Ról na Tástála Géiniteacha i Saothar Diagnóiseacha Othair Péidiatraiceacha a bhfuil Galair Duán orthu: Taithí Institiúid Aonair

TeibíCuspóirTá galair duáin oidhreachta i measc na bpríomhchúiseanna le cliseadh duáin i leanaí, rud a fhágann go bhfuil mortlaíocht mhéadaithe, costais arda cúram sláinte, agus an gá atá le trasphlandú orgáin. Is féidir le teicneolaíochtaí seicheamhaithe den chéad ghlúin eile cabhrú le diagnóis riochtaí aonghineacha neamhchoitianta, ag ligean do bhainistíocht leighis optamaithe agus roghanna teiripeacha.

Modhanna Rinneadh seicheamhú cliniciúil exome (CES) ar chohórt 191 othar péidiatraiceach ó institiúid amháin, agus ina dhiaidh sin seicheamhú Sanger chun leaganacha aitheanta a dhearbhú agus le haghaidh staidéir deighilte teaghlaigh. Torthaí Bhí diagnóis chliniciúil ag gach othar ar ghalar duáin: ba iad na príomhchatagóirí galair ná galair glomerular (32.5%), ciliopathies (20.4%), CAKUT (17.8%), nephrolithiasis (11.5%) agus galar tubular (10.5%). Tháinig 7.3% d’othair i láthair le coinníollacha eile. Fuarthas tástáil ghéiniteach dhochloíte, bunaithe ar bhailíochtú CES agus Sanger, i 37.1% d’othair. Fuarthas an ráta braite is airde le haghaidh ciliopathies (74.4%), agus nephrolithiasis (45.5%), agus galair feadánacha (45%) ina dhiaidh sin, agus níor diagnóisíodh formhór na ngalar glomerular agus CAKUT. Conclúidí Léiríonn torthaí gur féidir le tástáil ghéiniteach a úsáidtear go comhsheasmhach i sreabhadh oibre diagnóiseach leanaí a bhfuil galar duáin ainsealach orthu (i) diagnóis chliniciúil a dhearbhú, (ii) diagnóis luath a sholáthar i gcás riochtaí oidhreachta, (iii) agus cúis ghéiniteach na n-aitheanta roimhe seo. galair agus (iv) cláir shaincheaptha trasphlandúcháin.

Eochairfhocail Seicheamh cliniciúil exome, seicheamhú don chéad ghlúin eile,Galair duán, Tástáil ghéiniteach, Cohórt péidiatraiceach

Cliceáil ANSEO CHUN CISTANCHE A FHÁIL DOGALAR DUÁNACH DEIREADH CÉIME

Réamhrá

Cuimsíonn nephropathies péidiatraiceacha aonáin ghalair éagsúla i dtéarmaí cur i láthair cliniciúil, éabhlóid, agus roghanna teiripeacha [1-4]. Fulaingíonn thart ar 30% de leanaí a bhfuil galar duáin ainsealach orthu (CKD) ó riocht aonghineach, céatadán a mhéadaíonn nuair a dhéantar breithniú ar leanaí le galar duánach deiridh (ESRD) [5, 6]. Tá go leor de na leanaí seo fós gan diagnóisíodh tráth an trasphlandúcháin [4, 6, 7]. Má dhéantar diagnóis do na hothair seo ní hamháin go dtiocfaidh deireadh le hódaisé diagnóiseach, ach tá roinnt buntáistí ann maidir le prognóis, bainistíocht agus cóireáil.

Tá sé léirithe go seasta ag staidéir cheannródaíocha go bhfuil feabhas suntasach tagtha ar an toradh diagnóiseach in othair a bhfuil galair duáin oidhreachta (IKD) [8] orthu le teicnící seicheamhaithe den chéad ghlúin eile (NGS) [8]. Níos déanaí, tá úsáid fhorleathan NGS tar éis an diagnóis ghéiniteach atá ar fáil a dhéanamh in am réasúnta agus ar chostais inacmhainne, rud a d'ardaigh an cheist ar cheart é a chomhtháthú sa ghnáthshreabhadh oibre diagnóiseach [5].

