Géineolaíocht Osteopontin in Othair a bhfuil Galar Duán Ainsealach orthu: Staidéar ar Ghalar Duán Ainsealach na Gearmáine Ⅳ

Athróga agus tomhais bonnlíne

Rinneadh sraith chaighdeánaithe bithmharcóirí a thomhas i saotharlann lárnach deimhnithe ag baint úsáide as prótacail chaighdeánaithe [81]. I measc nithe eile, rinneadh creatinín agus albaimin ó shéiream agus fual a chainníochtú trí úsáid a bhaint as modheolaíocht inrianaithe IDMS (Creatinine plus, Roche, an Ghearmáin) agus modh turbidimetric (Tina-quant, Roche, an Ghearmáin) Roche/Hitachi MODULAR P, faoi seach. Measadh ráta scagacháin glomerular (GFR) ag baint úsáide as an CKD-EPI creatinine-bhunaithe le haghaidh mula (aonad: mL/min/1.73m2 , [82]). Ríomhadh UACR mar albaimin urinary tomhaiste / creatinine urinary (mg / g, [83]). Rinneadh féintuairisc ar aois agus ar ghnéas ag an gcuairt bhunlíne. In 2015, rinneadh OPN a thomhas ó shamplaí séiream bunlíne den chohórt staidéir GCKD iomlán ag baint úsáide as teicníc imdhíon-mheasúnaithe einsíme ceapaire cainníochtúil (ELISA soladach-phas; Quantikine Human OPN Immunoassay DOST00 ó R&D Systems (R&D Systems Europe, Abingdon, UK). )). Rinneadh cainníochtú ag Institiúid na Ceimice Cliniciúla agus an Leighis Saotharlainne, Greifswald, an Ghearmáin. Ba iad na comhéifeachtaí éagsúlachta (in-mheasúnú) ná 4.5%, 5.3% agus 3.5% do leibhéil ísle, airmheánacha agus arda, faoi seach. Ba é an chomhéifeacht éagsúlachta idir-mheasúnachta ná 6.4%. Baineadh úsáid as imoibrithe agus caighdeáin tánaisteacha mar a mhol an monaróir.

Luibh TRAIDISIÚNTA ORGÁNACHA DO SHLÁINTE DUINE

Géinitíopáil, rialú cáilíochta agus leithliú

Tá cur síos déanta ar fhaisnéis mhionsonraithe ar ghéinitíopáil agus ar ghlanadh sonraí i staidéar GCKD roimhe seo [18]. Go hachomair, rinneadh DNA a leithlisiú ó lánfhola agus a ghéinitíopáil ag 2,612,357 leagan do 5,123 rannpháirtí GCKD ag baint úsáide as eagar Illumina HumanOmni2.5 Exome BeadChip (Illumina, GenomeStudio, Leagan Modúl Géinitíopála 1.9.4) ag an Helmholtz Center München. Rinneadh glanadh sonraí go leithleach don ábhar Omni2.5 agus d’ábhar sliseanna exome an eagar. Bunaithe ar phrótacail chaighdeánaithe [84], úsáideadh bogearraí scripteanna scríofa saincheaptha (R, Perl) agus Plink1.9 [85] le haghaidh rialú cáilíochta (QC) den ábhar Omni2.5. Áiríodh le céimeanna QC bunaithe ar shamplaí seiceálacha ar ráta glaonna, gnéas, heitrisigeachas, sinsearacht ghéiniteach agus gaolmhaireacht, rud a d’fhág gur eisiamh 89 sampla. Ar an leibhéal athraitheach, fágadh polymorphisms núicléitíde aonair (SNPanna) as an áireamh má bhí an ráta glaonna<0.96, and whenever the assumption of the Hardy-Weinberg equilibrium was violated (p-value <1.0E-05). After removing SNPs on duplicate positions, the cleaned dataset contained 5,034 individuals and 2,337,794 SNPs (S1 Fig). Genotypes were then imputed using minimac3 v2.0.1 at the Michigan Imputation Server [86]. The Haplotype Reference Consortium (HRC) haplotypes version r1.1 were used as the reference panel, and Eagle 2.3 was used for phasing. The final dataset contains data of 5,034 participants and 7,750,367 high-quality autosomal bi-allelic variants (imputation quality of R2 �0.3, MAF �1%). For the exome chip content, QC was similarly conducted [18]. In addition, checks specific for exome variants were added [87]. In brief, 96 individuals and 3,818 SNPs were removed, the latter of which had a call rate <0.95 and a Hardy-Weinberg equilibrium p-value <1.0E−05. The final exome chip dataset contains 5,027 participants with 226,233 variants (S1 Fig). For the exome chip association analysis, the genotypes were post-processed using zCall with a zscore threshold of six [88]. Genomic positions base on human genome build GRCh37.

