Seicheamhú Géanóm Iomlán Le hAghaidh Neamhoird Mhéadaithe Néareolaíocha Athleathnaithe sa Ríocht Aontaithe: Staidéar ar Chruinneas Diagnóiseach Iarghabhálach agus ar Bhailíochtú Cliniciúil Ionchais

Le haghaidh tuilleadh eolais:ali.ma@wecistanche.com

Achoimre

Cúlra

Bíonn tionchar ag neamhoird leathmhéadaithe ar thart ar 1 as 3000 duine aonair agus is galair ilchineálacha cliniciúla iad de bharr méadú ar athránna DNA gearra i ndiaidh a chéile. Is minic a bhíonn tástáil ghéiniteach sainiúil don lócas, rud a fhágann go mbíonn tearcdhiagnóis ag daoine a bhfuil cur i láthair cliniciúil aitíopúla acu, go háirithe in othair phéidiatraiceacha nach bhfuil stair dhearfach teaghlaigh acu roimhe seo. Úsáidtear seicheamhú géanóim iomláin níos mó mar thástáil chéad líne le haghaidh neamhoird ghéiniteacha neamhchoitianta eile, agus bhí sé mar aidhm againn a fheidhmíocht a mheasúnú i ndiagnóis othar a bhfuil galar orthu.néareolaíochneamhoird leathnú arís.

Modhanna

Rinneamar measúnú siarghabhálach ar chruinneas diagnóiseach na seicheamhú genome uile chun na loci leathnaithe athfhillteach is coitianta a bhaineann lenéareolaíochtorthaí (AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, C9orf72, CACNA1A, DMPK, FMR1, FXN, HTT, agus TBP) ag baint úsáide as samplaí a fuarthas laistigh den tSeirbhís Sláinte Náisiúnta i Sasana ó othair a raibh amhras orthu go raibhnéareolaíochneamhoird ; Baineadh úsáid as torthaí tástála PCR roimhe seo mar chaighdeán tagartha. Rinneadh iniúchadh ionchasach ar chruinneas cliniciúil seicheamhú géanóim iomláin chun athleathnú a bhrath in othair a ndearnadh tástáil ghéiniteach orthu roimhe seo agus othair nach ndearnadh diagnóis orthu a earcaíodh in 2013-17 chuig 100 000 Tionscadal Genomes sa RA, a raibh amhras orthu go raibh géiniteach acu.néareolaíochneamhord (foirmeacha teaghlaigh nó luath-thógtha ataxia, neuropathy, paraplegia spastic, néaltrú, galar néaróin mótair,páirceannachgluaiseachtneamhoird, míchumas intleachtúil, nó neamhoird neuromuscular). Má rinneadh athghlao leathnaithe ag baint úsáide as seicheamhú lánghéine, baineadh úsáid as PCR chun an toradh a dhearbhú.

Torthaí

Rinneadh measúnú ar chruinneas diagnóiseach seicheamhú géanóm iomláin chun athleathnú a bhrath i gcoinne 793 tástáil PCR a rinneadh roimhe seo laistigh den NHS ó 4 04 othar. Seicheamh iomlán-genome rangaithe i gceart 215 de 221 ailléil mhéadaithe agus 1316 de 1321 ailléil neamh-leathnaithe, ag taispeáint íogaireacht 97·3 faoin gcéad (95 faoin gcéad CI 94·2–99·0) agus 99·6 faoin gcéad sainiúlacht (99·1–99). ·9) ar fud na 13 lóistín a bhaineann le galair i gcomparáid le torthaí tástála PCR. I samplaí ó 11 631 othair i dTionscadal Géanóim 100 000, d’aithin seicheamhú géanóim iomláin 81 athleathnú, a tástáladh ag PCR freisin: deimhníodh 68 mar athleathnuithe sa raon pataigineach iomlán, bhí 11 neamhfhorleathana. - leathnuithe nó iomalartaithe idirmheánacha pataigineacha, agus ba athrá neamh-leathnaithe iad dhá cheann (ráta fionnachtana bréagach 16 faoin gcéad).

Léiriú

Inár staidéar, léirigh seicheamhú genome uile chun athleathnú a bhrath ardíogaireacht agus sainiúlacht, agus ba é an toradh a bhí air sin ná aithintnéareolaíochneamhoird leathnaithe athuair in othair nach ndearnadh diagnóis orthu roimhe seo. Tacaíonn na torthaí seo le cur i bhfeidhm seicheamhú iomlán-genome i saotharlanna cliniciúla chun othar a bhfuil anéareolaíochcur i láthair comhsheasmhach le neamhord athfhairsingithe.

Maoiniú

An Chomhairle um Thaighde Leighis, An Roinn Sláinte agus Cúraim Shóisialaigh, an tSeirbhís Sláinte Náisiúnta Shasana, an Institiúid Náisiúnta um Thaighde Sláinte, agus Illumina.

Réamhrá

In ainneoin dul chun cinn le déanaí inár dtuiscint ar an mbonn géiniteach annamhnéareolaíochneamhoird, tá suas le 70 faoin gcéad de na hothair a bhfuil neamhoird den sórt sin fós neamhdhiagnóisithe go géiniteach. 1-3 Go páirteach, tá sé seo mar gheall ar na dúshláin theicniúla a bhaineann le tástáil le haghaidh leagan géiniteach casta agus athchleachtach, lena n-áirítear athleathnuithe; meastar go mbeidh tionchar ag fairsingiú dá leithéid ar thart ar 1 as 3000 duine (aguisín p 1) agus is iad an phríomhchúis le níos mó ná 40 neamhord néarghiniteach,4 lena n-áirítear galar Huntington agus siondróm X leochaileach. Tá neamhoird leathnaithe athfhillteach go cliniciúil agus go géiniteach ilchineálach, agus is féidir leathnú athrá a bheith bainteach le galair éagsúla. Mar shampla, is féidir le fairsingithe i C9orf72 a bheith i láthair mar scléaróis cliathánach amyotrófach nó néaltrú frontotemporal.5 Is féidir gnéithe feinitíopacha comhchosúla a bheith mar thoradh ar fhairsingiú arís agus arís eile ar loci éagsúla, rud a fhágann go bhfuil sé deacair iad a idirdhealú go cliniciúil: leathnuithe athuair i ndeich ngéin ataxia spinocerebellar ar a laghad a bhíonn i láthair go minic mar dhaoine fásta. -onset ataxia,6 agus iad siúd i C9orf72 agus AR araon a bheith ina chúis le galar néaróin mótair.7,8