Tá diagnóis ghéiniteach i leanaí thar a bheith tábhachtach do ghnéithe éagsúla. Is é an chéad cheann ná go bhféadfadh sé a bheith ábhartha sa chur chuige cliniciúil i leith an ghalair, agus is é an sampla tipiciúil ná siondróm nephrotic ina n-áitíonn sainaithint athraithigh struchtúracha i ngéinte a bhaineann le podocyte i gcoinne teiripí imdhíon-bhrú a d’úsáidfí go rialta thar thréimhse éagsúla. míonna [9]. Is é an dara ceann ná go bhféadfadh sé a bheith thar a bheith ábhartha do theaghlach an linbh agus chun baill eile a bhfuil an t-athróg á n-iompar acu a shainaithint a d’fhéadfadh a bheith in-tarchurtha chuig na glúnta atá le teacht. Chomh luath agus a shainaithnítear malairt pataigineach i proband, is ionann tástáil easghluaiseachta ar bhaill teaghlaigh agus comhairleoireacht ghéiniteach in iompróirí athraitheacha mar chleachtas caighdeánach sa ghéineolaíocht chliniciúil [5]. Is é an tríú ceann go bhfuil sé riachtanach an t-athraitheach pataigineach a bheith ar eolas agat i gcomhthéacs an trasphlandúcháin ina bhféadfadh gaol a bheith ag an deontóir. Go deimhin, tá sé ríthábhachtach a chur as an áireamh láithreacht an mhalairt(í) céanna sa deontóir orgáin, agus tá sé ríthábhachtach gach ball den teaghlach a bhféadfadh trasphlandú a bheith ag teastáil uathu a aithint. Is é an ceathrú cuid go bhfuil riosca ard athiompaithe i gceist le roinnt galair tar éis trasphlandú orgáin, mar glomerulosclerosis deighleogach fócasach [10] nó féadfar a dtorthaí a fheabhsú trí rogha níos oiriúnaithe a dhéanamh ar an trasphlandú atá le déanamh, mar shampla i gcás bunscoileanna. hyper oxaluria i gcás ina bhféadfadh toradh níos fearr a bheith mar thoradh ar thrasphlandú comhcheangailte duáin-ae [11]. Ar deireadh, d’fhéadfadh sé go mbeadh sé úsáideach diagnóis soiléir galair a bheith ag an othar chun páirt a ghlacadh i dtrialacha cliniciúla agus leas a bhaint as roghanna cóireála núíosacha [12, 13].

Ag deireadh 2018, i gcomhoibriú idir neifreolaithe péidiatraiceacha agus géineolaithe, thosaigh muid ag déanamh tástálacha géiniteacha do riochtaí aonghineacha a d’fhéadfadh ESRD a bheith mar thoradh orthu agus trasphlandú dá réir. Is é ár n-ospidéal an ceann is mó in Iarthuaisceart na hIodáile, ag draenáil ó limistéar de thart ar 5 mhilliún duine. Roghnaíomar cineál anailíse "aon mhéid a oireann do chách", le seicheamhú an exome cliniciúil, ie, thart ar 6700 géinte a bhaineann le coinníollacha aonghineacha, ag díriú anailís ar phainéil ghéine a bhí in oiriúint don amhras cliniciúil agus dá bhrí sin teorainn a chur le torthaí teagmhasacha agus am a laghdú le haghaidh anailíse seichimh.

