Scagadh Fíorúil agus Fíorú Insamhladh Dinimic Mhóilíneach Próitéin Aistrithe Eistir Cholaistéaróil ó Choscairí Táirgí Nádúrtha ⅱ

 

2 thorthaí

2.1 Imscrúdú ar Struchtúr Próitéin

Faoi láthair, tá 3 struchtúr criostail de phróitéin CETP sa bhunachar sonraí PDB (2OBD, 4EWS, 4F2A). Tá an réiteach is airde ag an struchtúr criostail 4EWS a úsáidtear sa staidéar seo agus tá sé comhcheangailte le coscaire láidir, agus an ghníomhaíocht ag baint amach an leibhéal nanaomolar aonair, agus rún 2.59 Å. Is é an suíomh ina bhfuil an próitéin agus an ceangal coscaire móilín beag an t -aon phóca ceangailteach den phróitéin. Taispeántar dromchla an phóca i bhFigiúr 1A. Is féidir a fheiceáil go bhfuil póca mór hidreafóbach ag an suíomh beag ceangailteach móilín. Dá bhrí sin, don phóca ceangailteach seo,
Rinneadh scagthástáil fhíorúil bunaithe ar struchtúr. Tá giniúint na bpointí greille duga bunaithe ar an suíomh póca ina bhfuil an coscaire móilín beag suite. Tá lár an phointe greille Árthaithe leagtha síos don ligand criostalaithe, tá méid an bhosca sheachtraigh le bheith cosúil le méid an ligand criostalaithe, le méid 10 × 10 × 10 Å3, agus tá méid an bhosca istigh socraithe go 10 Å3, mar a thaispeántar i bhFíor 1b.

 

Suchláraithe ardchaighdeáin Cistanche

 

 

2.2 Scagadh Fíorúil Bunaithe ar Áisiú

Bunaithe ar na pócaí thuas, rinneadh il -bhabhtaí scagtha ar bhunachar sonraí L6000. Léirítear an próiseas sonrach i bhFigiúr 2. Tar éis scagthástála fíorúla ard-tréchuir, scagthástáil fíorúil chaighdeánach, agus scagthástáil fíorúil ultra-bheachtais, coinníodh 100 comhdhúile, ina measc an scór duga móilíneach is airde −16.991 kcal/mol (1 cal {= 4. −14.396 kcal/mol. Rinneadh an 100 comhdhúile coinnithe a ath-scóráil ag baint úsáide as MM-GBSA, agus fuarthas 49 comhdhúile uathúla ar deireadh. Tar éis anailís a dhéanamh agus anailís chonspóideach, agus forluí suímh leis na móilíní beaga criostalach bunaidh, fuarthas na 19 comhdhúile leis an gcéim mheaitseála is fearr mar chomhdhúile iarrthóra, mar a thaispeántar i dTábla 1 agus i bhFíor 3.

Fíor 1 léaráid sceidealta de phóca ceangailteach próitéine CETP (A), léaráid scéimreach de shuíomh ceangailteach próitéine CETP (B)

Fíor 2 Cairt sreafa scagthástála fíorúla agus insamhalta dinimic mhóilíneach

 

2.3 Anailís ar Bhraisle

Tar éis anailís cnuasaithe bunaithe ar chosúlacht idir na 19 comhdhúil roghnaithe agus na ligandáin chriostalaithe de 4EWS, roinneadh iad sna 3 chatagóir seo a leanas de réir an fhorluí ar struchtúir mhóilíneacha. Taispeánann Figiúr 4a an chéad bhraisle, ina bhfuil 14 mhóilín bheaga, ag léiriú go bhfuil cnámharlaigh an chuid is mó de mhóilíní beaga cosúil leis; Taispeánann Figiúr 4B an dara braisle, ina bhfuil 1 mhóilín bheag, agus taispeánann Figiúr 4C an tríú braisle, ina bhfuil 4 mhóilín bheaga. Is iad na cinn dhubha san fhigiúr ligandáin chriostalaithe, agus is móilíní beaga iad an chuid eile a fhaightear trí scagadh fíorúil.