Tarlaíonn neamhoird leathnaithe arís agus arís eile mar gheall ar mhéadú ar líon na seicheamh DNA gearr-uaine athchleachtach, agus tá na tairseacha pataigineachta do gach neamhord sainiúil don lócas. Athraíonn méid an leathnaithe ó níos lú ná 30 athuair (m.sh., i CACNA1A) go roinnt mílte aonad athuair (eg, i FMR1, DMPK, C9orf72, agus FXN, ar féidir leo síneadh suas le 5 kb i méid). Léiríonn athleathnuithe éagobhsaíocht mhóilíneach, rud a d'fhéadfadh athruithe ar an méid athfhillteach a bheith mar thoradh air (méadú ar fhad go ginearálta) thar na glúnta agus na bhfíocháin.4 Sna coinníollacha seo, is minic go dtiocfaidh méadú ar líon na n-athrá go minic le tosú níos luaithe agus galair níos déine i ndiaidh a chéile. glúnta.4 Is féidir le neamhoird athfhairsingithe péidiatraiceacha a bheith i láthair mar shiondróim ilchórais gan sínithe feinitíopacha ar leith,9 agus mar sin is dóichí go ndéanfar tearcdhiagnóiseadh ar leanaí leis na neamhoird seo nuair a bhíonn stair teaghlaigh de neamhord athfhairsingithe as láthair ná nuair a bhíonn sé i láthair.10– 12

Is gnách go mbíonn measúnú saotharlainne ar athleathnú teoranta do mheasúnú móilíneach spriocdhírithe ar lócas aonair arna threorú ag an diagnóis chliniciúil amhrasta ag baint úsáide as modhanna PCR-bhunaithe nó blot Deiscirt,13 ar féidir leo a bheith costasach agus am-íditheach. Ina theannta sin, mar gheall ar ghnéithe feinitíopacha éagsúla agus forluiteacha na n-neamhoird seo, is féidir le loci leathnaithe athfhillteach a bhaineann le galair fanacht gan tástáil.14

Tá seicheamhú iomlán-ghéanóm ag teacht chun cinn mar uirlis dhiagnóiseach chéadlíne in othair a bhfuil galar neamhchoitianta orthu15 ach, go dtí le déanaí, measadh go raibh cumas teoranta aige measúnú a dhéanamh ar lócais ina bhfuil athleathnuithe.16 Mar sin féin, rinneadh dul chun cinn i mbithfhaisnéisíocht a bhrath go bhféadfaí galair a bhrath. - is cúis le hathleathnú ó shonraí seicheamhaithe den chéad ghlúin eile.17–22 Anseo, tuairiscímid ar an measúnú diagnóiseach ar chur chuige seicheamhaithe lán-ghéanóim chun athleathnuithe a bhrath ag baint úsáide as sonraí PCR siarghabhálach, agus a bhailíochtú cliniciúil in othair sa Tionscadal 100000 Géanóim go raibh neamhord néareolaíoch amhrasta air, nár diagnóisíodh le tástáil ghéiniteach roimhe seo.

Modhanna

Déan staidéar ar dhearadh agus ar rannpháirtithe

Áiríodh sa mheastóireacht seo ar sheicheamhú géanóim iomláin chun athleathnú a bhrath, measúnuithe ar chruinneas diagnóiseach agus ar chruinneas cliniciúil. Rinneadh measúnú ar chruinneas diagnóiseach ag baint úsáide as sonraí ó othair a ndearna PCR tástáil orthu roimhe seo le haghaidh athleathnuithe arbh eol go raibh siad ina gcúis le galar néareolaíoch.4 Aithníodh othair ó dhá fhoinse: an 100 000 Tionscadal Géanóim agus an tSaotharlann Géanómaíochta atá bunaithe in Ospidéil Ollscoile Cambridge ( Cambridge, RA). Maidir leis an dá shraith othar, rinne saotharlanna sa tSeirbhís Náisiúnta Sláinte (SNS) tástáil PCR ar shamplaí othar mar chuid de ghnáth-mheasúnú cliniciúil: i gcás samplaí sa Tionscadal 100000 Géanóim, rinneadh tástálacha PCR sular earcaíodh an tionscadal don tionscadal. Saotharlann Neurogenetics Ospidéal Choláiste na hOllscoile Londain (Londain, an Ríocht Aontaithe); Fuarthas samplaí le hathleathnuithe arna ndeimhniú ag PCR ó othair a tástáladh ag an tSaotharlann Ghéanómaíochta atá lonnaithe in Cambridge. Aithníodh othair a raibh torthaí tástála PCR-dearfach agus PCR-diúltacha acu maidir le neamhoird leathnaithe athfhillteacha le cur san áireamh inár staidéar trí chórais taifead saotharlainne; bhí toiliú eolasach scríofa tugtha ag gach othar lena sampla a úsáid chun críocha dearbhú cáilíochta agus taighde agus oiliúna, mar chuid de bharrfheabhsú agus de bhailíochtú na seirbhíse cliniciúla.

Rinneadh seicheamh iomlán-ghéanóm ar gach sampla ag ceann amháin de dhá shaotharlann: Genomics England (Hinxton, RA) le haghaidh samplaí Tionscadal 100000 Genomes (n=254) agus Saotharlann Seirbhísí Cliniciúla Illumina (ICSL; San Diego, CA, USA) le haghaidh samplaí a fuair an tSaotharlann Ghéanómaíoch atá lonnaithe in Cambridge (n=150). Tríd is tríd, baineadh úsáid as an tacar sonraí seo don chuid cruinneas diagnóiseach den staidéar, agus is éard a bhí ann ná PCR agus sonraí seicheamhaithe lán-ghéine ó 404 othar, a chlúdaigh 13 lócais a léiríonn na neamhoird leathnaithe néareolaíocha is coitianta: 11 lócais a bhaineann le ataxia agus déanach- neamhoird neurodegenerative tosaigh (HTT, AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, TBP, C9orf72, agus FXN), lócas amháin a bhaineann le míchumas intleachtúil (FMR1), agus lócas amháin a bhaineann le diostróife miotónach (DMPK). I gcás gach lócas, bhí sonraí tástála PCR ar fáil le haghaidh ailléil leathnaithe amháin ar a laghad (aguisín lch 24).

