh 2021; 12:708523.

12. Wang Z, Muecksch F, Schaefer-Babajew D, Finkin S, Viant C, Gaebler C, et al. Feabhas nádúrtha ar leithead neodraithe i gcoinne SARS-CoV-2 bliain i ndiaidh ionfhabhtaithe. Dúlra 2021; 595:426-31.

13. Dan JM, Mateus J, Kato Y, Hastie KM, Yu ED, Faliti CE, et al. Cuimhne imdhíoneolaíoch ar SARS-CoV-2 measúnaithe ar feadh suas le 8 mí tar éis an ionfhabhtaithe. Eolaíocht 2021; 371:eabf4063.

14. Sokal A, Chappert P, Barba-Spaeth G, Roeser A, Fourati S, Azzaoui I, et al. Aibiú agus marthanacht na freagairt cille cuimhne B frith-SARS-CoV-2. Cill 2021; 184: 1201-13.e14. 15. Ju B, Zhang Q, Ge J, Wang R, Sun J, Ge X, et al. Antasubstaintí neodraithe daonna arna dtarraingt as ionfhabhtú SARS-CoV-2. Nádúr 2020; 584:115-9.

16. Liu L, Wang P, Nair MS, Yu J, Rapp M, Wang Q, et al. Antasubstaintí a d’fhéadfadh a bheith neodraithe i gcoinne eipitipí iolracha ar spíc SARS-CoV-2. Nádúr 2020; 584:450-6.

17. Zost SJ, Gilchuk P, Cás JB, Binshtein E, Chen RE, Nkolola JP, et al. D’fhéadfadh antasubstaintí daonna a neodrú agus a chosaint i gcoinne SARS-CoV-2. Dúlra 2020; 584: 443-9.

18. Xu C, Wang Y, Liu C, Zhang C, Han W, Hong X, et al. Dinimic chomhfhoirmiúil de ghliocóphróitéin spíc trimeric SARS-CoV i gcoimpléasc le receptor ACE2 arna nochtadh ag cryo-EM. Sci Adv 2021; 7:eabe5575.

19. McCallum M, De Marco A, Lempp FA, Tortorici MA, Pinto D, Walls AC, et al. Nochtann mapáil antaigineach fearainn N-críochfort suíomh leochaileach do SARSCoV-2. Cill 2021; 184:2332-47.e16.

20. Sauer MM, Tortorici MA, Páirc YJ, Walls AC, Homad L, Acton OJ, et al. Bunús struchtúrach do neodrú leathan an choróinvíris. Struchtúr Nat Mol Biol 2021; 28:478-86.

21. Tortorici MA, Beltramello M, Lempp FA, Pinto D, Dang HV, Rosen LE, et al. Cosnaíonn antasubstaintí daonna sárchumhachtacha ar dhúshlán SARS-CoV-2 trí mheicníochtaí iolracha. Eolaíocht 2020; 370:950-7.

22. Pinto D, Páirc YJ, Beltramello M, Walls AC, Tortorici MA, Bianchi S, et al. Tras-neodrú SARS-CoV-2 ag antasubstaint monaclónach SARS-CoV daonna. Nádúr 2020; 583:290-5.

23. Liu Y, Soh WT, Kishikawa JI, Hirose M, Nakayama EE, Li S, et al. Suíomh a fheabhsaíonn an t-ionfhabhtú ar an bpróitéin spike SARS-CoV-2 atá dírithe ar antasubstaintí. Cill 2021; 184: 3452-66.e18.

24. Liu L, Wei Q, Lín Q, Fang J, Wang H, Kwok H, et al. Déanann IgG frith-spike géarghortú scamhóg géar trí fhreagraí macrophage a scealú le linn ionfhabhtú géar SARS-CoV. Léargas JCI 2019; 4:e123158.