2.4 Anailís Mód Ceangailteach

Trí bhreithniú cuimsitheach a dhéanamh ar na scóir duga agus ar fhuinneamh saor in aisce 19 comhdhúil iarrthóra a cheangal, roghnaíodh na trí chomhdhúil is fearr i dtéarmaí fuinnimh cheangailteach saor in aisce le haghaidh anailíse mód ceangailteach, lena n -áirítearCiscanche glycoside a, Theaflavins, agus eistir dimethyl aigéad salvianolic B. Tarraingíodh an léaráid mód ceangailteach de na trí chomhdhúil seo agus próitéin CETP ag baint úsáide as bogearraí Pymol. Chuir an t-idirghníomhaíocht idir iarmhair aimínaigéid na dtrí ligands agus an spriocphróitéin CETP an choimpléasc próitéine-ligand chun cinn, rud a chiallaíonn go bhfuil sé ina choimpléasc níos cobhsaí.
Ina measc,Ciscancheside acruthaíonn sé banna hidrigine aramatacha le PHE463 den spriocphróitéin, agus cruthaíonn sé banna hidrigine aramatacha agus idirghníomhaíocht chruachta π-π le PHE263; Cruthaíonn Theaflavin banna hidrigine clasaiceach le HIS232 den spriocphróitéin, cruthaíonn sé banna hidrigine aramatach le PHE263, agus cruthaíonn sé idirghníomhaíocht cation-π le PHE461; Cruthaíonn eistear dimethyl d'aigéad salvianolic B bannaí hidrigine aramatacha le HIS232 agus PHE441 den spriocphróitéin, agus cruthaíonn sé idirghníomhaíocht π-π cruachta le Phe463. I measc na n-idirghníomhaíochtaí próitéine eile tá idirghníomhaíochtaí hidreafóbacha agus droichid salainn, agus léirítear na torthaí i bhFíor 5.

2.5 Insamhladh Dinimic Mhóilíneach

2.5.1 Ríomh Luach RMSD

 

Mar a thaispeántar i bhFíor 6a, tar éis ionsamhlú anCóras Cistancheside A-CETPI gcás 1 0 ns, tá an raon luaineachta RMSD cobhsaí faoi bhun ± {0. 1 nm, agus léiríonn staid chothromaíochta RMSD go bhfuil neart ceangailteach an chórais go maith. Tar éis 25 ns de insamhalta, thosaigh luaineacht an chórais theaflavin-CETP ag moilliú go suntasach, agus bhí an raon luaineachta cobhsaí faoi bhun ± 0. 1 nm, ag baint chothromaíocht amach; D'athraigh luach RMSD an chórais ester-cetp dimethyl tannic níos lú i ndiaidh 1 0 ns de insamhalta, le meán RMSD de 0. {2-0. Ina theannta sin, ríomh an staidéar seo luach RMSD an ligand.
Mar is léir ón bhfigiúr, bhí an theaflavin-cetp i riocht seasmhach ag an gcéad chéim den insamhalta, agus anCistanche A-CETPagus an t-aigéad tannic B dimethyl Ester-CETP cobhsaithe go tapa tar éis tréimhse luaineachta gasta. D'fhéadfadh an difríocht seo a bheith mar thoradh ar chumraíochtaí agus ar dhifríochtaí móilíneacha éagsúla sna fórsaí idirghníomhaíochta sa chuas ceangailteach. De ghnáth bíonn na trí cinn i gcothromaíocht.

 

2.5.2 Ríomh luach RMSF bunaithe ar an gcóras casta de mhóilíní drugaí éagsúla agus CETP

Próitéin, ríomh an staidéar seo luach RMSF na n -iarmhar aimínaigéid próitéine de gach grúpa. Mar is léir ó Fhigiúr 6B, tá na luachanna RMSF de phríomh -iarmhair na dtrí chomhdhúil mhóilín bheaga ag gníomhú ar CETP ag leibhéal réasúnta íseal, le meánluach thart ar 0.

 

2.5.3 Ríomh Luach SASA

Mar is féidir a fheiceáil ó Fhigiúr 6C, tháinig laghdú tapa ar SASA an dá choimpléasc de Cistanche A-CETP agus Theaflavin-CETP i gcéim luath an insamhalta timpeall 0-15 ns, rud a léiríonn go hintuigthe go bhfuil ceangal tapa ag baint leis an gceangal ceangailteach, agus achar an dromchla próitéine atá nochta don tuaslagóir. Is féidir an laghdú ar SASA a thuiscint go bhfuil an ligand ceangailte go docht le suíomh gníomhach an phróitéin, agus go bhféadfadh athruithe conformational sa phóca ceangailteach nó fiú athruithe conformational sa phróitéin a bheith in éineacht leis. De réir mar a lean an t -insamhalta, mar gheall ar ghluaisne rollaithe na n -adamh próitéine agus an ligand, mhéadaigh SASA go pointe áirithe i lárchéim an insamhalta, agus tá sé tuairimithe gur lagaigh an ceangal idir an dá cheann ag an gcéim seo. D’fhéadfadh sé seo a bheith mar gheall ar an meath cobhsaíochta céimnithe de bharr an tsuaiteachta próitéine a bhí ann. Ina dhiaidh sin, chuaigh SASA isteach sa tríú céim agus laghdaigh sé go tapa go dtí deireadh an insamhalta. Tháinig laghdú ar SASA an choimpléasc de ghrúpa eistir dimethyl ester-CETP an aigéid salvianolic i rith an phróisis iomláin agus chuaigh sé isteach i stát cobhsaí tar éis thart ar 40 ns.