Rinneadh measúnú ar chruinneas cliniciúil trí scrúdú a dhéanamh ar chomhréireacht leathnaithe athfhillteach, mar a braitheadh ​​​​le seicheamhú iomlán-genome, le diagnóis chliniciúil amhrasta tar éis daingniú PCR in othair a bhfuil neamhoird néareolaíocha géiniteacha amhrasta orthu (foirmeacha teaghlaigh nó luath-thosaigh ataxia, neuropathy, paraplegia spastic, néaltrú. , galar néaróin mótair,páirceannachneamhoird gluaiseachta, míchumas intleachtúil, nó neamhoird néar-mhatánach) a earcaíodh chuig an Tionscadal Géanóim 100000 in 2013–17. Is clár sa RA é an Tionscadal 100000 Géanóim chun measúnú a dhéanamh ar luach seicheamhú uile-ghéanóim in othair a bhfuil riachtanais dhiagnóiseacha neamhchomhlíonta acu i ngalar neamhchoitianta agus ailse. Tar éis faomhadh eiticiúil a fháil don Tionscadal 100000 Géanóim ag Coiste Eitice Taighde Oirthear Shasana Cambridge South (tagairt 14/EE/1112), lena n-áirítear anailís sonraí agus torthaí diagnóiseacha a chur ar ais chuig na hothair, d’earcaigh gairmithe cúram sláinte agus taighdeoirí ó na hothair seo na hothair seo. 13 Ionad Míochaine Géanómaíochta i Sasana agus bhí siad cláraithe sa tionscadal má sholáthair siad féin nó a gcaomhnóir toiliú i scríbhinn chun a gcuid samplaí agus sonraí a úsáid i dtaighde, lena n-áirítear an staidéar seo. Cláraíodh probhanna agus, más indéanta, baill eile den teaghlach, de réir na gcritéar incháilitheachta a leagadh síos do riochtaí sonracha galar neamhchoitianta (aguisín lgh 5–11). Earcaíodh othair chuig an Tionscadal Géanóim 100000 tar éis tástáil ghéiniteach chaighdeánach cúraim sa SNS, mar a léirítear sna critéir incháilitheachta. Taifeadadh sonraí cliniciúla bonnlíne caighdeánaithe ag baint úsáide as Ointeolaíocht Feinitíopála Daonna (HPO)23 i gcoinne samhlacha sonraí a bhaineann go sonrach le galair.24 Bailíodh stádas galair na mball teaghlaigh, i gcoibhneas le tásc cliniciúil an phrobhanna le haghaidh tástála, freisin.

Chun athleathnuithe cúiseacha a aithint in othair a bhfuil galar géiniteach neamhdhiagnóisithe orthu, rinneamar tástáil ar othair a raibh neamhoird ghéiniteacha amhrasta orthu i gcomhréir le galar athfhairsingithe. Roghnaíodh othair ar bhonn comhréireachta a ngalar agus téarmaí HPO le neamhoird a bhaineann le méadú arís agus arís eile. Ceistíodh sonraí seicheamhaithe géanóim iomláin na n-othar chun cuardach a dhéanamh ar mhéaduithe i dtacar athchraolta ar leith ag baint úsáide as ceithre phainéal athleathnaithe éagsúla de réir a saintréithe cliniciúla (aguisín lch 5). Is iad na hathleathnuithe a roghnaítear lena gcur san áireamh ar na painéil seo na loci leathnaithe athfhillteach is coitianta de bharr galair néareolaíocha. Rinneadh tástáil ar othair le gnéithe cliniciúla a d'fhéadfadh a bheith comhoiriúnach le níos mó ná neamhord athfhairsingithe amháin ar phainéil iolracha. Má rinneadh athghlao leathnaithe ag baint úsáide as seicheamhú lánghéine, rinneadh tástáil dheimhnithe trí PCR.

I gcás gach othar a raibh athfhairsingiú deimhnithe acu, cuireadh an cliniceoir áitiúil ar an eolas faoin toradh diagnóiseach féideartha, agus rinneadh measúnú ar an méid a chuir an t-athfhairsingiú le gnéithe cliniciúla an othair. Maidir le hathleathnuithe a mhínigh go hiomlán nó go páirteach gnéithe cliniciúla an othair, eisíodh tuairisc dhiagnóiseach de réir nósanna imeachta caighdeánacha áitiúla.

Nósanna Imeachta

Maidir leis na samplaí stairiúla SNS a úsáideadh sa chuid de chruinneas diagnóiseach dár staidéar, rinneadh tástáil ar athleathnuithe roimhe seo ag baint úsáide as aimpliú PCR agus anailís blúirí. Rinneadh blotáil ó dheas le haghaidh fairsingithe móra C9orf72. Sa chuid de chruinneas cliniciúil dár staidéar, rinne PCR tástáil ar athleathnuithe a braitheadh ​​trí sheicheamhú géanóm iomlán in othair ón Tionscadal Géanóim 100 000 i samplaí a bhí stóráilte i saotharlanna géiniteacha SNS. Tá sonraí breise, lena n-áirítear seichimh primer, ar fáil san aguisín (lgh 2–3, 25–26).

Ullmhaíodh DNA le haghaidh seicheamhú géanóm iomlán ag baint úsáide as ullmhúchán leabharlainne TruSeq DNA PCR-Free, agus rinneadh seicheamhú péireáilte 150 bp nó 125 bp ar ardáin HiSeq 2000 nó HiSeq X ag an áis géanóim tréchur ard do Ghéanómaíocht Shasana, agus ag an ICSL . Rinneadh seicheamh ar ghéanóim go dtí meándoimhneacht 35 × (31 × go 37 ×; aguisín p 27). Rinneadh géinitíopáil ghearr-athdhéanta trí úsáid a bhaint as leagan pacáiste bogearraí ExpansionHunter 3.1.2.25,26 Go hachomair, déanann ExpansionHunter léamha seicheamhaithe a athailíniú thar thacar réamhshainithe d’athléirithe comhuaine gearra chun méid an dá ailléil ó dhuine aonair a mheas (aguisín lch 3).

Áiríonn aschur ExpansionHunter meastachán ar líon na n-eilimintí athdhéanta, méid iomlán, agus teorainn muiníne do gach lócas a ndéantar measúnú air. Molann treoirlínte ón gComhlachas um Phaiteolaíocht Leighis agus ó Choláiste Paiteolaithe Mheiriceá iniúchadh amhairc ar ghlaonna athraitheacha le linn ghnáthmheasúnaithe a dhéanamh ar leagan seicheamhaithe ard-tréchuir.27

Mar sin féin, ní féidir le huirlisí léirshamhlaithe coiteanna mar Amharcóir Géanóm Comhtháthaithe a shamhlú go leordhóthanach malairtí gearra comhuaineacha.28 Chun sonraí iomlána seicheamhaithe géanóm atá faoi bhun gach glao géinitíopa a scrúdú, baineadh úsáid as uirlis léirshamhlaithe grafa, a chumasaíonn léirshamhlú díreach haplotypes agus an carn léite comhfhreagrach. de ghéinitíopaí ExpansionHunter (aguisín lgh 3, 15). Rinneadh Amharciniúchadh ar an ngraf pileup ar gach seicheamh iomlán-genome athghlaonna comhuaine gearr chun a dhearbhú go raibh an tuar ExpansionHunter le haghaidh ailléilí cuimsithe go hiomlán i ngach léite (.i. bhí an t-athsheicheamh níos lú ná an fad léite seicheamhaithe); chun a dheimhniú go bhfuil fairsingiú monoallaileach nó dé-ailléileach ann; glaonna tuartha bréagacha-dearfacha a bhrath; agus ailléilí bréagacha diúltacha a bhrath in athleathnuithe déthaobhacha, mar FXN (aguisín lgh 4, 16).

Measann ExpansionHunter méid an athrá ó shonraí seicheamhaithe lán-ghéanóim trí anailís a dhéanamh ar léitheanna seicheamhaithe ina bhfuil athrá gearr comhuaineach go hiomlán nó go páirteach. Má tá ailléil athchraolta comhuaine gearr níos giorra ná an fad léite, déanann ExpansionHunter an méid cruinn a thuar; má tá ailléil athchraolta comhuaine gearr níos faide ná an fad léite, déanann ExpansionHunter an méid athrá laistigh de CI a mheas, ag brath ar chomhdhéanamh seicheamh lócas, doimhneacht an tseichimh, agus cáilíocht na seicheamhaithe.