Tríd is tríd, tríd an bpíblíne seo a chur i bhfeidhm, fuaireamar toradh diagnóiseach ar aon dul leis na sonraí a foilsíodh, le roinnt ilchineálachta i measc na n-amhras cliniciúil éagsúil, mar a bhíothas ag súil leis. Deimhníonn na torthaí a fuarthas an ábharthacht a bhaineann le gnáththástáil ghéiniteach agus comhairleoireacht a áireamh i sreabhadh oibre diagnóiseach othar péidiatraiceach a bhfuil tionchar ag nephropathies orthu. Go deimhin, tá sainaithint ar leagan cúiseach ríthábhachtach dá mbainistíocht chliniciúil, agus d'fhéadfadh go mbeadh an rogha is fearr deontóirí beo ann.

abhair agus modhanna

Earcaíocht othair

Bhí an staidéar bunaithe ar chohórt diagnóiseach de 191 othar péidiatraiceach as a chéile (aois earcaíochta < 18 mbliana d'aois), arna earcú ag na hAonaid Neifreolaíochta Péidiatraiceacha, Scagdhealaithe agus Trasphlandúcháin ag Ospidéal Leanaí Regina Margherita agus atreoraíodh chuig an tSeirbhís Imdhíon-ghineachta agus Bitheolaíochta Trasphlandúcháin do anailís ghéiniteach. Chuir na hothair go léir a chuimsítear sa staidéar toiliú feasach i scríbhinn sínithe ag an mbeirt thuismitheoir, nuair ab fhéidir.

Ullmhúchán samplach, seicheamhú, agus anailísí bithfhaisnéisíochta

Rinneadh eastóscadh aigéad núicléach ó fhuil imeallach, anailís ar cháilíocht DNA, ullmhú leabharlainne, agus seicheamhú mar a tuairiscíodh roimhe seo [14]. Tiontaíodh sonraí amh a fuarthas ó sheicheamhú i gcomhaid FASTQ agus ansin ailíníodh iad le Saibhriú 3.1.0 nó uirlisí saibhrithe DRAGEN (Illumina) agus mapáladh iad ar léiriú TruSight One Expanded v2.0 ag baint úsáide as Homo Sapiens UCSC GRCh37 genome mar tagairt chun malairtí núicléitíde aonair a fháil, malairtí uimhir chóip (CNV) agus leagan struchtúrach comhad. Chun cóip-uimhir a shainaithint, baineadh úsáid as bonnlíne déanta de shonraí seicheamhaithe ó 5 othar dhifriúla, gach ceann diúltach do CNV (de réir eagair sonraí hibridithe géanómaíochta comparáideacha). Ligeann an cur chuige seo CNV a bhrath fiú i gcrómasóm gnéasach ó rinneadh an grúpa tagartha de dhaoine aonair baineanna agus fireannacha agus sonraíodh inscne an ábhair a bhí le hanailísiú i gcónaí le linn na céime ailínithe. Rinneadh gairm athraitheach agus tosaíochtaí de réir critéar sainithe. Sheiceáil agus léirigh an t-Amharcóir Géanómaíochta Comhtháite IGV ailíniú Léann agus clúdach exons ar ghéine spéise, atá ar fáil saor in aisce ó UC San Diego - Ollscoil California agus Institiúid Leathan MIT agus Ollscoil Harvard - Boston (https://software.broadinstitute. org/ bogearraí/igv/). Rangaíodh na malairtí a bhí le cur san áireamh sa tuarascáil ghéiniteach deiridh de réir chritéir Choláiste Mheiriceá um Ghéineolaíocht agus Ghéanómaíocht an Leighis (ACMG).

Giniúint liosta géin-ghalar in silico

Sainíodh na géinte a bhí le breithniú le haghaidh sainaithint agus tosaíochta malairtí bunaithe ar na hamhrais chliniciúla. I silico gineadh liostaí géine a mheaitseálann (i) sonraí ó bhunachair shonraí éagsúla, ag comhghaolú géinitíopa le feinitíopa (OMIM, PanelApp England, ClinGen, Malacards), agus (ii) sonraí ón litríocht. Déantar na liostaí géine atá ar fáil a nuashonrú uair sa bhliain bunaithe ar fhianaise núíosach ar chomhcheangal géine-galair.