Staidéar comhlachais ar fud an ghéanóim ar leagan coitianta

Mar a tuairiscíodh roimhe seo [17,18], rinneadh GWAS do rannpháirtithe GCKD le sonraí tomhais géinitíopála iomlán (Omni2.5), eGFR, UACR agus log2(OPN) (N=4,897) ag baint úsáide as aischéimniú cluas líne log2 (OPN) ar SNPanna (samhail ghéiniteach bhreiseáin) a bhfuil MAF �1% acu, arna choigeartú le haghaidh aoise, gnéis, loga (eGFR), agus loga (UACR) (S1 Fíor). Rinneadh anailís comhlachais ag baint úsáide as SNPTEST v2.5 [89]. Seiceáladh staitisticí achoimre le haghaidh cáilíochta ag baint úsáide as GWAtoolbox [90] agus le haghaidh boilscithe ag baint úsáide as rialú géanómach [91]. Níor iarradh ceartúchán rialaithe géanómaigh, áfach, (λ=1.01). Cumainn le p-luach<5.0E-08 were considered significant. Per chromosome, an index SNP was defined as the SNP with the lowest genome-wide p-value with a 1-Mb interval centered around this SNP. This approach was repeated until no further SNP outside the interval(s) was available passing the genome-wide significance threshold. In order to discover further independent signals, we repeated GWAS analysis for chromosomes with significant results by conditioning on the genotype of the SNP with the lowest association pvalue of the respective chromosome. This procedure was repeated until no further genomewide signal was observed.

Rinneadh anótáil feidhme ar leagan ag baint úsáide as ANNOVAR[92], SNiPA [93], Open Targets Genetics [94], FAVOR [95], agus RegulomeDB [96]. Rinneadh ceapacha comhlachais réigiúnacha a bhreacadh ag baint úsáide as LocusZoom v1.3 [97].

Mín-mhapáil

Statistical fine-mapping [21] was carried out as previously described [17] for the two replicated SNPs within a region ±500kb. Approximate Bayes factors (ABFs) were then derived from the original GWAS statistics estimates. The SD prior was chosen as 0.61 because 95% of the effect size estimates fell within the −1.2 to 1.2 interval [21]. The ABF of the SNPs were used to calculate the posterior probability for each variant driving the association signal (PPA, 'causal variant'). Credible sets were determined by summing up PPA-ranked variants until the cumulative PPA was >99%.

Anailísí comhshuímh

D'fhonn tuiscint bhreise a fháil ar na meicníochtaí móilíneacha agus na feinitíopaí gaolmhara atá mar bhunús leis na comhlachais, rinneamar anailísí comhláraithe ar staitisticí achoimre OPN GWAS a bhaineann leis an dá loci OPN mhacasamhlaithe le staitisticí achoimre GWAS ó thrí fhoinse eile mar a leagtar amach thíos. I gcás gach anailíse comhláraithe, d’úsáideamar an fheidhm ‘coloc.fast’ ón bpacáiste R gtx le paraiméadair réamhshocraithe agus sainmhínithe roimhe seo (https://github.com/ tobyjohnson/gtx), cur i bhfeidhm leagan oiriúnaithe den mhodh colocalization a tugadh isteach. le Giambartolomei et al. [98]. Breithnímid comhlocalú dearfach nuair ba > 0 an dóchúlacht iar-athraitheach cúiseach ag an lócas comhlachais don dá thréith (H4, p12).8.

Léiriú géine.

Ar dtús, d’úsáideamar staitisticí achoimre GWAS ar shonraí slonn géine ó thionscadal GTex [99] agus ó staidéar NEPTUNE [100]. Íoslódáladh na sonraí eQTL ón GTEx V8 (49 fíochán) agus staidéar NEPTUNE (NephQTL ó codanna duán glomerulus agus tubulointerstitial) ó Thairseach GTEx (https://www.gtexportal.org/home/) agus láithreán gréasáin NephQTL (https://www.gtexportal.org/home/). ://nephqtl.org/), faoi seach. Tá cur síos mionsonraithe déanta ar na céimeanna anailíse a bhaineann le colocalization in áit eile [17]. Ar an gcéad dul síos, baineadh achoimrí GWAS ar GTEx agus NephQTL i réigiúin ghéanomacha ±100kb den dá SNP OPN. Aithnítear na géinte sa GWAS asbhainte agus do gach géine, sainítear cis win dow de 500kb taobh le tús agus deireadh na géine. Ansin, le haghaidh gach fuinneog cis géine den sórt sin, agus SNP amháin ar a laghad ag a bhfuil p-luach comhlachais < 0.001, asbhaineadh achoimrí GWAS ar fhíochán GTex agus NephQTL chomh maith leis an OPN GWAS agus úsáideadh iad mar ionchur le haghaidh anailíse comhláraithe.