Anailís staitistiúil

Rinneamar athchraoltaí a rangú mar leathnaithe ag seicheamhú géanóm iomlán má bhí an méid a thuar ag ExpansionHunter os cionn an scoite premutation, nó neamh-leathnaithe dá mbeadh an méid tuartha faoi bhun an scoite (aguisín p 28).

Ríomhadh íogaireacht agus CIanna le haghaidh athbhrath leathnaithe seicheamhaithe lán-ghéanóim mar chionmhaireacht na n-ailéilí a raibh athrá méadaithe acu i measc na n-ailéilí a deimhníodh roimhe seo le PCR agus a raibh athrá méadaithe acu. Measadh an tsainiúlacht mar chomhréir na n-ailéilí neamh-leathnaithe i measc na n-athrá neamhleathnaithe a tástáladh roimhe seo ag PCR. Tá cur síos iomlán ar na foirmlí staidrimh ar fáil san aguisín (lch 1).

Chun méideanna athuair de réir PCR a chur i gcomparáid le meastacháin ar mhéid an athuair de réir seicheamhú géanóm iomlán, rinneadh comparáid idir ailléilí cainníochtaithe PCR agus méideanna athrá réamh-mheasta ag ExpansionHunter le haghaidh ailléilí níos giorra ná an fad léite ar fud na 13 lóistí gearra tandem athuair. Ríomhadh comhréireacht de réir an chéatadáin de mhéideanna athuair a thuar ExpansionHunter a bhí ag teacht le méid cainníochtaithe PCR, ag cur san áireamh an earráid PCR de móide nó lúide athrá amháin. Rinneadh anailís staitistiúil ag baint úsáide as bogearraí staidrimh R leagan 3.6.3.

Ról an fhoinse maoinithe

Ba iad fostaithe Genomics England agus taighdeoirí acadúla a bhí i gceannas ar dhearadh an staidéir, ar chlárú othar, ar bhailiú sonraí agus ar sheicheamhú. Rinne fostaithe Illumina seicheamhú 150 sampla othar mar chomhpháirt phleanáilte den staidéar iomlán ar chruinneas diagnóiseach seicheamhaithe an ghéanóim agus d’fhorbair ExpansionHunter. Rinne fostaithe Géanómaíocht Shasana, taighdeoirí acadúla, agus comhúdair RTH, ED, agus MAE an anailís agus léirmhíniú ar athleathnú in othair a earcaíodh chuig an 100 000 Tionscadal Géanóim. Ní raibh aon ról ag na foinsí maoinithe i léirmhíniú sonraí ná i scríobh na tuarascála.

Torthaí

Rinneadh measúnú ar chruinneas diagnóiseach seicheamhú genome iomláin chun athleathnú a bhrath i gcoinne 793 tástáil PCR a rinneadh roimhe seo laistigh den NHS ó 4 04 othar (tástáladh 64 othar le haghaidh níos mó ná athfhairsingiú amháin; figiúr 1). As na tástálacha seo, rangaíodh 183 mar atriall leathnaithe agus 610 mar nach raibh athfhairsingiú ag PCR acu, rud a d’fhág go raibh 221 ailléil leathnaithe agus 1321 ailléil aonair neamh-leathnaithe ar fud 13 loc galair (aguisín pp 24, 28). Seicheamh iomlán-genome rangaithe i gceart 215 de 221 ailléil mhéadaithe agus 1316 de 1321 ailléil neamh-leathnaithe i gcomparáid le torthaí tástála PCR (aguisín lgh 27, 29), ag taispeáint íogaireacht tosaigh 97·3 faoin gcéad (95 faoin gcéad CI 94·2-99 ·0) agus sainiúlacht 99·6 faoin gcéad (99·1–99·9; tábla 1). Tar éis gach glao a cheartú bunaithe ar cháilíocht na léite, mhéadaigh íogaireacht go 99·1 faoin gcéad (96·8–99·9) agus sainiúlacht go 100 faoin gcéad (99·7–100; figiúr 2A, tábla 1). Chuir léirshamhlú na n-ailéilí méadaithe ar chumas torthaí bréagach-dearfacha a bhrath agus athrangú a dhéanamh ar na hailéil bhréagacha-dhiúltacha go léir in FXN, nach raibh ach ailléil amháin aicmithe i gceart mar ailléil leathnaithe i samplaí le forleathnú biallelic (aguisín lgh 17, 18).

Rinne PCR an fad athdhéanta a chainníochtú i 509 tástáil PCR ag fiosrú 945 ailléil trasna 13 lóistéis athleathnaithe. Taispeántar comhghaolta idir ExpansionHunter agus PCR do mhéideanna athdhéanta atá níos giorra agus níos mó ná an fad léite seicheamhaithe (ie, 150 bp) san aguisín (aguisín lch 19). Chonacthas comhchuibheas ard le haghaidh athrá níos giorra ná an fad léite, le comhaontú 92·7 faoin gcéad (836 de 902) idir PCR agus ExpansionHunter. Breathnaíodh inathraitheacht lócas, le comhréiteach ard idir ExpansionHunter agus PCR do ATXN2, ATXN7, CACNA1A, agus HTT, agus comhréiteach íseal do DMPK nó TBP (aguisín lch 30). Rinne ExpansionHunter faid na n-ailéilí níos mó ná an fad léite a mheas faoina luach, rud a chuir isteach ar chruinneas na nglaonna isteach DMPK, FMR1, agus FXN (figiúr 2B, aguisín lgh 19, 31).

Cé go raibh ExpansionHunter in ann ailléilí móra leathnaithe a aithint i gceart i FMR1, DMPK, C9orf72, agus FXN (aguisín p 29), bhí claonadh ag na meastacháin mhéide tuartha a bheith níos ísle ná iad siúd a fuair PCR mar a mhéadaigh an méid athrá laistigh den raon pataigineach, rud a chuir isteach ar an. cumas chun idirdhealú a dhéanamh idir leathuithe móra agus beaga i DMPK, C9orf72, agus FXN, nó idir leathnuithe iomlána agus iomalartaithe i FMR1 (aguisín lch 31). Mar shampla, bhí meánmhéid atriartha measta ag ExpansionHunter de 92·6 (SD 17·8; aguisín lch 31) ag loci le fad atrialach PCR-mheasúnaithe níos mó ná 200 in FMR1 agus rangaithe mar shóchán iomlán.