Seicheamhú sanger agus aimpliú taiscéalaithe ligation-spleách ilphléacs (MLPA)

Rinneadh seicheamhú amhránaí agus/nó anailís MLPA chun malairtí arna sainaithint ag NGS a bhailíochtú agus le haghaidh staidéir deighilte teaghlaigh. Go hachomair, baineadh DNA as an dara slánchuid neamhspleách den fhuil imeallach proband agus ó na tuismitheoirí. Méadaíodh na réigiúin spéise DNA trí PCR ag baint úsáide as sainchoinníollacha turgnamhacha. Seiceáladh íonacht agus sainiúlacht na réigiún aimplithe le 0.8 nó 1.5% glóthach agarose. Ansin cuireadh Sanger i ndiaidh a chéile ar tháirgí PCR aimplithe ag baint úsáide as na primers céanna. Maidir le leagan PKD1, rinneadh an bailíochtú ag baint úsáide as PCR fadraoin agus PCR neadaithe ina dhiaidh sin chun aon tátal ó na pseudogenes a sheachaint.

Torthaí

Sainmhíniú ar chritéir chun torthaí anailíse géiniteacha a thabhairt ar ais

We previously reported on the design and set-up of a "kidney" gene panel that comprises>Bhain 400 géinte go léir le cineálacha éagsúla galair duáin [14]. Don staidéar seo, chuireamar anailís i bhfeidhm le fo-phainéil dírithe ar an gcatagóir chliniciúil ar leith amhras (m.sh., CAKUT, glomerulopathy, tubulopathy, etc.) agus rinneamar grúpa sainiúil géinte le haghaidh anailíse roimhe seo. Chuir an cur chuige seo teorainn le líon na ngéinte a ndearnadh anailís orthu, ag simpliú anailísí, agus ag laghdú líon na dtorthaí teagmhasacha. I gcás ina raibh an toradh géiniteach diúltach ag deireadh an réimse anailíse leis an bpainéal/na painéil ábhartha, agus (i) nuair nach bhfuil an feinitíopa cliniciúil léirithe go soiléir nó (ii) go raibh forluí ar chatagóirí éagsúla galar, leathnaíodh anailís ghéiniteach chuig an gceann ar a dtugtar. "duán lán-liosta nó duáin", sár-phainéal a chuimsíonn na géinte go léir atá san áireamh sna fo-phainéil.

Mar chéad chéim, sainmhíníomar sraith critéar chun torthaí NGS a léirmhíniú. Tar éis seicheamhú cliniciúil exome (CES) agus ailíniú sonraí a dhéanamh, socraíodh píblíne anailíse chun na leaganacha ábhartha a scagadh. Go sonrach, bunaithe ar amhras cliniciúil, rinneadh roghanna aitheanta a scagadh bunaithe ar liostaí géine silico, go sonrach do na macra-chatagóirí galair éagsúla. Níor cuireadh san áireamh leaganacha comhchiallacha nach raibh tionchar acu ar an meicníocht splicing nó leagan intronic nach bhfuil ag mapáil laistigh den réigiún splicing, ag cur san áireamh na leaganacha neamhshonraithe, nonsense, frameshift, agus splicing a bhfuil tionchar acu orthu. Níor cuireadh san áireamh ach deich gcinn, malairtí neamhchoitianta (minicíocht níos lú ná 1% sa daonra) agus malairtí le minicíocht ailléil san othar de 0.2 ar a laghad agus clúdach de 20 léamh ar a laghad. Rinneadh na leaganacha eile a anótáil agus a choimeád a thuilleadh bunaithe ar (i) modh oidhreachta, (ii) caomhnú núicléitíde, (iii) tionchar próitéine, ag baint leasa as bunachair shonraí éagsúla chun na scóir a sheiceáil, agus (iv) litríocht, más ann di. Ag an bpointe seo, liostaíodh leaganacha scagtha isteach i "tuarascáil theicniúil" mar a thugtar air. Rinne géineolaí leighis léirmhíniú ar an tuarascáil theicniúil chun an tuarascáil ghéiniteach deiridh a sholáthar don othar agus dá teaghlach. Le linn an chomhairliúcháin ghéiniteach, beartaíodh staidéir ar leithscaradh teaghlaigh chun (i) na leaganacha sa phrobhanna a dheimhniú, agus (ii) chun leaganacha neamhchúiseacha a áireamh/a eisiamh bunaithe ar a leithscaradh sa teaghlach (Fíor 1).