 

2.5.4 Anailís ar Chonradh Struchtúr Tánaisteach

Mar a léirítear i bhFíor 7, is é an cóimheas ábhair -helix den phróitéin sna trí ghrúpa coimpléisc an ceann is cobhsaí, agus ní bhreathnaítear ar aon mhéadú nó laghdú soiléir. I Cistancheside A -CETP, is féidir a thabhairt faoi deara go soiléir go laghdaíonn an t -ábhar bileoige agus go méadaíonn an corna i gcéim 0-25 ns, agus go ndéantar na hathruithe méadaithe agus laghdaithe a athchóiriú tar éis 25 ns. I theaflavin -cetp, is féidir a fheiceáil go bhfuil na hathruithe is soiléire le feiceáil den chuid is mó i gcomhshó frithpháirteach -turn agus corna. I n -aigéad tannic B ester -cetp, is é an t -athrú is mó ná an laghdú ar an mbileog agus an méadú ar an gcorna. Bíonn tionchar ag an gcineál aimínaigéid in aice leis an suíomh ceangailteach ar an athrú ar ábhar struchtúir thánaisteach próitéine. Mar gheall ar na suíomhanna sonracha éagsúla de mhóilíní ligand i gcoimpléisc éagsúla agus i gcineálacha agus i láidreachtaí éagsúla na bhfórsaí idirghníomhaíochta, tá na conformations próitéine i ngach grúpa difriúil freisin. Go ginearálta, tá athruithe soiléire ag ábhar an struchtúir thánaistigh próitéine i ngach grúpa, a bhfuil dlúthbhaint aige le ceangal daingean an ligand.

 

3 Plé

Is téarma ginearálta iad lipidí fola le haghaidh saillte agus lipidí neodracha i bplasma. Iarmhéid nameitibileacht lipid folatá sé ríthábhachtach chun gníomhaíochtaí saoil na gceall agus na n -orgánach a chothabháil; Tá dlúthbhaint ag meitibileacht lipid neamhghnácha fola le galair chardashoithíoch agus cerebrovascular, galair neurodegenerative agus siadaí [12-13]. Taifeadadh aitheantas agus cóireáil dyslipidemia i leigheas traidisiúnta na Síne ar feadh i bhfad. Tá buntáistí ag baint le leigheas traidisiúnta na Síne a bhaineann le hacmhainní saibhre, le struchtúir éagsúla, le mórán frithghníomhartha díobhálacha agus praghsanna ísle. Tá tionchar maith aige ar rialáil abnormalities lipid agus aithníodh go forleathan é i mbun -thaighde agus i bhfeidhmchláir chliniciúla sa bhaile agus thar lear [14-16].
Móilíní beaga de chomhpháirteanna Leigheas Luibhe na Síne a scagadh is féidir a úsáid don Rialachán aguscóireáil dyslipidemiaTá tábhacht phraiticiúil ag baint le bunachar sonraí monaiméirí míochaine na Síne ard-tréchuir. Tá teicneolaíocht scagtha fíorúil agus teicneolaíocht insamhalta dinimic mhóilíneach ar cheann de na teicneolaíochtaí agus na modhanna is tábhachtaí i dtaighde reatha leigheas na Síne, agus is féidir leo móilíní drugaí a scagadh ar scála mór [17]. Is einsím rialála tábhachtach é CETP a bhfuil baint aige le meitibileacht lipid agus le próiseas RCT i scaipeadh fola. Díríonn an staidéar seo ar fheidhm agus ar ról próitéine CETP. Trí thaighde scagtha fíorúil, fuarthas 19 ligands iarrthóra a raibh cleamhnas acu le próitéin CETP. Fíoraíodh éagsúlacht chnámh droma na ligands iarrthóra trí anailís braisle, agus roghnaíodh na 3 mhóilín beag ligand is fearr le haghaidh anailíse mód ceangailteach. Tá ról tábhachtach ag an idirghníomhaíocht hidreafóbach, π-π cruachta agus droichead salainn idir ligand agus gabhdóir maidir le cleamhnas láidir ligand próitéine a choinneáil. Scrúdaigh an staidéar seo freisin cobhsaíocht 3 choimpléasc próitéine próitéine iarrthóra trí insamhalta MD. Léirigh na torthaí go raibh na graif RMSD, RMSF agus SASA de na 3 choimpléasc próitéine is fearr cobhsaí tar éis luaineachtaí, agus go raibh an t-aimplitiúid luaineachta beag. Léirigh na hathruithe soiléire ar ábhar struchtúir thánaisteach an phróitéin freisin go raibh dlúthcheangal na ligand próitéine ann. Dá bhrí sin, meastar gur iarrthóirí ionchasacha iad le haghaidh coscairí móilíní beaga a bhfuil cleamhnas ard acu le próitéin CETP.