Chun cumas athbhraite leathnaithe a thástáil trí sheicheamhú géanóm iomlán chun diagnóis othar a tástáladh roimhe seo agus nach ndearnadh diagnóis géiniteach orthu a réiteach, rinneamar tástáil ar 11 631 othair a raibh neamhord géiniteach amhrasta orthu a earcaíodh chuig an Tionscadal Géanóim 100000 (figiúr 1). Rinneadh measúnú ar shonraí seicheamhaithe lán-ghéanóim agus úsáid á baint as ceithre phainéal athleathnaithe éagsúla de réir ghnéithe cliniciúla an othair. Tá líon na n-othar a tástáladh le gach ceann de na ceithre phainéal léirithe i dtábla 2.

Ar an iomlán, bhraitheamar agus dheimhnigh muid athleathnú i samplaí ó 105 othar (tábla 2, aguisín pp 20, 33). Astu seo, bhí 81 sampla ar fáil le haghaidh tástála deimhnithe ag PCR, agus deimhníodh go raibh athleathnú ag 68 (0·6 faoin gcéad toradh): 45 (1·2 faoin gcéad ) de 3692 i bpainéal A, ocht ({ {18}}·3 faoin gcéad ) de 2743 i bpainéal B, cúig (0·6 faoin gcéad ) de 860 i bpainéal C, agus deich (0·1 faoin gcéad ) de 6731 i bpainéal D. Trí cinn déag de 81 glao leathnaithe níor deimhníodh iad mar athleathnuithe pataigineacha (ráta fionnachtana bréagach 16 faoin gcéad). Astu seo, ailléilí neamh-leathnaithe a bhí in dhá cheann in ATXN1 agus ATXN2, ba ghlaonna meánmhéide FMR1 ceithre cinn (aguisín lch 21), agus b'iomathruithe FMR1 seacht gcinn.

Soláthraítear sonraí cliniciúla na 68 othar a bhfuil athleathnú déanta orthu ag PCR, lena n-áirítear a gcur i láthair cliniciúil, an athfhairsingiú a aithníodh, agus an méid a chuir an t-athfhairsingiú le gnéithe cliniciúla an othair ar fáil i dtábla 3; Tá na téarmaí HPO, an méid athrá arna mheas ag ExpansionHunter, agus cibé an bhfuil tuarascáil dhiagnóiseach eisithe liostaithe san aguisín (lch 33).

Breathnaíodh méaduithe in othair a tháinig i láthair le raon leathan de léirithe cliniciúla forluiteacha a ndearnadh tástáil orthu le painéal A (tábla 3, aguisín p 22), lena n-áirítear athleathnú ATXN2 in othar a raibh galar Parkinson sofhreagrach levodopa air agus stair d’aimhéiceas cerebellar forásach. , agus leathnú AR i gceithre othar a diagnóisíodh go cliniciúil le galar Charcot-Marie-Tooth, lena n-áirítear ceann amháin le neuropathy demyelinating deimhnithe go géiniteach (ie, galar Charcot-Marie-Tooth cineál 1, othar 42; aguisín p 33). Breathnaíodh raon leathan diagnóis chliniciúil roimhe seo in othair a raibh athleathnú pataigineach orthu.

Mar shampla, i seacht n-othar le scléaróis cliathánach amyotrófach nó galar néaróin mótair eile, aithníodh leathnuithe in AR (n=4) agus C9orf72 (n=3). In othair a raibh amhras faoi ataxia oidhreachtúil orthu, d’aithníomar leathnuithe ar loci nár measadh mar chuid de ghnáthobair dhiagnóiseach laistigh den NHS tráth na hearcaíochta, lena n-áirítear ATN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, FXN, TBP, agus HTT ( tábla 3). Braitheadh ​​​​muid leathnaithe athuair in othair a bhfuil gnéithe cliniciúla acu a bhí comhsheasmhach le neamhoird leathnaithe malartacha, lena n-áirítear leathnú C9orf72 ar luath-thosú agus galar Parkinson teaghlaigh (othar 24, Tábla 3) agus leathnuithe athuair sa raon treá laghdaithe i HTT (38 athuair) i mbeirt dheirfiúracha a bhfuil neamhord gluaiseachta orthu, néaltrú, dúlagar, agus deacrachtaí urlabhra (othair 44 agus 45), ag cur béime ar an dúshlán diagnóiseach a chuireann na neamhoird athfhairsingithe seo i láthair.

Fuarthas amach go raibh athleathnuithe móra CAG ag ochtar leanaí a tástáladh le painéal B (figiúr 3), agus mhínigh seacht gcinn acu gnéithe cliniciúla an othair go hiomlán. Ní raibh stair teaghlaigh faisnéiseach ag seisear othar agus níor cuireadh aththástáil leathnaithe ar fáil dóibh mar chuid dá measúnú cliniciúil tráth na hearcaíochta (othair 48–53; tábla 3, aguisín p 33). Bhí leathnuithe móra HTT ag beirt de na leanaí seo (90-100 athuair CAG). Is díol suntais é go raibh leanbh amháin tar éis an t-athchraoladh a fháil le hoidhreacht ó thuismitheoir nach raibh aon tionchar aige air agus nach raibh aon stair teaghlaigh de ghalar Huntington aige. Tá tástáil teaghlaigh ar siúl, ach aithníodh ailléil treá laghdaithe sa teaghlach sínte, rud a thugann le fios go raibh méadú tagtha ar an athuair de bhreis ar 60 aonad athuair in aon ghlúin amháin (othar 52). Agus é seo á scríobh, níor léirigh aon duine sa teaghlach aon chomharthaí de ghalar Huntington, agus tá comhairleoireacht agus tástáil ghéiniteach ar siúl do na tuismitheoirí. D'iompair beirt leanaí níos óige ná 5 bliana leathathruithe móra in ATXN7 agus tháinig galar casta ilchóras orthu. I gcás duine amháin de na leanaí seo (othar 50), léirigh a dtuismitheoir fadhbanna gait 2 bhliain tar éis clárú sa Tionscadal 100000 Géanóim. Ar an gcaoi chéanna, fuarthas amach go raibh 99-leathnú arís ar chailín 10 mbliana d’aois faoi mhíchumas intleachta in ATXN2, in ainneoin gur ainmníodh an dá thuismitheoir mar neamhthionchar, agus fuarthas go raibh 99- ag cailín 18 mbliana d’aois le néaltrú. {19}}leathnú arís in ATN1 (aguisín lch 33).

Braitheadh ​​cúig mhéadú ar DMPK (painéal C), lena n-áirítear i leanbh agus máthair le diagnóis chliniciúil diostróife mhatánach, i mbeirt siblíní a raibh miopaitít distal amhrasta orthu, agus in ógánach le miopaitít ó bhroinn (othair 54-58). Braitheadh ​​leathnuithe FMR1 (painéal D) i naonúr buachaillí agus cailín amháin, agus mhínigh diagnóis de shiondróm Fragile X go hiomlán nó go páirteach na gnéithe cliniciúla a bhí i láthair (othair 59-68).