Trí na critéir seo a ghlacadh, bhíomar in ann trí chatagóir éagsúla de thuarascálacha géiniteacha a shainiú. Ar dtús, "tuarascáil dhochloíte" a chuimsigh athraithigh phataigineacha (C5) agus pataigineacha dóchúla (C4). Measadh go raibh tuairiscí ar leaganacha de thábhacht anaithnid (C3) dochloíte ach amháin má bhí siad ag luí go hiomlán leis an bpictiúr cliniciúil agus má dheimhnigh staidéir deighilte teaghlaigh a ról féideartha. Ar an dara dul síos, “tuarascáil éiginnte” a chuimsigh malairtí C3 arna sainaithint ag CES nach bhfuil bailíochtaithe fós nó nárbh fhéidir a bhailíochtú i gcomhthéacs staidéir deighilte teaghlaigh nó leaganacha C4/C5 nach raibh ag teacht go hiomlán leis an bhfeinitíopa cliniciúil. Ar an tríú dul síos, "tuarascáil neamhchonclúideach" a chuimsigh (i) anailís CES diúltach, rud a chiallaíonn nár aithin NGS aon leagan; (ii) malairtí aonair i ngéinte cúlaitheacha; agus (iii) athraithigh C3 nach bhfuil ag teacht leis an bhfeinitíopa cliniciúil, a sainaithníodh nuair a leathnaíodh an anailís chuig gach ceann díobhgéinte a bhaineann le galar duáin(Fíor 1).

Príomhghnéithe an chohóirt earcaithe

Déanann an staidéar seo cur síos ar chohórt 191 othar péidiatraiceach (0–18 mbliana d’aois) a atreoraíodh i ndiaidh a chéile ag an Aonad Neifreolaíochta Péidiatraiceach le haghaidh anailís ghéiniteach ó mhí na Samhna 2018 go Bealtaine 2022, agus cláraíodh 50 othar nua ar an meán gach bliain. . Ba iad na critéir le haghaidh tástála géiniteach ná (i) nephropathy a bhaineann le stair dhearfach teaghlaigh de ghalar duáin nó (ii) amhras cliniciúil faoi riocht aonghineach nó (iii) gá riocht aonghineach a chur as an áireamh (mar atá i gcás siondróim nephrotic, nuair a dhéantar idirdhealú). tá brí cliniciúil le haghaidh prognóis agus cóireála le galair mhonaigineacha i gcomparáid le galair neamh-mhonaigineacha).

Roinneadh an cohórt ar bhonn an amhrais chliniciúil, ag smaoineamh ar 6 mhacra-chatagóir galair éagsúla: neamhghnáchaíochtaí ó bhroinn na duáin agus an chonair urinary (CAKUT; n=34), ciliopathies (n=39), glomerulopathy (n=62), nephrolithiasis (n=22), tauopathies (n=20) agus galair eile lenar áiríodh feinitíopaí siondrómacha freisin (n=14). Ach amháin i gcás CAKUT agus tubulopathies a léirigh dáileadh comhionann idir baineannaigh agus fireannaigh, sna catagóirí eile go léir, bhí leitheadúlacht na n-ábhar fireann (Fíor 2a). Nuair a bhíothas ag féachaint ar aois na hearcaíochta, níor tugadh chun suntais aon dáileadh suntasach difriúil i measc na ngrúpaí éagsúla, le meán-aois idir 6.7 agus 10 mbliana d'aois i "Galar eile" agus glomerulopathies, faoi seach. Mar sin féin, nuair a bhíothas ag féachaint ar an aois airmheánach, léirigh easaontas CAKUT an luach is ísle (4.6 bliana d’aois), ag coinneáil le feinitíopa ó bhroinn. Ó thaobh eitneachais de, neamhspleách ar mhacrai-chatagóir an ghalair, ba Eorpaigh iad formhór na n-othar, agus Afracach ina dhiaidh sin, agus ní raibh ach cúpla othar Áiseach, Laidin-Mheiriceánach nó crosphóraithe (Fíor 2b). I measc an chohórt, ní raibh ach 8 n-othar ag tuismitheoirí chomhcheangalacha.