25. Li D, Edwards RJ, Manne K, Martinez DR, Sch€afer A, Alam SM, et al. Feidhmeanna in vitro agus in vivo de SARS-CoV-2 ionfhabhtú – antasubstaintí a fheabhsú agus a neodrú. Cill 2021; 184:4203-19.e32. 26. Poh CM, Carissimo G, Wang B, Amrun SN, Lee CY, Chee RS, et al. Faightear antashubstaintí a neodaíonn in othair de chuid COVID-10 in dhá mhórshamhail de phróitéin SARS-CoV-2. Comhphobal 2020; 11:2806.

27. Zhang BZ, Hu YF, Chen LL, Yau T, Tong YG, Hu JC, et al. Mianadóireacht epitopes ar spícphróitéin SARS-CoV-2 ó othair COVID-19. Cill 2020; 30:702-4.

28. Stoddard CI, Galloway J, Chu HY, Shipley MM, Sung K, Itell HL, et al. Nochtann próifíliú eipitíopa sínithe ceangailteacha ar fhreagairt imdhíonachta SARS-CoV-2 in ionfhabhtú nádúrtha agus tras-imoibríocht le CoVanna daonna endemic. Ionadaí Cille 2021; 35: 109164.

29. Shrock E, Fujimura E, Kula T, Timms RT, Lee IH, Leng Y, et al. Nochtann próifíliú epitope víreasach othair COVID-19 tras-imoibríocht agus comhghaolú déine. Eolaíocht 2020; 370: eabd4250.

30. Zamecnik CR, Rajan JV, Yamauchi KA, Mann SA, Loudermilk RP, Sowa GM, et al. Déanann ReScan, píblíne diagnóiseach ilphléacs, séiream daonna a rith le haghaidh antaiginí SARS-CoV-2- 2. Ionadaí Cill 2020; 1:100123.

31. Haynes WA, Kamath K, Bozekowski J, Baum-Jones E, Campbell M, Casanovas Massana A, et al. Mapáil ardtaifigh agus tréithriú antasubstaintí SARS-CoV-2 i gcohóirt mhóra ábhar a bhfuil COVID orthu-19. Comhphobal 2021; 4:1317.

32. Li Y, Lai DY, Lei Q, Xu ZW, Wang F, Hou H, et al. Meastóireacht chórasach ar fhreagraí IgG ar pheiptídí spike-díorthaithe de phróitéin SARS-CoV chun monatóireacht a dhéanamh ar othair COVID-19. Cill Mol Imdhíon 2021; 18:621-31.

33. Li Y, Ma ML, Lei Q, Wang F, Hong W, Lai DY, et al. Tírdhreach epitope líneach den spícphróitéin SARS-CoV-2 tógtha as 1,051 othar COVID. Ionadaí Cille 2021; 34: 108915.

34. Wang H, Wu X, Zhang X, Hou X, Liang T, Wang D, et al. SARS-CoV-2 Proteome Microarray chun Idirghníomhaíochtaí Antashubstainte COVID a Mhapáil-19 ag Taifeach Aimínaigéid. ACS Cent Sci 2020; 6:2238-49.

35. Yi Z, Ling Y, Zhang X, Chen J, Hu K, Wang Y, et al. Mapáil fheidhmiúil ar eipitipí líneacha B-chealla de SARS-CoV-2 i ndaonra téarnaimh COVID-19. Ionfhabhtaíonn Miocrób Nua 2020; 9:1988-96.

36. An Coimisiún Sláinte Náisiúnta & Riarachán Náisiúnta Leigheas Síneach Traidisiúnta. Prótacal Fáthmheasa agus Cóireála le haghaidh niúmóine corónacha nua-aimseartha (Leagan Trialach 7). Chin Med J (Sasana) 2020; 133:1087-95; https://doi.org/10.1097/ CM9.000000000000819.

37. Li Y, Li CQ, Guo SJ, Guo W, Jiang HW, Li HC, et al. Aithníonn próifíliú repertoire uath-fhrithchomhlacht serum fadaimseartha bithmharcóirí a bhaineann le máinliacht in adenocarcinoma scamhóg. EBioLeigheas 2020; 53:102674.

38. Zhao J, Yuan Q, Wang H, Liu W, Liao X, Su Y, et al. Freagraí antasubstainte ar SARSCoV-2 in othair a bhfuil galar nua-coronavirus orthu 2019. Clin Infect Dis 2020;71: 2027-34.