Plé

Tá sé dúshlánach diagnóis neamhoird leathnaithe athfhillteacha i gcúram sláinte mar gheall ar ghnéithe cliniciúla ilchineálacha agus forluiteacha agus torthaí cliniciúla neamhshonracha, ar féidir leo méadú ar dhéine le haois agus i ngach glúin ina dhiaidh sin. Tá neamhoird athmhéadaithe i measc na gcúiseanna is coitianta a bhaineann le galair néareolaíocha a fuarthas le hoidhreacht.4 Mar sin féin, d’fhéadfadh sé go ndéanfaí tearcdhiagnóiseadh ar othair, de bharr nach bhfuil dóthain tástála géiniteach déanta nó toisc nach bhfuil na leaganacha géiniteacha cúiseacha le fáil fós. Tá cineálacha cur chuige tástála ilroinnte faoi láthair, agus d’fhéadfadh go mbeadh an lócas leathnaithe mícheart á thástáil29 ag othair nó go bhfaighidh siad tástáil mhóilíneach d’aicme éagsúil de bharr forluí gnéithe cliniciúla le neamhoird ghéiniteacha néareolaíocha eile.30

Baineadh úsáid as seicheamhú géanóim iomláin in ilshuímh mar thástáil dhiagnóiseach céadlíne le haghaidh neamhoird néareolaíocha neamhchoitianta ach measadh roimhe seo go bhfuil cumas íseal aige athleathnuithe a bhrath.16 Forbraíodh roinnt uirlisí chun athleathnuithe ón ngéanóm iomlán a aithint. seicheamhú sa suíomh taighde,31 ach níor cuireadh aon cheann de na cineálacha cur chuige seo i bhfeidhm ar shonraí seicheamhaithe lánghéine a bailíodh ó líon mór othar i seirbhís cúram sláinte amháin. Cuirimid fianaise i láthair gur féidir le algartam atá deartha chun athleathnú ó sheicheamhú lán-ghéanóm a bhrath measúnú iontaofa a dhéanamh ar na hathleathnuithe is coitianta de bharr galair agus cásanna nár diagnóisíodh go géiniteach roimhe seo a réiteach i líon mór othar a bhfuil neamhoird néareolaíocha orthu. Léiríonn ár dtorthaí gur féidir le seicheamhú genome iomlán idirdhealú a dhéanamh idir ailléilí neamh-leathnaithe agus leathnaithe le híogaireacht ard agus sainiúlacht thar 13 lócais leathnaithe athuair (is féidir a fheabhsú tuilleadh trí iniúchadh amhairc), is féidir méid na n-ailéilí níos lú ná an fad léite a ríomh go cruinn. , agus d'fhéadfadh sé gannmheas a dhéanamh ar mhéid na leathnaithe móra i FMR1, DMPK, FXN, agus C9orf72.

Nuair a rinneadh measúnú ar athleathnú a bhrath trí sheicheamhú géanóm iomlán i gcoinne torthaí dearfacha agus diúltacha a fuarthas roimhe seo ag saotharlanna géanóm diagnóiseacha cliniciúla ag baint úsáide as modhanna caighdeánacha óir, fuaireamar íogaireacht 97·3 faoin gcéad ar a laghad agus sainiúlacht 99·6 faoin gcéad. Ina theannta sin, thaispeáin muid gur féidir an tsainiúlacht agus an íogaireacht a fheabhsú trí leigheas láimhe a dhéanamh ar an gcarn léite, rud a fhágann gur féidir torthaí bréagacha-dearfacha a bhrath agus ailléilí bréagacha diúltacha a athrangú i samplaí a bhfuil leathnaithe biailleacha acu. As na 6731 othar a tástáladh le haghaidh FMR1 (painéal D), bhíothas ag tuar go leathnófaí 124 glaoch. Bhíomar in ann 97 a eisiamh trí amharc-iniúchadh mar nithe dearfacha bréagacha dóchúla. Tugann sé seo le fios go mbeadh glao FMR1 ag 1 as 54 tástáil sheicheamhaithe géanóim iomláin a mbeadh gá le hiniúchadh amhairc a dhéanamh air chun glaoch bréagach-dearfach a d’fhéadfadh a bheith ann a chaitheamh amach. Tá obair ar siúl chun modh géinitíopála ExpansionHunter a fheabhsú chun líon na nglaonna bréagach-dearfach ar FMR1 a laghdú.

We show that repeat sizing is accurate for repeats smaller than the sequencing read lengths, and therefore that most non-expanded and premutation CAG repeat expansion disorder alleles can be sized accurately. These results are consistent with other studies showing a strong correlation between whole genome sequencing and PCR quantification of repeat lengths smaller than the sequencing read length.19,25,26 Whole genome sequencing expansion detection is limited in its sizing of alleles considerably larger than the read length, such as in Fragile X syndrome. We note that all FMR1 repeats previously classified by PCR as fully expanded (ie, >200 repeats) were classified by whole genome sequencing as permutation (50–200 repeats) in this study. Repeat size estimation for repeats larger than the read length is particularly important for loci in which the length of the repeat correlates with the disease clinical features. This includes DMPK, for which small expansions (50–150 repeats) cause mild myotonic dystrophy type 1 and large expansions (>1000 athuair) ina chúis le galair níos déine, agus ataxia spinocerebellar cineál 36 (NOP56), a meastar go bhfuil leathnaithe níos mó ná 650 athuair pataigineach agus meastar méideanna athfhillteacha 15-650 a bheith idirmheánach agus athraitheacha a bhfuil tábhacht éiginn leo.

Aithníodh níos mó ná 40 loci athleathnaithe; níor aithníodh go leor de na lócais seo ach le déanaí agus tá baint acu anois le riochtaí nár míníodh roimhe seo, lena n-áirítear ataxia cerebellar le neuropathy agus siondróm areflexia vestibular (RFC1) 32 agus titimeas mióclónach (SAMD12).33 Ba iad na lócais leathnaithe athfhillteacha ba choitianta de bharr galair néareolaíocha is coitianta. roghnaithe dár staidéar bunaithe ar infhaighteacht samplaí rialaithe dearfacha agus diúltacha.

Tugann na torthaí a chuirtear i láthair anseo le fios gur cheart go mbeadh ExpansionHunter in ann ailléilí neamh-leathnaithe agus leathnaithe a rangú go cruinn ag aon lócas leathnaithe athfhillteach má tá na hailéilí neamh-mhéadaithe níos lú ná an fad léite (ie, 150 bp). Cé go bhfuil ailléilí níos lú ná 150 bp nuair nach bhfuil siad leathnaithe ag formhór na n-áiteanna leathnaithe athfhillteacha, d'fhéadfadh sé go mbeadh sé níos deacra roinnt loci a bhfuil méid an ailléil neamhleathnaithe gar do 150 bp (m.sh. NOTCH2NLC)34 a ghéinitíopáil ag baint úsáide as an gcur chuige seo. Maidir le loci áit a bhfuil an t-athrá leathnaithe i bhfad níos mó ná an fad léite, is féidir le seicheamhú iomlán-ghéanóm fairsingithe pataigineacha a bhrath (m.sh., NOP56,35 RFC120,32). D'fhéadfadh teicneolaíochtaí seicheamhaithe fadléite atá ag teacht chun cinn cur chuige comhlántach a thairiscint nuair a bhíonn fairsingithe móra á géinitíopáil.36