 

 

Is comhdhúil glycoside phenylethanol é Cistanche A, atá le fáil go príomha i gcógais thraidisiúnta na Síne ar nós Cistanche agus Rehmannia. Is é {{{{0}}. 02%-0.

Shimoda et al. [19] Thuairiscigh gur féidir le sliocht Cistanche tionchar a imirt ar an léiriú mRNA ar iompar colaistéaróil agus ar mhóilíní a bhaineann le meitibileacht i lucha hypercholesterolemia a spreagann aiste bia agus go dtaispeánann siad gníomhaíocht íslithe colaistéaróil. Is comhpháirteanna uathúla iad Theaflavins a fhoirmítear le linn an phróisis choipeadh tae dubh, agus is é a n -ábhar i tae dubh ná 0. 3% -1. 5% de na solaid [20]. Fuair ​​staidéar rialaithe randamaithe amach go bhfuil sleachta tae atá saibhir i dtealabháin ina gceangal éifeachtach le haiste bia íseal-sáithithe agus gur féidir leo leibhéil LDLC a laghdú i measc daoine fásta a bhfuil hypercholesterolemia acu le lamháltas maith [21]. Aigéad Salvianolic Is comhpháirt intuaslagtha saille é eistear dimethyl a bhaintear as salvia miltiorrhiza agus is díorthach dimethyl é d'aigéad salvianolic B. Is é an t-ábhar atá ag an dá cheann i Salvia Miltiorrhiza ná 20: 1, mar sin tá an t-aigéad salvianolic [220] ina chomhpháirt cheimiceach trace i bhfréamh salvia de salvia miltiorhiza. Léirigh staidéir roimhe seo go bhfuil antioxidant, scavenging radacach saor in aisce agus gníomhaíochtaí cógaseolaíochta frith-arrhythmic mar aigéad salvianolic B [22-23] ag eistear dé-ocsaídeach B-dimethyl. Dá bhrí sin, ní féidir úsáid a bhaint as na comhdhúile móilíní beaga nádúrtha Cistanche Deserticola A, Theaflavins, agus insamhalta dinimic mhóilíneach sa staidéar seo, ní hamháin gur féidir úsáid a bhaint as an bpróiseas traidisiúnta a bhaineann le meicníocht thraidisiúnta na Síne ó thraidisiúnta na Síne, ach is féidir le meicníocht thraidisiúnta an chéasta a bhaint as an bpróiseas traidisiúnta meicníochta, ach freisin an meicníocht mhol-mhol-mhol, an meicníocht mhol-mhol, an mhol. Ábhair Leighis na Síne ina bhfuil príomh -chomhdhúile, achoimriú agus anailís a dhéanamh ar na cógais thraidisiúnta Síneacha seo, agus iad a chur le chéile le teoiric iomlánaíoch agus teoiric difreála siondróm leigheas traidisiúnta na Síne chun oidis thraidisiúnta leigheas na Síne a fhoirmliú. Ina theannta sin, a fhaightear trí scagadh fíorúil sa staidéar seo, chomh maith le cógais thraidisiúnta na Síne as a ndíorthaítear comhdhúile nádúrtha, mar shampla forsythia, is féidir le staidéar a dhéanamh ar thaighde sa todhchaí, mar aon le cógais thraidisiúnta na Síne as a ndíorthaítear comhdhúile nádúrtha, mar shampla forsythia, fiáin fhiáin.