39. Lucas C, Wong P, Klein J, Castro TBR, Silva J, Sundaram M, et al. Nochtann anailísí fadaimseartha go bhfuil mí-adhaint imdhíoneolaíoch i ngéar COVID-19. Dúlra 2020; 584: 463-9.

40. Moore JB, Meitheamh CH. Siondróm scaoileadh cíteicnín i ngéar COVID-19. Eolaíocht 2020; 368:473-4.

41. Chen J, Malone B, Llewellyn E, Grasso M, Shelton PMM, Olinares PDB, et al. Bunús Struchtúrtha le haghaidh Cúplála Helicáis-Polymerase sa Choimpléasc Macasamhlú-Transcription SARS-CoV-2. Cill 2020; 182:1560-73.e13.

42. Wajnberg A, Amanat F, Firpo A, Altman DR, Bailey MJ, Mansour M, et al. Fanann antasubstaintí láidre neodraithe don ionfhabhtú SARS-CoV-2 ar feadh míonna. Eolaíocht 2020; 370: 1227-30.

43. Chi X, Yan R, Zhang J, Zhang G, Zhang Y, Hao M, et al. Ceanglaíonn antashubstaint neodraithe daonna leis an bhfearann ​​​​N-críochfort den phróitéin spíce SARS-CoV-2. Eolaíocht 2020; 369:650-5.

44. Tseng CT, Sbrana E, Iwata-Yoshikawa N, Newman PC, Garron T, Atmar RL, et al. Fágann imdhíonadh le vacsaíní coronavirus SARS go mbíonn imdhíonphaiteolaíocht scamhógach ar dhúshlán leis an víreas SARS. PLoS a hAon 2012; 7:e35421.

45. Bolles M, Deming D, Long K, Agnihothram S, Whitmore A, Ferris M, et al. Soláthraíonn vacsaín coronavirus géar-siondróm riospráide géar dúbailte cosaint neamhiomlán i lucha agus spreagann sé freagairt scamhógach pro-athlastach eosinophilic méadaithe ar dhúshlán. J Víreas 2011; 85:12201-15.

46. ​​Weingartl H, Czub M, Czub S, Neufeld J, Marszal P, Gren J, et al. Imdhíonadh le víreas vaccinia modhnaithe Tá baint ag vacsaín athchuingreach Ankara-bhunaithe i gcoinne siondróm riospráide géara le heipitíteas feabhsaithe i bhfiréid. J Víreas 2004; 78:12672-6.

47. Yasui F, Kai C, Kitabatake M, Inoue S, Yoneda M, Yokochi S, et al. Is cúis le niúmóine trom i lucha atá ionfhabhtaithe le SARS-CoV má dhéantar imdhíonadh roimh ré le próitéin nucleocapsid a bhaineann le géar-siondróm riospráide (SARS) (SARS-CoV). J Imdhíon 2008; 181:6337-48.

48. Deming D, Sheahan T, Heise M, Yount B, Davis N, Sims A, et al. Dúshlán éifeachtúlacht vacsaíne i lucha senescent le leagan athchuingreach eipidéim SARS-CoV agus spike zónóiseach. PLoS Med 2006; 3:e525.

49. Wang Q, Zhang L, Kuwahara K, Li L, Liu Z, Li T, et al. Tharraing epitopes coróinvíreas SARS imdhíonachta i ndaoine éifeachtaí feabhsaithe agus neodraithe ar ionfhabhtú i bpríomhaigh neamhdhaonna. ACS Infect Dis 2016;2: 361-76.

50. Agrawal AS, Tao X, Algaissi A, Garron T, Narayanan K, Peng BH, et al. Mar thoradh ar imdhíonadh le vacsaín coronavirus siondróm riospráide neamhghníomhaithe an Mheán-Oirthir tagann imdhíonphaiteolaíocht scamhóg ar dhúshlán le víreas beo. Imdhíontóir Vacsaín Hum 2016;12:2351-6.