Fuarthas torthaí míniúcháin ar 68 othar ó mheasúnú ar athleathnú ag baint úsáide as seicheamhú géanóim iomláin in 11 631 othair neamhdhiagnóisithe a earcaíodh chuig Tionscadal Géanóim 100 000. Earcaíodh othair chuig an 100 000 Tionscadal Géanóim tar éis tástáil ghéiniteach chaighdeánach cúraim; mar sin, is ionann comhréir na n-athleathnaithe a aithníodh sa chohórt seo agus ardú ar an toradh diagnóiseach ó thástáil chaighdeánach SNS, lena n-áirítear tástáil lócas-shonrach le haghaidh neamhoird leathnaithe athfhillteacha mar FXN nó DMPK. Is fiú a thabhairt faoi deara, ní raibh amhras ann faoi roinnt diagnóisí bunaithe ar ghnéithe cliniciúla an othair, lena n-áirítear seisear othar péidiatraiceach nach raibh aon stair teaghlaigh aitheanta acu maidir le neamhord athfhairsingithe. Tá na meánmhéideanna athleathnaithe a réamh-mheastar ag seicheamhú genome iomlán in othair phéidiatraiceacha a bhfuil cur síos orthu sa staidéar seo i bhfad níos mó ná an meán i ndaoine fásta, ag teacht leis an ionchas go bhfuil baint ag leathnú níos mó le tosú níos luaithe agus níos déine, fiú i leanaí. Tá gá le tuilleadh oibre, ach tugann an toradh seo le fios go bhféadfadh measúnú pataigineachta-chleithiúnach ar aois agus a bhraitheann ar mhéid tacú le diagnóis péidiatraiceach trí laghdú a dhéanamh ar an nguais a d’fhéadfadh a bheith ann chun ailléilí riosca tosaigh aosach a aithint, rud a fhágann go ndéanfaí tástáil thuarthach gan iarraidh i leanaí.

Cumasaíonn ár dtorthaí sreabhadh oibre diagnóiseach cliniciúil a bhunú le haghaidh seicheamhú géanóm iomlán (aguisín lch 23). Molaimid go ndéanfaí iniúchadh amhairc ar gach glao atá aicmithe mar ghlao leathnaithe chun dearfacha bréagacha a bhrath, agus le haghaidh leathnaithe déthaobhacha nár braitheadh ​​ach ailléil leathnaithe amháin (m.sh., FXN). Molaimid go n-úsáideann saotharlanna ExpansionHunter chun measúnú a dhéanamh maidir le láithreacht leathnaithe gan cloí le meastachán méide agus go ndéanfaidh siad tástáil PCR deimhnithe mar chomhpháirt chaighdeánach den sreabhadh oibre tástála.

Áirítear le galair oidhreachta annamha raon leathan gnéithe cliniciúla, rud a fhágann go bhfuil tástáil ghéanómach a bhaineann go sonrach le lócas mí-éifeachtach, dian agus costasach. Cuirimid fianaise i láthair go bhféadfaí seicheamhú géanóm iomlán de ghrád cliniciúil a bhfuil an poitéinseal aige raon de ghalair néareolaíocha neamhchoitianta a dhiagnóiseadh go hiondúil le bonn amháin, indel, nó cóip-athraitheach uimhreacha a leathnú anois chun leathnuithe a dhéanamh arís. Toisc go soláthraíonn seicheamhú genome iomláin tástáil aonair ar féidir na hathleathnuithe is coitianta a aithint, chomh maith le tástáil a dhéanamh ar shócháin pointe agus ar chóipathraithe uimhreacha i ngéinte a bhaineann leis na coinníollacha seo ag an am céanna, tugann sé deis an chuid is mó d’othair a bhfuil na neamhoird ilchineálacha seo orthu a aithint. nach bhfuil diagnóisithe ag baint úsáide as tástáil a bhaineann go sonrach le lócas. I ré na dteiripí atá ag teacht chun cinn do na neamhoird seo, d'fhéadfadh go n-éireodh le braiteadh luath ríthábhachtach.37 Tacaíonn na torthaí seo le seicheamhú genome uile a chur i bhfeidhm chun athleathnú a bhrath i saotharlanna diagnóiseacha cliniciúla, cur chuige atá san áireamh cheana féin i Géanóm Náisiúnta NHS England. Eolaire Tástála,38 le haghaidh imscrúdú ar ghalar neamhdhiagnóisithe néareolaíoch.

Tagairtí

1 Ngo KJ, Rexach JE, Lee H, et al. Uasteorainn dhiagnóiseach le haghaidh seicheamhú exome in ataxia cerebellar agus neamhoird néareolaíocha gaolmhara. Hum Mutat 2020; 41: 487–501.

2 Lynch DS, Koutsis G, Tucci A, et al. Paraplegia spastic oidhreachtúil sa Ghréig: tréithriú daonra nár taiscéaladh roimhe seo ag baint úsáide as seicheamhú den chéad ghlúin eile. Eur J Hum Genet 2016; 24: 857–63.

3 Graziola F, Garone G, Stregapede F, et al. Toradh diagnóiseach ar phainéal géine seicheamhaithe spriocdhírithe don chéad ghlúin eile le haghaidh neamhoird ghluaiseachta péidiatraiceacha: 3-staidéar cohórt bliana. Genet Tosaigh 2019; 10: 1026.

4 Paulson H. Galair leathnaithe athrá. Handb Clin Neurol 2018; 147: 105–23.

5 Gossye H, Engelborghs S, Van Broeckhoven C, van der Zee J. C9orf72 néaltrú tosaigh-amaimpeach agus/nó scléaróis cliathánach amyotrófach. Seattle, WA: Ollscoil Washington, 2015.

6 Klockgether T, Mariotti C, Paulson HL. Ataxia spinocerebellar. Nat Rev Dis Primers 2019; 5:24.

7 Shakkottai VG, Fogel BL. Néar-ghéineolaíocht chliniciúil: ataxia spinocerebellar ceannasach uathsomach. Neurol Clin 2013; 31: 987–1007.

8 La Spada A. Atrophy mhatánach dhromlaigh agus bolgánach. In: Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA, et al, eag. GeneReviews. Seattle, WA: Ollscoil Washington, 1999.

9 Gousse G, H Nádúrtha, Touraine R, et al. Foirm marfach den ataxia spinocerebellar cineál 7 le tosú go luath san óige. Arch Pediar 2018; 25:42–44.

10 Ansorge O, Giunti P, Michalik A, et al. Comhiomlánú Ataxin-7 agus uileláithreach in SCA7 naíonán le 180 athuair CAG. Ann Neurol 2004; 56: 448-52.

11 Ramocki MB, Chapieski L, McDonald RO, Fernandez F, Malphrus AD. Ataxia Spinocerebellar cineál 2 i láthair le aischéimniú cognaíocha i óige. J Neurol Leanaí 2008; 23: 999–1001.