Fíor 1 Píblíne anailíse sonraí géiniteacha agus critéir maidir le cuimsiú malairtí. Léiriú scéimreach ar an bpíblíne anailíseach a glacadh chun malairtí a shainaithint agus a chur in ord tosaíochta, lena n-áirítear na critéir scagtha isteach agus scagacháin go léir. Áiríodh na leaganacha dá bharr sa tuarascáil ghéiniteach deiridh. Nuair is féidir, rinneadh staidéir bhailíochtaithe agus deighilte teaghlaigh ar mhalairt(í). Rangaíodh tuairiscí géiniteacha mar thuarascálacha dochloíte, neamhchinnte nó neamhchinntitheach bunaithe ar na critéir a léiríodh. Bunaithe ar an rangú seo ríomhadh an ráta diagnóiseach dár sreafaí oibre seicheamhaithe don chéad ghlúin eile (NGS). 1 KG: bunachar sonraí 1000 géanóim; Alt fr: minicíocht athraithe; C3: malairt le tábhacht anaithnid; C4: malairt pataigineach dóchúil; C5: athraitheach pataigineach; AR: cúlaitheach uathsomal

Ar deireadh, agus stair teaghlaigh do ghalair duáin á gcur san áireamh ag breithniú na n-ábhar fireann agus baineann ar leithligh, ba léir ilchineálacht sa dáileadh idir cásanna dearfacha agus diúltacha agus na catagóirí éagsúla galar á gcur san áireamh. Ar an iomlán, ní raibh an chuid is mó den chohórt earcaithe agus neamhspleách ar an inscne tréithrithe ag stair dhearfach teaghlaigh, mar a thaispeántar le haghaidh CAKUT, glomerulopathies, tauopathies agus neamhoird duáin eile. Mar sin féin, i ciliopathies agus nephrolithiasis, céatadán suntasach de na cásanna i láthair le teaghlach dearfach a Thoraí le dáileadh difriúil idir baineannaigh agus fireannaigh (13 cás as 22 le haghaidh ciliopathies, agus 5 as 12 le haghaidh nephrolithiasis; Fíor. 2c).

Ó thaobh cliniciúil de, bhí an cohórt sách ilchineálach le galair phríomhúla éagsúla san áireamh (Fíor 2d). Ina measc, ba iad na pictiúir cliniciúla ba athfhillteacha ná galar duáin ilchisteach (n=27), CAKUT (n=25), siondróm nephrotic (n=19), glomerulosclerosis deighleogach fócasach (FSGS; n). =14) agus siondróm Alport (n=13; Fíor 2d).

Seirbhís Tacaíochta Wecistanche-An t-onnmhaireoir cistanche is mó sa tSín:

Ríomhphost:wallence.suen@wecistanche.com

Whatsapp/Teil:+86 15292862950

Siopa Le haghaidh Sonraí Breise:

https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop

Cliceáil ANSEO CHUN Sliocht CISTANCHE ORGÁNACHA NÁDÚRTHA A FHÁIL LE 25% ECHINACOSIDE AGUS 9% ACTEOSIDE DO GHALARÚ DUINE