12 Mitchell N, LaTouche GA, Nelson B, Figueroa KP, Walker RH, Sobering AK. Ataxia spinocerebellar 3 ó thús na hóige: dystonia teanga mar léiriú go luath. Tremor Eile Hyperkinetic mov 2019; foilsithe ar líne 13 Meán Fómhair.

13 Éan TD. Cineál diostróife miotónach 1. In: Adam MP, Ardinger HH, Pagon RA, et al, eds. GeneReviews. Seattle, WA: Ollscoil Washington, 2019.

14 Aydin G, Dekomien G, Hoffman S, Gerding WM, Epplen JT, Arning L. Minicíocht SCA8, SCA10, SCA12, SCA36, FXTAS agus C9orf72 leathnaithe athuair in othair SCA diúltach do na subtypes SCA is coitianta. BMC Neurol 2018; 18:3.

15 Turro E, Astle WJ, Megy K, et al. Seicheamh iomlán-genome othar a bhfuil galair neamhchoitianta orthu i gcóras náisiúnta sláinte. Dúlra 2020; 583: 96–102.

16 EA Ashley. I dtreo leigheas beachtais. Nat Rev Genet 2016; 17: 507–22.

17 Liu HY, Zhou L, Zheng MY, et al. Fóntas diagnóiseach agus cliniciúil de sheicheamhú iomlán-ghéanóm i ngrúpa de theaghlaigh Síneacha neamhdhiagnóisithe a bhfuil galair neamhchoitianta orthu. Ionadaí Sci 2019; 9: 19365.

18 Mousavi N, Shleizer-Burko S, Yanicky R, Gymrek M. Próifíliú a dhéanamh ar thírdhreach uile-ghéanóm na n-athleathnaithe comhuaineach. Aigéid Núicléacha Ais 2019; 47: e90.

19 Tankard RM, Bennett MF, Degorski P, Delatycki MB, Lockhart PJ, Bahlo M. Leathnú ar athrá comhuaineach i gcohóirt a bhfuil seicheamhú déanta orthu le sonraí seicheamhaithe gearr-léite a bhrath. Am J Hum Genet 2018; 103: 858–73.

20 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, Bennett MF, et al. Aisghairm mhéadaithe atá bunaithe ar bhithfhaisnéisíocht a shainaithint: is cúis le leathnú pentamer intronic neamhthagartha i RFC1 le CANVAS. Am J Hum Genet 2019; 105: 151–65.

21 Comhlán AM, Ajay SS, Rajan V, et al. Athraitheacha cóip-uimhreacha i seicheamhú genome cliniciúil: imscaradh agus léirmhíniú do ghalair neamhchoitianta agus neamhdhiagnóisithe. Genet Med 2019; 21:1121–30.

22 Trost B, Engchuan W, Nguyen CM, et al. Brath ar fud an ghéinóim ar athrá DNA comhthráthach a leathnaítear san uathachas. Dúlra 2020; 586: 80–86.

23 Robinson PN, Kohler S, Bauer S, Seelow D, Corn D, Mundlos S. Ointeolaíocht an Fhéinitíopa Daonna: uirlis chun galar oidhreachtúil daonna a anótáil agus a anailísiú. Am J Hum Genet 2008; 83: 610–15.

24 Géanómaíocht Shasana. Coinníollacha galair neamhchoitianta samhlacha sonraí cliniciúla. 2018. https://www.genomicsengland.co.uk/?wpdmdl=5500 (rochtain air 4 Lúnasa, 2021).

25 Dolzhenko E, van Vugt JJFA, Shaw RJ, et al. Leathnuithe fada athdhéanta a bhrath ó shonraí seicheamh iomlán-ghéanóim saor ó PCR. Genome Res 2017; 27: 1895-903.

26 Dolzhenko E, Deshpande V, Schlesinger F, et al. ExpansionHunter: uirlis seicheamhbhunaithe graf-bhunaithe chun anailís a dhéanamh ar éagsúlacht i réigiúin athdhéanta gearra comhuaine. Bithfhaisnéisíocht 2019; 35: 4754–56.

27 Roy S, Coldren C, Karunamurthy A, et al. Caighdeáin agus treoirlínte chun píblínte bithfhaisnéisíochta seicheamhaithe den chéad ghlúin eile a bhailíochtú: comhmholadh ón gCumann um Paiteolaíocht Mhóilíneach agus ó Choláiste Paiteolaithe Mheiriceá. J Mol Diagn 2018; 20:4–27.

28 Robinson JT, Thorvaldsdottir H, Winckler W, et al. Amharcóir géanóm comhtháite. Biteicneolaíocht Nat 2011; 29:24–26.

29 Schneider SA, van de Warrenburg BPC, Hughes TD, et al. Aonchineálacht feinitíopach de chur i láthair cosúil le galar Huntington i dteaghlach SCA17. Néareolaíocht 2006; 67: 1701–03.

30 Schneider SA, Galar Bird T. Huntington, cuma an ghalair Huntington, agus córa oidhreachta neamhurchóideacha: cad atá nua? Cleachtadh Neamhord Clin Mov 2016; 3:342–54.

31 Bahlo M, Bennett MF, Degorski P, Tankard RM, Delatycki MB, Lockhart PJ. Dul chun cinn le déanaí maidir le hathleathnú a bhrath le seicheamhú gearrléite den chéad ghlúin eile. F1000Res 2018; 7: 736.

32 Cortese A, Simone R, Sullivan R, et al. Is cúis choitianta d'aimhéic a thosaíonn go déanach é leathnú bialleic ar athrá intronic in RFC1. Nat Genet 2019; 51: 649–58.

33 Ishiura H, Doi K, Mitsui J, et al. Leathnú ar TTTCA intronic agus TTTTA arís agus arís eile i titimeas mióclónach teaghlaigh neamhurchóideacha daoine fásta. Nat Genet 2018; 50: 581–90.

34 Ishiura H, Shibata S, Yoshimura J, et al. Neamhchódú CGG leathnuithe athuair i ngalar cuimsithe infhéitheach néarónach, miópóip oculopharyngodistal, agus galar forluiteach. Nat Genet 2019; 51: 1222–32.

35 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, an Pápa K, et al. Diagnóis tapa ar ataxia spinocerebellar 36 i dteaghlach trí ghlúin ag baint úsáide as sonraí seicheamhú genome iomlán gearr-léite. Neamhord Mov 2020; 35: 1675–79.

36 Mantere T, Kersten S, Hoischen A. Seicheamh léamh fada ag teacht chun cinn i ngéineolaíocht leighis. Genet Tosaigh 2019; 10: 426.

37 Ellerby LM. Neamhoird leathnaithe arís agus arís eile: meicníochtaí agus teiripí. Neurotherapeutics 2019; 16: 924–27.

38 An Córas Náisiúnta Sláinte. Eolaire Tástála Géanómaíochta Náisiúnta: critéir thástála do ghalair neamhchoitianta agus ghalair oidhreachta. Deireadh Fómhair, 2021.